Mark Elkington a écrit :

Je pense qu'il est légitime et utile pour vous de fournir les citations dont vous disposez. Cependant, seules des citations avec des titres qui semblent pertinents peuvent donner une fausse impression de progrès :

"Il [Behe] consacre ensuite 13 pages à sa recherche bibliographique de 1200 articles dans le Journal of Molecular Evolution (JME) et d'autres sources techniques.

[snip]

« Puis il a consulté les index de 30 manuels de biochimie à la recherche d'entrées sur l'évolution. Sur 185 500 entrées d'index, seulement 138 prétendaient traiter de l'évolution. En général, il s'agissait d'affirmations sans fondement comme : « Les organismes ont évolué et se sont adaptés aux conditions changeantes à l'échelle d'un temps géologique et continuent de le faire. »
http://www.ridgenet.net/~do_while/sage/v1i9f.htm

Mark cite directement un site web qui fait référence au livre de Behe. Je suppose que Mark tente de souligner le manque de références à l'évolution dans les manuels de biochimie. Il (Mark) émet ensuite les déclarations suivantes.

Je n'ai pas qualifié vos citations de spéculations sur ma propre autorité. J'ai fait appel à des experts dans ce domaine, dont les citations vous avez silencieusement coupées ! Hmmm... je dois commencer à réchauffer.

Je n'argue pas systématiquement par appel à l'autorité, mais je pense que dans ce contexte, il est approprié d'introduire quelques résumés énoncés par des leaders du domaine. C'est un bon moyen d'avoir une vue d'ensemble de la forêt.

Supposons que, du point de vue de Mark, Behe soit un « expert dans le domaine ». Mark suppose que les manuels de biochimie ne parlent pas de l'évolution parce que Behe l'a affirmé.

C'est un sujet qui m'intéresse beaucoup, car je suis l'auteur de deux des manuels que Behe a examinés (Moran et al. 1994 ; Horton et al. 1993). La référence aux commentaires de Behe est :

Behe, M.J. (1996) La boîte noire de Darwin : Le défi biochimique à l'évolution. The Free Press, New York, pp. 179-183.

Behe dit,

« Une enquête menée sur trente manuels de biochimie [référence omise] utilisés dans les principales universités au cours de la dernière génération montre que de nombreux manuels ignorent complètement l'évolution. »

Ceci est-il vrai ? Bien sûr que non... et cela ne devrait pas surprendre ceux qui sont familiers avec les tactiques des anti-évolutionnistes. Behe trompe délibérément ses lecteurs de plusieurs manières différentes. Son premier homme de paille est l'implication que les manuels de biochimie traitent de l'évolution - ce n'est pas le cas. Il n'est pas du rôle des manuels de biochimie de décrire et d'expliquer l'évolution. Au contraire, les auteurs font l'hypothèse que les étudiants ont suivi des cours de biologie et sont familiers avec les concepts de base de l'évolution. Les biochimistes savent que rien en biologie n'a de sens sauf à la lumière de l'évolution et ils supposent simplement que les étudiants intelligents comprendront les références à l'évolution dispersées tout au long des manuels. Les manuels n'ignorent pas l'évolution, ils la prennent comme un fait.

L'autre grande tromperie employée par Behe consiste à supposer que toutes les références à l'évolution dans les manuels de biochimie peuvent être trouvées dans les index. C'est pourquoi son tableau liste le nombre total d'entrées d'index et celles qui se rapportent à l'évolution. C'est une manière extrêmement mauvaise pour Behe de chercher des exemples d'évolution dans les manuels. Laissez-moi expliquer pourquoi. Les index pointent généralement vers des explications ou des définitions de choses qui se trouvent dans le corps du manuel. Pour la plupart, dans ces livres, il y a peu d'"explications" de l'évolution, en soi. Il y a une bonne raison pour cela. Il ne devrait pas surprendre qu'il y ait peu d'entrées sous "évolution" puisque ce n'est pas le sujet de la biochimie. Cela ne signifie pas que la biochimie n'est pas discutée dans le contexte d'une compréhension de l'évolution, et cela ne signifie pas qu'il n'y a pas d'explications évolutives des processus biochimiques. Behe semble penser que les index d'un manuel devraient faire référence à chaque mention d'un mot particulier, alors qu'il sait que ce n'est pas vrai, même dans son propre livre. (Un autre problème est que les index des manuels sont généralement compilés par des éditeurs embauchés par l'éditeur. Habituellement, ils sont l'une des dernières choses faites avant la publication et c'est pourquoi ils ne sont pas si bons. D'après mon propre expérience, je soupçonne que la plupart des auteurs sont assez fatigués du livre à ce stade et ne prêtent pas beaucoup d'attention à l'index.)

La phrase suivante de Behe est,

"Par exemple, Thomas Devlin de l'université Jefferson à Philadelphie a écrit un manuel de biochimie qui a été publié pour la première fois par John Wiley & Sons en 1982 ; de nouvelles éditions ont suivi en 1986 et 1992. La première édition contient environ 2 500 entrées dans son index ; la deuxième édition en contient également 2 500 ; et la troisième en compte 3 000. Parmi celles-ci, le nombre d'entrées se référant à l'évolution est de zéro, zéro et zéro, respectivement."

Cela signifie-t-il que Devlin ignore complètement l'évolution ? Pas du tout. Voici le premier paragraphe de la page 1 de la 3e édition publiée en 1992.

« Par un processus qui n'est pas entièrement compris et en un laps de temps difficile à concevoir, des éléments tels que le carbone, l'hydrogène, l'oxygène, l'azote et le phosphore se sont combinés, dispersés et recombinés pour former une variété de molécules jusqu'à ce qu'une combinaison soit atteinte capable de se répliquer elle-même. Avec l'évolution continue et la formation de molécules de plus en plus complexes, l'environnement autour de certaines de ces molécules auto-répliquantes a été clos par une membrane. Ce développement a donné à ces molécules primordiales un avantage significatif en ce qu'elles pouvaient, dans une certaine mesure, contrôler leur propre environnement. Une forme de vie s'est développée et une unité d'espace, la cellule, a été établie. Avec le passage du temps, une diversité de vies s'est développée, et leur chimie et leurs structures sont devenues plus complexes. Finalement, elles étaient capables d'extraire des nutriments de l'environnement, de convertir chimiquement ces nutriments soit en sources d'énergie soit en molécules complexes, de contrôler les processus chimiques qu'elles catalysaient, et de se répliquer en d'autres cellules. Le défi de la recherche biochimique est de démêler les mécanismes chimiques derrière la manière organisée et contrôlée dont les cellules accomplissent leur fonction. »

Cela ressemble-t-il à quelqu'un qui ignore l'évolution ? Comme on peut s'y attendre à partir du premier paragraphe, l'évolution est mentionnée à de nombreuses reprises dans le manuel, bien qu'il soit juste de dire qu'elle n'est pas mise en avant.

A propos, l'affiliation de Devlin est le Département de Chimie Biologique, Université Hahnemann, Philadelphie, et non l'Université Jefferson comme Behe l'indique dans son livre. L'affiliation est clairement indiquée sur la page de titre du manuel de biochimie, 3e édition - celui que Behe aurait supposément examiné si attentivement. Devlin n'a pas écrit le manuel. Il est clairement identifié sur la couverture en tant qu'éditeur. Il y a 28 chapitres rédigés par un total de 27 auteurs. Les auteurs de chaque chapitre sont clairement identifiés à plusieurs endroits dans le livre. Au cas où quelqu'un serait intéressé, la dernière édition est :

Devlin, T.M. (éditeur) (1997) Textbook of Biochemistry with Clinical Correlations. Wiley-Liss, New York, 4e éd.

Ceci est un excellent livre pour ceux qui souhaitent en apprendre davantage sur la biochimie humaine et les aspects cliniques.

Behe continue,

"Un manuel de Frank Armstrong de l'Université d'État de Caroline du Nord, publié par l'Université d'Oxford, est le seul livre récent à inclure un chapitre historique examinant les développements importants en biochimie, en commençant par la synthèse de l'urée en 1828. Le chapitre ne mentionne ni Darwin ni l'évolution. Dans trois éditions, le livre d'Armstrong a jugé inutile de mentionner l'évolution dans son index."

J'ai une copie de la 3e édition (1989) - il s'agit de la dernière édition figurant dans la liste de Behe. Il est vrai qu'il n'y a pas d'entrée dans l'index sous « évolution ». Cependant, il y a de nombreuses références à l'évolution dans le manuel. Dans le chapitre 8, par exemple, il y a une section entière intitulée « Évolution biochimique ». Peut-être que Behe aurait dû consulter la table des matières plutôt que l'index ?

Armstrong ne mentionne pas Darwin dans son chapitre historique introductif. De nombreux manuels de biochimie ne le font pas, bien que j'aie inséré une photo de Charles Darwin dans mon dernier livre uniquement pour faire la morale à Behe. Il n'est pas vrai que les manuels de biochimie, en général, ignorent l'évolution dans leurs chapitres d'ouverture comme Behe voudrait que nous le croyions. Nous avons vu que Devlin commence son livre avec l'évolution et d'autres soulignent qu'une compréhension de l'évolution est importante pour comprendre la biochimie. L'un de mes livres plus anciens (Horton et al. 1993) figure sur la liste de Behe et dans le chapitre 1 j'ai écrit une section intitulée « Tous les organismes ont évolué à partir d'un ancêtre lointain ». Je suppose que Behe a manqué cela lors de la collecte de ses données.

Behe continue de se moquer de lui-même :

"Un autre manuel publié par John Wiley & Sons ne contient qu'une seule référence à l'évolution dans son index sur un total de 2 500. Elle renvoie à une phrase à la page 4 : « Les organismes ont évolué et se sont adaptés aux environnements changeants sur une échelle de temps géologique et continuent de le faire. » Rien d'autre n'est dit."

Behe fait référence à un livre de Conn, Stumpf et al. (1987). Il n'y a qu'une seule entrée sous « évolution » dans l'index. Elle renvoie à la page 4 - voici le paragraphe entier.

"Le biochimiste doit être conscient des capacités des organismes à changer et s'adapter, non seulement dans le cadre temporel d'un organisme individuel, mais aussi à l'échelle des temps évolutifs. Il n'est pas suffisant de considérer tout organisme non cellulaire, unicellulaire ou multicellulaire de manière isolée tel qu'il existe aujourd'hui. Les organismes peuvent être classés en appartenant à des espèces ou à des groupements taxonomiques ou fonctionnels similaires. Les organismes échangent, ou du moins transmettent, de l'information de contrôle encodée symboliquement. Autrement dit, ils possèdent des systèmes génétiques. Les capacités de la descendance reflètent les capacités du ou des parents, et la descendance suit des plans de développement définis. Ces plans, bien que définis, ne sont pas rigides. Ils sont modifiés par l'environnement et le temps. Les organismes ne peuvent être compris sans prendre en compte ce que leurs ancêtres devaient être. Les organismes ont évolué et se sont adaptés aux environnements changeants à l'échelle des temps géologiques et continuent de le faire. Ainsi, les biochimistes recherchent des explications chimiques de la manière dont les organismes s'adaptent à leur environnement, à la fois à court terme et sur des échelles de temps immenses." [soulignement ajouté]

On pourrait s'attendre à trouver davantage sur l'évolution dans un tel manuel et vous ne serez pas déçu. Le chapitre 3 aborde les arbres phylogénétiques basés sur les séquences d'acides aminés, le chapitre 11 présente la voie du pentose phosphate dans le contexte d'un système évolué, et le chapitre 15 expose l'évolution de la photosynthèse. Ce ne sont là que quelques-uns des nombreux exemples que Behe a dû manquer lorsqu'il a lu ce manuel.

Behe continue :

"Certains manuels font un effort concerté pour inculquer aux étudiants une vision évolutionniste du monde ...."

C'est exact. Quel est le problème ? N'est-il pas important, dans le cadre de l'éducation, d'enseigner la vision scientifique correcte du monde ?

[Note de l'éditeur : N'est-ce pas que cette affirmation est inconsistante avec l'ensemble de la thèse de Behe ? Comment peut-il simultanément soutenir que les manuels de biochimie ne mentionnent pas l'évolution et pourtant que les manuels de biochimie tentent d'inculquer à leurs étudiants des idées évolutionnistes ?]

Behe conclut par :

"De nombreux étudiants apprennent dans leurs manuels comment voir le monde à travers le prisme de l'évolution. Cependant, ils n'apprennent pas comment l'évolution darwinienne aurait pu produire l'un des systèmes biochimiques remarquablement complexes que ces manuels décrivent."

Il est vrai que les manuels de biochimie ne contiennent pas de descriptions complètes de toutes les voies évolutives qui mènent à des systèmes biochimiques complexes. Dans la plupart des cas, nous ne connaissons pas la voie évolutive exacte. Même si nous le savions, nous ne les inclurions pas tous dans un manuel de biochimie car ces textes traitent de biochimie et non d'évolution. Ce que font les auteurs de manuels, c'est de pointer des exemples d'évolution biochimique et d'expliquer comment certaines données sont acquises (par exemple, les séquences d'acides aminés et de nucléotides). De plus, la plupart d'entre nous n'insisteraient pas sur « l'évolution darwinienne » car c'est un concept dépassé – surtout au niveau moléculaire. Nous parlons de la version moderne de l'évolution dans les manuels récents.

En conclusion, Behe est très loin de la vérité avec ses critiques des manuels de biochimie. Il semble s'être efforcé de construire et de démolir une version de paille de l'importance de l'évolution dans les manuels de biochimie. De plus, il choisit délibérément d'utiliser les entrées d'index comme critère alors qu'il devrait savoir que cela donne une impression totalement fausse de ce qui se trouve réellement dans un livre. Dans l'ensemble, il s'agit d'un très mauvais exemple de travail universitaire. Je pense que Mark devrait choisir de meilleures autorités.

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