Assunto:    | The Relationship of Gaps to Thresholds
Data:       | 04 dez 2007
Mensagem-ID: | 1bc29aa6-af69-4610-867b-b06ea2922c7f@d61g2000hsa.googlegroups.com

Começando a partir de comentários de Sean Pitman:
>>> Na mesma linha, sua ideia maluca de que a distância mínima provável de lacuna
>>> é, portanto, sempre a menor distância possível (isto é, uma mutação),
>>> também é absurda.

>> Pelo contrário. O que digo é que, para aquelas funções
>> que *de fato* evoluíram, elas o fizeram *porque* havia um caminho curto
>> (em número de etapas mutacionais) disponível. Se você
>> remove o caminho curto, a função não evolui. Isto é, essas funções que *evoluíram*
>> representam uma amostra enviesada.

> Sua posição é que tudo evoluiu. O argumento é
> contra essa posição. Você não pode assumir como verdadeiro o próprio
> argumento que está sendo questionado. Você precisa apresentar
> algum tipo de evidência para sustentar essa posição. Você não pode
> simplesmente assumir isso como um pressuposto nesta discussão em particular.

Sim. *Se* o meu mecanismo estiver correto e novas funções surgirem por modificação de estruturas antigas, eu esperaria, especialmente para funções “novas” evoluídas recentemente, que houvesse uma semelhança substancial de sequência entre a estrutura antiga da qual ela se originou e a nova “função” da qual é derivada. Mas, importante, para funções “novas” recentemente evoluídas, haveria semelhança maior que a necessária. Ou seja, como os genes de globina da hemoglobina, haverá semelhança em características que não são *necessárias* para a função, como a localização de íntrons. E, na medida em que a seleção é conservadora, haverá retenção específica de locais com relevância seletiva. Suficiente para que genes possam ser agrupados em famílias de proteínas. Agora, podemos de fato verificar se isso, de fato, é o que vemos.

*Se* o modelo de evolução de Sean estivesse correto, cada nova função teria de começar a uma distância média (essa distância sendo função do tamanho do produto final) e ter que evoluir *independentemente* por uma caminhada aleatória. Isso só produziria famílias de genes se houvesse apenas uma maneira de produzir *independentemente* uma função específica. Caso contrário, e especialmente se houvesse mais de uma possibilidade de maneira de produzir uma função a partir do zero, em cada organismo que formasse tal função, essa função seria aleatoriamente esta estrutura que pode executar a função ou aquela estrutura que pode executar a função. No entanto, o que *vemos* são estruturas específicas de linhagem que executam uma função. Isso, no mínimo, nos diz que, uma vez que uma função se formou, a estrutura específica que a produz precisa ser transmitida de maneira específica de linhagem.

Mas sabemos que, embora haja um viés favorável à primeira sequência ou estrutura funcional, já que organismos com isso podem preencher os nichos onde tal sequência ou estrutura é útil, a geração independente de funções pode e ocorre. Em cada caso de tal situação, porém, podemos observar claramente que a nova estrutura foi um processo independente (por exemplo, as barbatanas de peixes, baleias e pinguins; os flagelos rotatórios de eubactérias e arqueias). Além disso, essas estruturas e funções são retidas (embora às vezes perdidas secundariamente) dentro de linhagens determinadas de forma independente. Além disso, sabemos que existem estruturas que podem executar uma função que a “natureza” não encontrou (ou, se encontrou, não foi utilizada porque já existia uma estrutura mais otimizada para executar essa função, o que tornava a nova versão selectivamente irrelevante).

Agora, Sean não diz isso, mas seu *verdadeiro* modelo envolve a materialização mágica de cada sequência de proteína *independentemente* em *cada* organismo criado no momento em que esse organismo foi magicamente materializado na existência por um “materializador” mágico. A única razão que posso imaginar para um “materializador” mágico produzir o padrão que vemos de variação específica de linhagem dentro de genes com a mesma função e também por que ele produziria intencionalmente estruturas independentes para executar uma função em linhagens diferentes em vez de emprestar a estrutura é a mesma razão pela qual os humanos (os únicos agentes inteligentes cujas motivações conhecemos) produzem fraudulentamente um padrão ou registro histórico: para enganar outros humanos. Se é isso que ele quer que seu deus seja, isso é negócio dele.

*Se* meu mecanismo de evolução estiver correto, então a totalidade das estruturas de proteína conhecidas estará em “aglomerados” em vez de ser encontrada em “ilhas” aleatoriamente separadas por toda parte (precisamente porque nem todo o espaço de estrutura de proteína foi explorado). A estrutura do espaço delimitado por e incluindo as sequências funcionais que *efetivamente* existem será orgânica, com fluxos para fora e ao longo de eixos úteis à medida que o espaço de estruturas próximas é gradualmente explorado.

*Se* o modelo de evolução de Sean estiver correto, então eu esperaria ver um padrão aleatório representando as estruturas funcionais aleatoriamente posicionadas no espaço total de sequência. Você pode distinguir “aglomerados” ou constelações geradas aleatoriamente que surgem por acaso, mas não consegue cobrir toda a estrutura com uma pele. Uma análise adicional do padrão de proteínas no espaço de estrutura, no meu modelo, mostraria que as proteínas *existentes* NÃO estão distribuídas aleatoriamente no espaço total de estrutura. Elas devem formar aglomerados. Na ideia de Sean de que a evolução é uma busca aleatória por estruturas funcionais distribuídas aleatoriamente (e, novamente, lembro que estou usando estrutura aqui porque estrutura correlaciona melhor com função que sequência), esperar-se-ia que proteínas funcionais existentes estivessem distribuídas aleatoriamente no espaço de estrutura. Elas não estão.

Na *verdadeira* ideia de Sean sobre como as estruturas de proteína vieram à existência (materialização mágica por um materializador mágico, um deus mágico de baixo nível, e aparentemente com a intenção de produzir um padrão histórico falso), poder-se-ia esperar o padrão observado porque isso faria parte da fraude.

Então, eu meramente *assumo* que há um padrão detectável no padrão de estrutura e sequência de proteína que diferiria entre as expectativas de alguém que geraria isso a partir das ideias de Sean que são uma modificação simplista e mesquinha do argumento de palhaço da “747 no tornado” sobre evolução? Não. Há maneiras de testar esses modelos. Eles têm expectativas diferentes. E, embora isso possa ser uma surpresa para Sean, eu realmente concordo que o modelo de evolução contra o qual ele argumenta foi falsificado (embora possa ter produzido alguns “surpreendentes” acidentais de baixa frequência). O problema é que falsificar o modelo de palhaço de Sean não falsifica modelos evolutivos reais.

Sean também produz numerologia falsa (dizendo-nos que a probabilidade de sequências funcionais de citocromo c em relação ao espaço total de sequência é a razão de “sequências benéficas” para “sequências não benéficas”; assumir que o espaço total de sequência é o denominador relevante para representar o total de tentativas é outra). para sustentar sua “falsificação” de um modelo de evolução que nenhum biólogo evolucionista aceitaria.

> Naturalmente, se um sistema específico de fato evoluiu, não poderia ter
> atravessado uma grande distância de lacuna do tamanho que estou sugerindo - eu concordo com
> isso. A distância teria de ter sido de fato bastante pequena em relação ao
> que veio antes. A questão é: uma distância de lacuna tão pequena para
> certos tipos de sistemas funcionais existe alguma vez? Essa é a questão real aqui.

E a sua resposta baseada em numerologia é irrelevante. Porque o denominador que você usa é irrelevante.

> Se o tamanho da distância mínima de lacuna estiver realmente relacionado aos
> requisitos mínimos de limiar estrutural de um sistema, então a resposta para essa
> pergunta para sistemas de nível superior é não. Não é de modo algum provável ou razoável sugerir que a distância de lacuna alguma vez seria
> pequena o bastante para ser atravessada — nem mesmo considerando trilhões e trilhões de
> anos de tempo.

E essa é uma assertiva baseada apenas em numerologia. Se você realmente quiser demonstrar que existe uma correlação entre tamanho da lacuna e tamanho total, precisa apresentar *dados*, não numerologia. Caso contrário, é apenas uma suposição.

> E, não é provável que qualquer sistema de nível superior venha a ser evoluído no futuro, mesmo com trilhões e trilhões de anos de tempo.
>
> O que quero dizer por sistema de nível superior? Quero dizer um sistema com
> exigência mínima estrutural de mais de 1.000 resíduos de aminoácidos e/ou códons
> de patrimônio genético organizacional. Esse requisito mínimo estrutural é a distância
> de lacuna que você continua afirmando? Não. Absolutamente não. Como já observei para
> você mais vezes do que consigo contar, a distância de lacuna é sempre menor
> que o tamanho do limiar.

MAS, como continuo apontando, você não menciona a distância de lacuna ATÉ EU te lembrar que esse é o número de que você precisa. Eu estou apenas tentando fazer você apresentar *honestamente* *seu* argumento em vez de esconder *seu* argumento usando apenas o número de tamanho. NÃO estou mentindo sobre *seu* argumento ao salientar que o número de que você precisa é “tamanho da lacuna” e não “tamanho total”. Estou tentando fazer você apresentar *honestamente* *seu* argumento.

> Elas não são a mesma coisa. Há uma relação entre as duas? Há com certeza > e essa relação é linear.

Exceto que você não apresentou nenhum dado real para sustentar isso. Você está apenas *assumindo* (na verdade, reiteradamente afirmando) que a relação é linear. Eu vejo “novas” modificações de proteínas antigas (como resistência a antibióticos) que não são função do tamanho das proteínas antigas. Eu também vejo muitas diferenças que são irrelevantes funcionalmente. Vejo evidência de características *quantitativas* e *qualitativas* (substrato secundário, atividades menores) em proteínas atuais que podem ser ampliadas ou alteradas em proteínas bifuncionais. E também observo que a substituibilidade em sequência, se houver alguma coisa, aumenta com o tamanho (a correlação real é com a fração da sequência envolvida com o substrato, que geralmente fica menor à medida que a proteína fica maior).

> Um aumento linear na limitação de limiar resulta em um aumento linear na distância mínima de lacuna que existe
> entre qualquer coisa em um pool gênico e o sistema potencialmente mais benéfico mais próximo desse pool para aquele nível de
> requisitos mínimos de limiar.
>
> Onde está a evidência para essa relação? Para começar, é muito claro, até mesmo para a ciência corrente, que a vasta
> maioria das sequências potenciais não seria benéfica para um organismo particular em um ambiente particular.
> Mesmo Richard Dawkins, em seu livro, O Relógio Cego, no primeiro capítulo, nota o seguinte:
>
> “Mas, por mais que haja formas possíveis de estar vivo, é
> certamente o caso de que existem infinitamente mais maneiras de estar morto, ou
> melhor, de não estar vivo.”
>
> Esse fato é tão óbvio que é muito difícil para qualquer pessoa
> negá-lo — mesmo você, se for honesto consigo mesmo.

Eu não nego isso. Sempre que você tem um sistema complexo, independentemente de como surgiu, há mais maneiras de destruí-lo do que de melhorá-lo. Mas isso não nos diz nada sobre como o sistema veio à existência. Essa é uma das falácias de Behe sobre sistemas de design inteligente.

> O próximo passo é considerar a relação desse fato com o aumento dos
> requisitos mínimos de limiar estrutural. Quantas sequências/estruturas potencialmente > benéficas adicionais são adicionadas ao espaço de sequência com um aumento de apenas um > aminoácido no requisito mínimo? Embora não se possa conhecer o valor exato, é possível > conhecer a tendência. O tamanho do espaço de sequência/estrutura aumenta 20 vezes. > Ele fica 20 vezes maior do que era com um resíduo a menos. > De acordo com o argumento de Richard Dawkins, qual deve ser a proporção desse aumento > composta por sequências/estruturas potencialmente benéficas?

Em algum ponto entre 0 e 20, dependendo de o aminoácido em questão cumprir um papel crucial, ser funcionalmente irrelevante para a função (digamos no extremo carboxila), ou exercer função apenas na manutenção de uma estrutura secundária. Além disso, embora haja meios para reduzir ou aumentar o tamanho de uma proteína pela adição ou remoção de um aminoácido (ou poucos resíduos aminoacídicos), e existam na natureza muitas proteínas funcionalmente equivalentes com tais deleções e adições, não há aumento necessário de proteínas não benéficas em relação às benéficas ao adicionar ou remover um único resíduo aminoacídico ou mesmo ao trocar um. Ou seja, mesmo aqui não há correlação significativa entre adicionar um resíduo aminoacídico e adicionar sequências não funcionais.

> Obviamente, a proporção do aumento de 20 vezes que de fato poderia ser benéfica seria uma fração muito pequena. > O aumento em sequências potencialmente não benéficas supera de longe o aumento em > sequências potencialmente benéficas em muito. Isso é verdadeiro em todos os sistemas de linguagem/informação.

Você tem algum dado para sustentar sua assertiva para proteínas reais? Não. Uma analogia não funciona aqui. O “significado” ou a “função” de proteína não é consequência direta de sequência. Sua numerologia abaixo é sem sentido em relação à GIGO para os sistemas reais que você precisa observar.

> Para ilustrar esse ponto, considere simplesmente o sistema da língua inglesa. > Quantas sequências significativas definidas de 2 caracteres existem? Bem, de > 677 possibilidades, há 96. Isso cria uma razão de significativas versus não > significativas de 1:6. O que acontece quando o limiar aumenta para sequências de 3 caracteres? > O número de sequências significativas também sobe para 972, mas o número de > sequências não significativas aumenta muito, muito mais para 16.604, resultando > numa razão de 1:17. Vamos aumentar o limiar para sequências de 7 caracteres. > O número de sequências significativas sobe para pouco mais de 25.000, enquanto > o número de sequências não significativas sobe para 8.031.785.176 para uma > razão inferior a 1 em 30.000.
>
> Você percebe algum padrão aqui? A mesma coisa acontece em *todos* os sistemas > de linguagem/informação, incluindo código de computador e genética. Para confirmação > adicional, mostrei a você a queda na razão em sistemas baseados em proteína > que já existem em seres vivos. Tudo o que é preciso fazer é uma busca em > BLAST para comparar o número de sistemas existentes em diferentes níveis com o > tamanho do espaço de sequência naquele nível, enquanto se adiciona um grau > generoso de flexibilidade para cada sistema único (como 1e90 por 100aa — uma sugestão > generosa, dada as cifras da literatura). Também lhe apresentei trabalhos como o > de Choi e Kim, que demonstram essa queda exponencial da razão, bem como o aumento linear da > distância de lacuna com o aumento dos requisitos mínimos de tamanho:
>
> http://www.pnas.org/cgi/content/full/103/38/14056

Besteira. Esse artigo não diz isso. E *eu* fui quem chamou sua atenção para isso. Esse artigo *explicita* que as proteínas da vida NÃO estão distribuídas aleatoriamente no espaço de estrutura. Em nenhum ponto do artigo há *qualquer* declaração de que haja um aumento linear na distância de lacuna com o aumento de tamanho. Você parece disposto a aceitar essa interpretação ao olhar para uma figura que não inclui todas as proteínas funcionais que já existiram, mas apenas uma amostra delas. E mesmo nessa figura, proteínas funcionais grandes parecem resultar de um crescimento orgânico devido à combinação de proteínas menores, como seria esperado pelo modelo de *evolução* real.

Sean, sua interpretação desse artigo é uma besteira puramente imaginária e não tem relação com o que o artigo apresenta. O que esse artigo mostra claramente é que todas as proteínas funcionais que foram encontradas foram encontradas dentro de um espaço de busca único e conectado organicamente e não encontradas em locais aleatoriamente distribuídos por todo o espaço total de estrutura. Seu “modelo de evolução”, a ideia de palhaço do modelo “747 no tornado”, preveria o último.

> Mesmo assim, de alguma forma, apesar das implicações óbvias dos dados, > você se recusa a reconhecer que sua noção de pequenas distâncias de > lacuna em níveis altos é simplesmente insustentável.

Isso acontece porque você parece olhar para preto e alegar que é branco em relação a esse artigo. Sua má interpretação dos dados nesse artigo envergonha sua incompetência em enunciar com precisão o que os números de Yockey realmente representam (que não são a razão de “sequências benéficas” para “sequências não benéficas”).

> Você continua dizendo que, como sabemos que as coisas evoluíram, as distâncias > de lacuna tinham de ser pequenas. Essa noção não se baseia em nada além de fé cega. > Você não tem absolutamente nenhuma evidência genética ou molecular de > nenhum tipo para sustentar essa afirmação nua e crua quando se trata de demonstrar > de fato essas pequenas lacunas que você acredita existirem em níveis tão altos. > Elas simplesmente não existem.

Certamente tenho evidência de apoio contra seu modelo do que você chama de “evolução”. E a evidência apoia meu modelo; de que nem todo o espaço de sequência foi pesquisado e de que a busca envolveu buscas repetidas a partir de sequências funcionais pré-existentes que encontraram sequências funcionais próximas. Certamente não há evidência de que cada organismo evoluiu cada função independentemente de todos os outros, unicamente com base em mudanças restritas à linhagem de proteínas com a mesma função. Já descrevi isso acima.

> Isso é apoiado pelo fato de que nenhum sistema novo de função foi mostrado > como evoluindo além do nível-limite de 1.000 aa.

Isso é apenas uma assertiva baseada em definições mutáveis do que o “nível-limite de 1000 aa” significa e o que constitui um “novo sistema de função”. Aparentemente você quer dizer que ninguém afirma começar com uma sequência aleatória de 1000 aa que tenha, segundo você, uma lacuna de 300 aa que precisa mudar completamente ao acaso, sem funções intermediárias *de forma alguma*, até algum momento mágico em que atinge uma ilha funcional distribuída *aleatoriamente*. Meu ponto é que isso é irrelevante.

> Isso simplesmente não acontece e estatisticamente não vai acontecer > e, portanto, quase certamente nunca aconteceu.

Na verdade, Sean, eu *concordo* que isso não aconteceria pelo mecanismo que você sugere, começando de uma sequência aleatória com muitas sequências (300? 50?) afastadas de algum objetivo funcional teleológico. Meu argumento é que esse é um modelo de palhaço de evolução, não que não seja possível que as funções surgidas tenham surgido dessa forma.

> Nem mesmo uma de suas etapas intermediárias propostas ao longo da via para sistemas de nível superior, como motilidade flagelar, foi alguma vez mostrada como evoluindo, nenhum passo.

Concordo. Nenhuma etapa na evolução de flagelos ocorreu pelo mecanismo de palhaço que você propõe. Em vez disso, cada etapa ocorreu por uma sequência curta de eventos a partir de uma estrutura *funcional* pré-existente. E realmente mostrei, por meio de um sistema modelo, que a aquisição de uma *função* (motilidade rotatória) pode surgir em uma única etapa a partir de sistemas pré-existentes que poderiam cada um exercer funções úteis numa célula (porque estruturas relacionadas o fazem).

> A razão para isso, obviamente, é que as lacunas entre suas etapas intermediárias propostas são > muito, muito mais distantes do que você e outros, como Kenneth Miller, parecem perceber.

Então você continua afirmando sem evidência.

> Ambos precisam voltar aos dados e considerar de fato que o que parece morfologicamente uma lacuna pequena > é, na verdade, estatisticamente enorme.

Somente quando você se afasta da evidência real e recorre à numerologia equivalente a dizer que ninguém pode encontrar uma Starbucks porque, se você dividir a área coberta por Starbucks pela totalidade do espaço superficial da Terra, a probabilidade de haver uma perto de você é bem pequena.

> Ainda assim, vocês evolucionistas insistem com seus movimentos de mão e afirmações > nuas de que as lacunas morfológicas são pequenas o bastante sem fazer > qualquer análise estatística real de suas suposições. > Não há cálculos matemáticos ou análises na literatura quando se trata do > tempo estimado necessário para o mecanismo que você propõe cruzar qualquer uma das > etapas sugeridas por você.

A quantidade de tempo necessária para encontrar uma bactéria resistente à estreptomicina é de um dia. A quantidade de tempo necessária para encontrar, não uma mas duas, mutações diferentes que geraram um sistema funcional de mobilidade *diferente* do sistema original foi menor que um mês. Ambas envolviam mudanças de função em sistemas bastante grandes.

> Tudo o que se pode encontrar são suposições de que, dado milhões de anos, tal lacuna certamente seria atravessada. > Isso ocorre porque quem faz essas suposições não se preocupa em usar números reais > ou cálculos estatísticos quando se trata de avaliar o mecanismo real proposto.

Isso ocorre porque os números que você apresenta são números GIGO. E o mecanismo real não envolve um mecanismo no qual tais números sejam relevantes. A restrição histórica é mais importante.

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