Un Ejercicio de Similitud

Publicación del Mes: Agosto 2005

por B. Richardson 

Asunto:    | Re: Solicitud
Fecha:     | 4 de agosto de 2005
ID del mensaje: | NailedIt@demKBykoL

John Harshman escribió:

> > Publicaré las secuencias en este hilo, cinco publicaciones, un conjunto de
> > nucleótidos por publicación. Dejaré la línea de asunto intacta. La
> > primera línea de cada publicación debe leer MUESTRA A1, MUESTRA A2, ....
> > MUESTRA A5. Seguirá una línea en blanco, luego los nucleótidos, no debe
> > haber nada más en las publicaciones. También he eliminado la numeración
> > en el lado izquierdo, tenía miedo de que se acercara a envolverse en
> > algunos lectores de noticias. Hay uno de cada
> >
> > Homo sapiens
> > Pan troglodytes
> > Gorilla gorilla
> > Pongo pygmaeus
> > Hylobates klossii
> >
> > No hay significación en el esquema secuencial A1, A2, A3, A4, A5 y
> > he mezclado intencionalmente los elementos para que no la haya.
> >
> > OK, aquí están mis identificaciones:
>
> > A3 = Hylobates

Correcto.

> A5 = Pongo

Correcto.

> A1 = Gorila

Correcto.

> A2, A4 = Homo y Pan

A2 es Homo, A4 es Pan.

También tenía Pan paniscus; creo que habrías bloqueado dos representantes de Pan con absoluta certeza si lo hubiera incluido en la mezcla, pero por supuesto no habría habido forma de distinguir entre Pan troglodytes y Pan paniscus.

Gracias por el esfuerzo, considero que este ha sido un ejercicio notable.

> Como dije, los dos primeros son fáciles, el tercero menos claro. Y los
> dos últimos son intercambiables; no hay ninguna forma posible de distinguirlos
> solo por la forma del árbol.
>
> Así es como lo hice:
>
> Primero tuve que ajustar ligeramente el archivo para ponerlo en una forma
> analizable usando el programa PAUP. Puse todas las secuencias en un solo
> archivo de texto. Puse un _ entre SAMPLE y A1, etc., porque PAUP reconoce
> los nombres como todo lo que aparece antes del primer espacio. Agregué esto
> al principio del archivo:
>
> #NEXUS
>
> BEGIN DATA;
> DIMENSIONS NTAX=5 NCHAR=1002;
> FORMAT DATATYPE=DNA ;
>
> MATRIX
>
> La primera línea asegura a PAUP que el archivo está en su formato estándar.
> Las líneas siguientes identifican un bloque de datos NEXUS, le indican al
> programa el número de especies y caracteres, e informan que los datos son
> de ADN. La última línea le indica que los datos reales están comenzando.
>
> Luego agregué esto al final:
>
> ;
> end;
>
> Esas dos líneas le indican al programa que los datos están terminando, y
> que el bloque DATA está terminando.
>
> Luego ejecuté el archivo en PAUP, lo que significa que cargué los datos
> en la memoria del programa y luego realicé uno de los análisis más simples,
> el agrupamiento por vecinos (neighbor joining). Otros métodos me dieron el
> mismo árbol. Aquí está el árbol:
>
> Árbol de agrupamiento por vecinos:
> 

> /------- SAMPLE A1
> |    /--------------------------- SAMPLE A2
> | /--+------------- SAMPLE A4
> \-+              /--------------------[...]------------------- SAMPLE A3
>   \--------------+------------------------- SAMPLE A5
> I had to shorten the branch to A3 so it would fit on this page; that's
> what the [...] means. OK, I pick the longest branch, A3 as Hylobates.
> Strictly speaking, this only works if there's a uniform rate of
> evolution, which is a bad assumption. But usually it will be close
> enough to make me confident in my pick. Of course, we will usually have
> a designated outgroup in the data, so I wouldn't have to make such a
> guess. All else follows from that. The first branch from A3 leads to A5,
> so that's Pongo. The next branch leads to A1, so that is suggested to be
> Gorilla. Note, however, that the branch separating A1 from A2-A4 is very
> short, so it's not very reliable. If A1 is Gorilla, then A2 and A4 are
> Homo and Pan, though we can't say which is which.
>
> Anyway, I had only one choice to make, and that was which one is
> Hylobates. All else follows from the shape of the tree. Picking
> Hylobates requires the single additional assumption that the rate of
> evolution doesn't vary too extremely from one species to another.
>
> So, are these more mitochondrial sequences?

No, un gen receptor del gusto. Tenga en cuenta que la entrada de Homo dice "candidato receptor del gusto TAS2R38", mientras que los demás dicen "miembro 38 del tipo 2 de receptor del gusto".

Homo sapiens
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&val=AF494231
http://tinyurl.com/6s48vns

Gorilla gorilla
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&val=45549380
http://tinyurl.com/adc6p

Hylobates klossii
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&val=45549384
http://tinyurl.com/drecx

Pongo pygmaeus
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&val=45549382
http://tinyurl.com/9bnpu

Pan troglodytes
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&val=45549378
http://tinyurl.com/7nxco

Pan paniscus
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&val=45549376
http://tinyurl.com/a6wzw

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