Assunto:    | Suposições razoáveis
Data:       | 25 Nov 2008
ID da mensagem: | d2824612-bfe6-4045-9dd8-7225233df02d@l39g2000yqn.googlegroups.com

Sean Pitman escreveu:
>>>>> A pergunta é: quais são as chances de suas histórias serem verdadeiras? Você
>>>>> não sabe a resposta para essa pergunta. Você não tem a menor
>>>>> pista. Por quê? Porque você não as submete a nenhum tipo de
>>>>> análise estatística. Tudo o que você tem são afirmações sem base e histórias de
>>>>> "tinha que ser assim". Isso é tudo.

Howard Hershey respondeu:
>>>> Eu já destaquei repetidamente que existem métodos estatísticos
>>>> para identificar que algo ocorreu de maneira consistente com
>>>> descendência comum. Mas não me interessa produzir probabilidades GIGO^[1]
>>>> irrelevantes para processos *reais* de evolução.
>>>> Deixo a produção de tal numerologia absurda e sem sentido para pessoas como você.

Sean Pitman escreveu:
>>> Argumentos de descendência comum não são o mesmo que argumentos para o
>>> mecanismo da descendência comum.

Howard Hershey respondeu:
>> Eles certamente são relevantes para identificar relações históricas.
>> Essas relações históricas são necessárias para identificar quais são as
>> características presentes em organismos ancestrais que poderiam ser
>> *modificadas* para produzir o que existe em organismos mais modernos. De novo,
>> fingir que se pode gerar probabilidades com base apenas no tamanho
>> do sistema final é fingir que a evolução funciona como uma loteria
>> justa em vez de um processo histórico. Qualquer cálculo baseado nessa
>> suposição falsa NÃO produzirá as "chances de *algum* organismo
>> ter conseguido gerar a característica x". Pode produzir as chances "médias"
>> de um organismo *escolhido aleatoriamente* evoluir essa característica. Mas
>> tais chances efetivamente agrupam todos os organismos que têm
>> praticamente nenhuma chance de evoluir x com qualquer organismo que tenha
>> características que possam ser facilmente modificadas para produzir essa característica.

Sean Pitman escreveu:
> Você tem de ter ao menos alguma ideia sobre a provável existência de alguma
> criatura com características pré-existentes suficientemente próximas do alvo
> "X" para encontrá-la em uma quantidade razoável de tempo usando o mecanismo de
> RM/NS^[1]. Você não tem ideia alguma das chances dessa existência
> em absoluto.

Howard Hershey responde:
Claro que sim. Eu tenho evidência de que motores com sequência (e, mais importante, estrutura) semelhante ao do motor nos flagelos existem em células na ausência de flagelos. Na verdade, motores semelhantes também existem em células com flagelos, mas não interagem com proteínas flagelares. Isso é verdadeiro tanto para os flagelos eucarióticos quanto para os arqueais. Poros rotativos, evidentemente, são muito comuns, já que é preciso um esforço especial para fazer um poro que não possa rotacionar.

Isso significa que a probabilidade de gerar um poro com rotação motorizada é *necessariamente* menor do que qualquer valor calculado com base no tamanho final do sistema total. Apenas uma proteína (o conector) precisa ser formada. Nenhuma outra proteína precisa mudar de maneira alguma para alterar o sistema de um sistema que não possui a *função* de rotação motorizada para um que possui essa *função*. Ainda assim, o único cálculo que você faz baseia-se na premissa de que é impossível gerar rotação motorizada a menos que se comece com um sistema completamente aleatorizado. De fato, já sugeri que a nova *função* de rotação motorizada pode ocorrer, no mínimo, em um passo mutacional pela formação de uma de várias proteínas conectoras quiméricas possíveis. Eu certamente não afirmo que *todo* poro e *todo* motor que algum dia existiu possa formar tal conector que proporcione a nova *função* (por que eu sou o único entre nós que fala sobre ganho, perda, modificação ou *função* emergente em vez de fingir que *tamanho* é um substituto para *função*). Um dos poros e um dos motores que *foi* capaz de fazer esse passo foi, não surpreendentemente, provavelmente muito relacionado em sequência (na prática, em estrutura) ao que de fato fez.

Também não afirmo necessariamente que, no mutante original que ligou poro e motor para produzir a *função* de rotação motorizada, no original, a *função* também incluísse a motilidade do organismo por atividade flagelar. [Foi dessa forma que, no modelo experimental, a ligação foi selecionada, mas se fosse possível identificar uma ligação que tivesse a *função* de rotação motorizada, mas não motilidade do organismo, isso também teria funcionado.] Uma vez que você tem a *função* de rotação motorizada, e há certamente utilidades possíveis para essa função isoladamente em alguns ambientes, adquirir a função emergente de motilidade do organismo tem um caminho quantitativo claro com etapas seletivamente úteis de aumento da taxa de rotação ao longo do caminho.

Eu *sei* que esse é o caminho tomado? Não. Claro que não. Mas isso dificilmente é uma etapa improvável ou impossível entre um estado específico que pode (e que) existe nas células e uma modificação que produz uma nova *função* de rotação motorizada. Na verdade, é bastante consistente com a subfunção da parte do 'poro' dos flagelos existentes e a subfunção da parte do 'motor'. Na verdade, essas funções não precisam de mudar de jeito nenhum.

Também observo que você afirma que a *função* de transporte de toxina e a *função* de rotação motorizada flagelar para o poro devem diferir em x número de proteínas. Isso é absurdo. Os próprios flagelos, particularmente em bactérias que causam infecções gastrointestinal, podem transportar proteínas secretadas importantes para a toxicidade, além de contribuir para a toxicidade pelas proteínas flagelinas atuando como elementos de adesão. [Minha opinião pessoal é que a rotação motorizada foi *inicialmente* uma forma de examinar uma quantidade maior de espaço por unidade de tempo de um sistema de adesão e que o movimento do organismo foi uma propriedade emergente.] Novamente, o que você chama de *A* função dos flagelos é meramente uma das funções possíveis para a mesma estrutura.

http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6TD0-4R00FD8-5&_user=10&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_sort=d&view=c&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=29cb09e5de92a8dafb612d8677ca7be5

http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=1932851

> Seus dados de sequência lhes dão essa informação. Você apenas
> inventa a criatura necessária com uma história de "tinha que ser assim".

Não. Eu apontei as subfunções inequivocamente presentes nos flagelos atuais que poderiam ter utilidade independente facilmente para as bactérias antes do evento de ligação que adicionou a *função* de rotação motorizada. E apontei que sistemas semelhantes realmente existem em bactérias com estruturas e sequências semelhantes. Eu também apontei algumas das *outras* funções selecionáveis que os flagelos possuem. O critério não é a invenção de *qualquer* ponto de partida em uma distância arbitrária. É apontar os critérios funcionais de etapas intermediárias potencialmente úteis.

Você mesmo reconhece que o tamanho, sozinho, não determina o tamanho do intervalo sempre que mente e diz que eu posso escolher qualquer ponto de partida no espaço total de sequência e depois se opõe ao que faço exatamente assim.

> Você não sabe se a criatura existe ou não. Você só sabe que ela teve de > ter existido porque você tem tanta certeza de que RM/NS fez o trabalho.

Não. Eu apenas sei que suas estatísticas se baseiam na ideia falsa de montagem aleatória a partir de alguma distância média ou arbitrariamente grande por meio de algum intervalo arbitrariamente declarado onde as sequências não têm função alguma.

> Seu problema é que você realmente não tem qualquer análise estatística > para sustentar a ideia de que sua história de “tinha que ser assim” seja remotamente provável. > Seu argumento simples é tudo o que você realmente tem — uma fábula. > Não é ciência.

Minha história de fadas de que essas características evoluíram de estruturas semelhantes por modificação dessas estruturas pré-existentes tem estrutura e evidência de sequência para sustentá-la. Novos sistemas têm rastros de história que não podem ser apenas (estatisticamente) uma questão de sorte. Sua ideia de que esses sistemas surgem por montagem completa aleatória é a que se baseia em suposições falsas.

>> As *chances reais* de a característica x evoluir dependem da existência >> (ou não) de organismos do último tipo, não do número de organismos >> que não tenham nenhuma chance de gerar essa característica, não importa o quão úteis.

> De novo, a pergunta diz respeito às chances de seus organismos ou > biossistemas necessários existirem. Quais são as chances de esses seres necessários > ou sistemas terem existido na vida real? Você simplesmente não sabe.

Se não houvesse homologia de sequência ou estrutura entre proteínas e sistemas com funções modificadas, emergentes, novas ou adicionais, eu talvez não soubesse se havia criaturas com as estruturas corretas. Mas famílias de genes são a regra em vez de exceção. Famílias gênicas não existiriam no seu modelo de evolução em que o único fator relevante é o tamanho final.

> Você simplesmente argumenta que, porque eles poderiam ter existido da forma que você > precisa que tenham existido, as chances de eles terem existido dessa > maneira são "boas".

E minha ideia é apoiada por evidência real de que os tipos de características (em sentido funcional e estrutural) que eu exijo não somente podem existir, como existem. E o mecanismo de modificação de sistemas pré-existentes certamente existe na natureza. Sua ideia de que proteínas são essencialmente montadas por montagem aleatória a partir de algum lugar de alguma maneira não é sustentada. Não existe mecanismo nenhum de surgimento mágico ou montagem aleatória a partir de alguma sequência média ou maximamente distante.

> Sério, ... em que noção isso se baseia realmente? Você tem > algum respaldo estatístico para apoiar sua afirmação de que as chances de tais > organismos fortuitos realmente existentes são de fato boas?

As estatísticas que dizem que genes que compartilham função são relacionados por descendência e não por acaso são bastante fortes. Isso também vale para genes da mesma família gênica.

>> Chances baseadas na suposição de que todos os organismos têm igual probabilidade >> de evoluir a característica x NÃO nos dizem absolutamente nada sobre as chances dessa >> característica *realmente* evoluir *a menos* que você consiga demonstrar que todos os >> organismos estão *igualmente* distantes de evoluir essa característica.

> Não são essas as chances em questão aqui.

São as chances que você apresenta como corretas.

> As chances em questão dizem respeito à sua noção de que qualquer organismo é “provavelmente” > existir em proximidade próxima de um alvo potencialmente benéfico > ou de alvos assim.

>> O que, obviamente, ao assumir o modelo do “homem de palha do 747 no tornado”, >> você está assumindo. Mas assumir que algo é assim não é o que fazemos na >> ciência. O que fazemos é testar nossas suposições. Que *evidência* você >> tem de que todos os organismos estão *igualmente* distantes de evoluir >> qualquer característica? Essa probabilidade igual é uma característica comum >> daquelas coisas que vemos evoluindo?

> Que absurdo! Você não testa suas suposições de forma alguma. Onde está seu > teste estatístico para sua noção de que QUALQUER organismo é remotamente provável > de existir como você precisa que exista?

Tudo o que tenho de fazer é mostrar que a chance dessa existência é muito maior do que as chances que você propõe. De novo, a evidência de sequência dentro da função e nas famílias de genes relacionadas dizem que eu estou certo e sua ideia de que a evolução funciona por montagem aleatória do zero está errada.

Sean Pitman escreveu:
>>> Não estou pedindo que você apoie a teoria de descendência comum >>> aqui. Estou pedindo que você apoie o mecanismo de RM/NS.

Howard Hershey respondeu:
>> Qual parte do mecanismo de RM/NS você acha que não existe na >> natureza? Você acha que a mutação não é aleatória? Você acha que >> as taxas de mutação não são mensuráveis? Qual é o seu problema com o >> conceito de RM como causa básica e final de toda a 'variância gênica' >> natural nas populações?

>> Se há RM, então a questão é se a seleção natural ocorre na natureza. >> Do meu ponto de vista, o oposto da seleção natural não é estase (porque >> estase genética *requer* seleção natural contra mudança), é não seleção. >> A consequência da não seleção (o que significa que a seleção é >> significativamente indistinguível dos efeitos do acaso sozinho) é >> deriva genética (mudança ao longo do tempo). Seleção, positiva ou negativa, >> e a *intensidade* dessa seleção, dependem das condições ambientais locais. >> A seleção é medida pela métrica do sucesso reprodutivo relativo. >> Como qualquer variação genética deve existir em algum ponto >> entre seleção totalmente favorável e seleção totalmente desfavorável (com >> neutralidade seletiva sendo a área próxima do ponto médio) em um ambiente >> específico, todas as RM estão sujeitas à seleção natural. Seleção positiva ou deriva neutra >> levam a mudanças em genomas. Suas ideias podem diferir. Mas você precisa >> indicar onde acha que há um problema com o mecanismo de RM/NS. >> Dizer apenas que você é contra o mecanismo de RM/NS não me diz muita coisa. >> Eu penso que o *mecanismo* de RM/NS ocorrendo na natureza é bastante >> fortemente apoiado experimentalmente e por observação.

> LOL - tanto RM quanto seleção natural são forças reais da natureza.

Não foi isso que você disse. O que você disse é que RM/NS não pode ser sustentado como um mecanismo válido de mudança. Se você quer esclarecer, faça-o. Não ria de mim porque você fala coisas de forma particularmente obtusa e ignorante.

> Essa não é a questão. A questão diz respeito às chances do ponto inicial que você propõe ser remotamente provável de realmente existir em qualquer > pool gênico real de opções. Alô!

E quais são as chances da sua absurda numerologia GIGO realmente ser algo parecido com uma descrição honesta do processo evolutivo? Zero. Nil.

> Onde você esteve nos últimos anos em que temos debatido esse > conceito? Ah, esqueci. Você tem memória de peixe de ouro por causa de todo o > seu “coletivo Hershey” ...

Não. Você já admitiu, no passado, que suas “chances” não são as chances reais de algo realmente evoluir mas representa, de diversas maneiras, o mínimo provável de alguma coisa ou tamanho médio de intervalo ou alguma coisa que você depois descarta e reduz para um número menor que pode fingir não deixá-lo totalmente tolo. O que eu estou fazendo é usar evidência real, baseada em coisas que *realmente* existem em *verdadeiros* organismos para sustentar uma via *possível* e *especificamente* identificar lacunas *específicas* e que tipos de mutações poderiam cruzar essas *lacunas específicas* para produzir uma funcionalidade nova, adicional, modificada ou emergente.

>> De outro lado, retenção de traços genéticos que de outra forma seriam deletérios >> para o sucesso de sobrevivência/reprodução *quase sempre* (com exceções, incluindo >> ligação a genes fortemente selecionados e genes de segregaçao não mendeliana) requer >> “design inteligente”, também conhecido como “seleção artificial”. Normalmente esses >> traços de outra forma deletérios têm um benefício para o “designer” (também chamado >> de humanos). Exemplos incluem o peru doméstico, melancias sem sementes >> triploides e poodles de brinquedo.

> Aberração. Todas essas características são seleção baseada em função.

*Toda* seleção é por função, especificamente pelo efeito que a diferença funcional tem no sucesso reprodutivo relativo.

> Nenhuma forma de seleção baseada em função (nem se humanos estiverem envolvidos) > vai lhe dar um novo sistema benéfico além do limiar de 1000 aa^[1] neste tamanho de trilhões de anos de tempo.

O que tamanho tem a ver com isso? Como você define “novo”?

> Se você pensa de outro modo, tem de ter algum tipo de evidência > estatística para sugerir por que seus pontos de partida fortuitos provavelmente > já existiram alguma vez.

Isso seria deslocar a linha de chegada para uma “lacuna” mais antiga no tempo. Você está essencialmente perguntando como e por que um poro poderia evoluir sem ser especificamente para a produção de um flagelo e ser totalmente inútil até que um flagelo se forme. Ou qual é a utilidade de um motor se ele não movesse um flagelo. O ponto relevante é que poros rotativos existem sem fazer parte de um flagelo e também existem motores sem qualquer necessidade teleológica de serem capazes de se tornar parte de um flagelo. Mas as chances de formarem-se flagelos quando tais sistemas existem são claramente muito, muito, muito maiores do que se apenas o tamanho final fosse relevante e os flagelos fossem a *única* função possível que pudesse existir para o sistema (o que é o que sua matemática propõe).

> Onde está essa análise estatística que você precisa?

Semelhança de sequência em famílias gênicas.

>>> Os métodos estatísticos que você descreve aqui apenas demonstram que >>> certos graus de semelhança são mais prováveis como resultado de algum >>> mecanismo não aleatório.

>> As análises mostram que o padrão não é *apenas* um 'mecanismo não aleatório'. >> Esses métodos também podem excluir explicitamente a ideia de que >> esses padrões são resultado de diferença devido à necessidade funcional. >> O único processo natural (o sobrenaturalismo pode fazer qualquer coisa) >> consistente com esses resultados é a descendência comum histórica.

> De novo, teorias de descendência comum não têm nada a ver com explicar o > mecanismo de RM/NS.

Você novamente está fingindo que seu argumento é contra o *mecanismo* de RM/NS. No entanto, você se contradiz nesse ponto ao observar que sabe que RM e seleção natural são características conhecidas da biologia.

> Aquele mecanismo específico é o que está em discussão aqui - não CD. > Onde estão suas estatísticas para explicar como RM/NS funciona para encontrar alvos novos > em vários níveis de complexidade funcional?

O *mecanismo* de RM/NS não é diferente em nenhum nível de complexidade funcional. Que característica do *mecanismo* de RM/NS teria de mudar se a proteína ou sistema proteico fosse maior ou menor?

Sean Pitman escreveu:
>>> Além disso, o mecanismo de RM/NS é simplesmente assumido como capaz de >>> fazer o trabalho. Essa suposição específica é o que estou >>> questionando aqui.

Howard Hershey respondeu:
>> Se a RM na *ausência* de seleção natural (deriva neutra) pode explicar a quantidade >> total de mudança observada para o tempo disponível (como o faz para >> humanos e chimpanzés), não é uma *suposição* que RM/NS *também* possa >> realizá-la. Sabemos, por experimento e observação, que >> *quando* a seleção está presente, a quantidade de mudança (negativa ou >> positiva) é muito mais rápida do que quando não há seleção. >> Você tem evidência de que a média ou quantidade média de diferença nos >> genomas de chimpanzés e humanos *não* pode ser explicada apenas por deriva?

>> http://www.sciencedaily.com/releases/2006/10/061013104633.htm

>> Onde eles procuram regiões de sequência que mudaram mais rapidamente >> entre humanos e chimpanzés do que entre chimpanzés e ratos ou camundongos. >> Encontraram cerca de 200 dessas regiões, com apenas 3 codificando proteínas. >> A maioria são sem dúvida regulatórias. Mas mutações em regiões regulatórias >> são frequentemente quantitativas em seus efeitos em vez de qualitativas.

>> http://www.sciencedaily.com/releases/2008/11/081105191731.htm
>> http://www.sciencedaily.com/releases/2006/12/061219201931.htm

>> Outra diferença é no número de cópias de genes específicos. Algumas dessas >> podem ser particularmente importantes para as diferenças entre >> humanos e chimpanzés.

>> Mas absolutamente nada impede que quaisquer dessas diferenças sejam >> impossíveis pela RM. Todas as mudanças são do tipo que vemos ser >> produzidas por várias formas de RM hoje. E se estão sendo >> produzidas, claramente a seleção natural vai afetá-las (lembrando que >> a ausência de seleção é na escala da NS positiva até neutral até negativa).

> Você gosta de ir para as diferenças entre humanos e macacos > justamente porque ainda não sabemos muito sobre as diferenças funcionais > entre esses dois tipos de criaturas.

Isso não importa quais são as diferenças funcionais. O ponto permanece que, quaisquer que sejam (e incluem diferença em quase todos os ossos e em níveis de inteligência abstrata, pêlo e força e muitos outros diferenças fenotípicas), não há evidência de que isso exija atravessar suas lacunas hipotéticas.

> Fique com aquilo que sabemos mais sobre, Howard — como sistemas subcelulares > funcionalmente benéficos. Tente explicar como ir de um sistema > TTSS-like^[1] para um sistema de motilidade flagelar usando RM/NS, por > exemplo.

Eu já apontei que *flagelos*, os flagelos bacterianos reais, atuam como dispositivos de exportação de proteínas para toxinas. Além de atuarem como sistemas de adesão e uma série de outras *funções*. Você parece preso à ideia de que “flagelo” é uma função teleológica de objetivo e não pode ser composto de subfunções ou possuir funções adicionais. Você está errado. Isso é, flagelos *são* um sistema similar a TTSS. Todos os flagelos eucarióticos (mas não os arqueais) exportam flagelinas. Alguns exportam outras proteínas. Ou seja, alguns possuem *ambas* as funções e a *lacuna* entre os dois estados *funcionais* é zero.

> Use estimativas estatísticas reais para apoiar a probabilidade de que > suas pedras de transição necessárias realmente existam.

Quando o tamanho da lacuna é zero, estimativas estatísticas de chance não a mudam.

>>> Onde está a análise estatística que apoia este mecanismo específico? >>> Há muitos artigos estatísticos publicados sobre o conceito de descendência comum. >>> Não há um único, que eu saiba, publicado sobre o mecanismo de RM/NS.

>> Claro que há. Todos eles dizem que a força e direção da seleção natural >> são uma função do ambiente local. Há também muitos >> estudos mostrando que a mutação é aleatória. Que tipo de estatística você >> procura?

> Todos sabemos que a força e direção da seleção natural são uma função do > ambiente local. A questão aqui diz respeito à evolução de novos > sistemas funcionais que não estavam no pool gênico antes.

Mudança de *função* simplesmente nem sempre exige uma grande mudança em *estruturas* ou *sequências*. *Função* não é estrutura e sequência. Há relação. Mas não há correspondência um-para-um.

> Você argumenta que essa evolução depende do ponto de partida. De novo, > quais são as chances de seu ponto de partida necessário realmente existir?

Quais são as chances de células poderem ter poros rotativos e motores sem possuir funções flagelares? Resp.: uma. Sabemos que tais estruturas e sistemas funcionais existem em células. Agora, quantas dessas podem ser modificadas para se ligarem e gerar a nova *função* adicionada de rotação motorizada. Isso eu não sei dizer. Mas claramente é muito mais provável do que a ideia de que os flagelos começam por montagem aleatória do zero de um modo em que o tamanho final faria diferença.

> Você inventa todo tipo de ponto de partida quando precisa deles sem > jamais considerar as chances de suas invenções serem remotamente prováveis... > Isso não é ciência.

Vamos ver. Eu *especifico* uma lacuna *específica* entre estados funcionais *atuais*. Mostre que os *estados funcionais iniciais* podem realmente existir. E indique um *tamanho de lacuna real* que possa atravessar essa *lacuna específica*. Você gera um tamanho arbitrário. Ignore quantas lacunas são necessárias. Nunca discute qualquer lacuna *específica*. Gera chances que invocam um modelo de palha falso de evolução. Depois tenta reduzir com números menores porque reconhece que seu número não é sobre qualquer lacuna real *específica*. E você chama o que *eu* faço de “inventar”?

>>> Todos os artigos científicos simplesmente assumem que RM/NS fez o trabalho >>> sem submeter essa suposição a uma investigação científica real. >>> Não há artigos, nem um único, tratando das chances de que o mecanismo proposto >>> de RM/NS realmente tenha feito o trabalho.

>> RM/NS não tem um “trabalho” a fazer. Isso seria pensamento teleológico >> que assume que o mecanismo é orientado por objetivos.

> Errado. RM/NS realmente tem um trabalho a fazer — encontrar alvos novos benéficos. > Esse é o trabalho desse mecanismo. Sem esse trabalho realmente > acontecendo, a evolução não aconteceria.

Isso é o *potencial* do mecanismo, não seu trabalho.

>> Tanto RM quanto NS acontecem como consequência da natureza de nossos >> sistemas genéticos e do fato de que os organismos interagem com seus >> ambientes locais.

> Olhe. Tente se concentrar aqui. Não estamos falando apenas de RM e seleção natural > acontecendo.

Você é quem está afirmando que há algo “errado” no mecanismo de RM e seleção natural que está de alguma forma relacionado ao tamanho do sistema no qual o mecanismo está operando.

> Estamos falando de alvos novos benéficos sendo encontrados. Quais são > as chances de um alvo novo benéfico ser encontrado por RM/NS?

Depende dos pontos iniciais. Se você tem uma lacuna *específica* entre *funções específicas* que não pode ser cruzada porque todas as *possíveis* vias intermediárias entre esses estados funcionais são longas demais, por que você não apresenta *isso* como seu exemplo? Eu apresentei um exemplo de uma *lacuna específica* e das funções e estruturas tanto do início quanto do fim. Onde estão suas *lacunas específicas* em que você declara o ponto inicial e o ponto final?

> Resumindo, quais são as chances de um ponto inicial e alvo serem > realmente suficientemente próximos para RM/NS encontrá-los em um período > de tempo dado?

Em alguns casos, bem boas. Em outros, bastante ruins. Mas não por causa do tamanho do resultado final. De novo, a evolução não é uma loteria justa onde todos os organismos têm a mesma chance de “vencer”.

[1] Acrônimos:
    NS: Seleção Natural
    RM: Mutação Aleatória
    GIGO: Garbage In Garbage Out
    aa: aminoácido (bloco de construção de proteína)
    TTSS: sistema secreto de tipo III (uma estrutura em forma de agulha que algumas bactérias usam para injetar toxinas em outras células)

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