« Trompeur » est la manière dont AFDave a caractérisé mon essai TalkOrigins dans ses commentaires sur le forum de Richard Dawkins et sur un message du 28 mai 2007 sur son propre site Web [Dr. Edward Max sur la vitamine C et le plagiat]. En outre, il formule deux observations sur mon essai qui, selon lui, reflètent une « erreur fondamentale de logique ». Il apporte très peu de preuves en soutien à ses affirmations, mais s'appuie sur des citations étendues d'un Daniel Criswell, qui possède un doctorat en biologie moléculaire et est professeur à l'Institut de recherche sur la création, école de doctorat.

J'aimerais répondre brièvement à AFDave.

Mon essai sur TalkOrigins examine comment les similitudes dans les séquences d'ADN non fonctionnelles entre différentes espèces modernes (par exemple, l'humain et le chimpanzé) suggèrent fortement que ces séquences ont été copiées à partir d'un ancêtre commun des deux espèces modernes. Les créationnistes soutiennent que le Créateur a conçu les chimpanzés et les humains pour ressembler et fonctionner de manière similaire, de sorte que des similitudes seraient attendues dans l'ADN qui contrôle la structure et le fonctionnement du corps. Mais lorsque nous trouvons des similitudes humain/chimpanzé dans des caractéristiques d'ADN qui reflètent des accidents moléculaires non fonctionnels, il est difficile d'invoquer une explication par un « dessein intelligent », donc l'héritage d'un ancêtre commun semble plus probable.

Comme un exemple, mon essai aborde la séquence d'ADN codant pour la dernière enzyme de la voie biochimique menant à la synthèse de la vitamine C (acide ascorbique). La plupart des mammifères produisent cette enzyme (abrégée GLO ou GULO) et peuvent donc synthétiser leur propre acide ascorbique, ce qui leur permet de vivre sans aucune vitamine C dans leur alimentation. La plupart des primates ne produisent pas GLO et ont donc besoin de consommer de la vitamine C. Lorsque les scientifiques ont examiné la position du génome humain correspondant à l'emplacement du gène fonctionnel GLO des rongeurs, ils ont constaté que le génome humain contient une séquence GLO reconnaissable qui a été compromise par plusieurs mutations. De telles séquences compromises qui ne peuvent pas coder une protéine fonctionnelle sont appelées pseudogènes. Puisque les créationnistes n'ont aucune explication quant à pourquoi un Créateur intelligent insérerait un pseudogène non fonctionnel dans l'ADN humain précisément à l'emplacement où un gène fonctionnel se trouve chez d'autres espèces, ce pseudogène est très probablement le vestige d'un ancien gène GLO qui a subi diverses mutations l'ayant inactivé. De plus, les pseudogènes situés à la même position dans l'ADN des chimpanzés, des macaques et des orang-outans partagent tous une mutation compromise commune avec la séquence humaine ; cela est cohérent avec l'idée que cette mutation s'est produite chez un ancêtre primate commun aux humains et à ces trois espèces.

En alléguant mon « erreur fondamentale de logique », un point soulevé par AFDave (également soutenu par Criswell) est que nous n'avons aucune preuve que les pseudogènes n'aient aucune fonction ; les pseudogènes peuvent avoir une fonction que nous n'avons pas encore découverte. Si tel est le cas, ils auraient pu être conçus indépendamment dans les quatre espèces pour servir cette fonction inconnue. Les lecteurs du post d'AFDave auraient pu conclure que mon essai a négligé cette possibilité, ou que j'ai intentionnellement omis d'en discuter afin de « tromper » mes lecteurs. En fait, j'examine longuement la possibilité d'une fonction chez les pseudogènes (et autres anomalies supposées non fonctionnelles dans l'ADN) dans la section 5 de mon essai, que j'invite les lecteurs à examiner. J'explique plusieurs raisons pour lesquelles les scientifiques pensent que la plupart de ces séquences peuvent être considérées comme non fonctionnelles, notamment le fait qu'elles peuvent survenir par des événements aléatoires lors d'expériences en laboratoire sans aucune explication surnaturelle évidente et sans conférer aucune fonction apparente, et qu'elles peuvent être supprimées du génome sans causer de préjudice apparent aux individus qui ne les possèdent pas. Et dans mon essai, je fais tout mon possible pour être équitable en mentionnant quelques exemples où une certaine fonction a été suggérée pour certains pseudogènes inhabituels. AFDave ignore tous les arguments que j'ai présentés pour la non-fonction de la plupart des pseudogènes, afin d'éviter de devoir les défendre.

Criswell suggère que « peut-être avons-nous perdu [la fonction du gène GLO humain], mais en raison de la « Chute » ». Le même argument a été avancé par d'autres créationnistes, et j'y ai répondu dans la section 5.7 de mon essai :

Cette interprétation semble plausible, et—si nous ignorons la partie du « Pèche »—n'est pas très différente de l'idée évolutionniste selon laquelle les pseudogènes apparaissent par des accidents génétiques aléatoires. Cependant, cette interprétation ignore complètement le fait que de nombreux pseudogènes sont partagés entre les singes et les humains, situés aux mêmes positions et partageant les mêmes défauts génétiques, apparemment le résultat du même accident génétique ou de la même « modification dégénérative » chez un ancêtre commun. (Si ces pseudogènes partagés sont apparus après le « Pèche », comme suggéré par [Criswell], le « Pèche » s'est-il peut-être produit avant que l'homme ne se soit séparé des singes ?)

Criswell mentionne divers organes qui ont été incorrectement jugés, par le passé, comme des vestiges évolutifs sans fonction, jusqu'à ce que des études ultérieures découvrent qu'ils ont bel et bien des fonctions. Criswell écrit à propos des pseudogènes : « Le simple fait que les scientifiques ne connaissent pas actuellement la fonction d'une portion d'ADN ne signifie pas qu'elle n'a aucune fonction et qu'elle est donc un vestige évolutif. » J'ai également abordé ce point dans mon essai (section 5.2) :

Imaginez un accusé lors d'un procès pour meurtre se défendant contre des preuves accablantes en avançant l'argument parallèle : puisque certains criminels condamnés ont par la suite été acquittés, celui-ci (l'accusé actuel) devrait donc être acquitté maintenant, car un jour dans le futur, des preuves pourraient être trouvées pour le laver de tout soupçon ! Cette défense serait aussi ridicule que l'argument du Dr. [Criswell]. Les scientifiques (et les jurys) doivent tirer leurs conclusions sur la base des meilleures preuves disponibles à l'époque. Il est vrai que des preuves ultérieures peuvent acquitter un criminel condamné ou renverser une théorie scientifique. Cette possibilité devrait favoriser l'humilité et nous inciter à la prudence face aux conclusions dogmatiques (et peut-être à la peine de mort) ; mais elle ne devrait pas nous dissuader de tirer les conclusions les plus raisonnables des données à notre disposition.

Étant donné les preuves citées dans mon essai, la conclusion la plus raisonnable pour le moment est que la plupart des pseudogènes n'ont aucune fonction.

Criswell continue en disant : « Il a été rapporté que les pseudogènes jouent un rôle régulateur chez la levure pour les gènes fonctionnels avec lesquels ils partagent une homologie de séquence (Hirotsune et al., 2003). » Il s'agit de l'une des rares citations de preuves fournies par AFDave et Criswell, et les lecteurs pourraient être intéressés à l'examiner pour juger du niveau de l'érudition créationniste et de la validité ou de la tromperie du traitement créationniste des preuves. Consultez le papier cité par Criswell (Hirotsune et al. Nature 423:91, 2003) :

1. Cet article ne rapporte pas de fonction pour les « gènes » (pluriel) ; il rapporte la fonction d'un seul pseudogène, Mkrn1-p1, à savoir que l'ARN exprimé à partir de cette séquence régule l'expression du gène fonctionnel Mkrn1.
2. Le pseudogène discuté se trouve chez la souris, pas chez la levure.
3. Les conclusions de l'article de Hirotsune ont été complètement réfutées par une publication plus récente : « Le pseudogène Mkrn1-p1 supposé fonctionnel n'est ni exprimé ni imprégné, et il ne régule pas son gène source en trans » Gray et al. PNAS 103:12039, 2006. Je n'ai pas fait référence à cet article dans mon essai car l'article n'était pas publié en 2003 lorsque j'ai révisé pour la dernière fois mon essai (j'espère avoir du temps pour le mettre à jour cette année). Mais étant donné que AFDave et Criswell écrivaient en 2007, on doit se demander s'ils ont omis de mentionner cet article de 2006 par ignorance ou pour tromper leurs lecteurs. Dans les deux cas, cette omission ne reflète pas bien la recherche créationniste. L'article de Hirotsune a été cité par de nombreux créationnistes contestant l'idée que les pseudogènes partagés impliquent un ancêtre commun, et la réfutation de cet article affaiblit le soutien déjà maigre à leur point de vue.

À part l'invocation d'AFDave d'une fonction possible pour les pseudogènes, il formule un second argument concernant mon essai, alléguant une autre « erreur fondamentale de logique ». Mon essai suggère que les erreurs non fonctionnelles de l'ADN similaires (par exemple, les pseudogènes) partagées entre des espèces vivantes sont analogues aux erreurs de manuel partagées entre différents manuels. Des erreurs identiques impliquent un copiage de quelque sorte (plagiat dans le cas du manuel) par opposition à une origine indépendante. AFDave critique cette analogie, en disant :

LE « TEXTE D'ERREUR » DANS LE GÈNE GLO NE N'EST PAS IDENTIQUE, ALORS QU'IL EST IDENTIQUE DANS LE CAS DU MANUEL.

Si je comprends bien le point de AFDave ici, il suggère que bien que les pseudogènes GLO de l'homme et du chimpanzé contiennent certains des mêmes « erreurs » (mutations), le fait que d'autres parties des pseudogènes ne soient pas parfaitement identiques invalide mon analogie avec les erreurs de plagiat dans un manuel scolaire. Pense-t-il que la preuve de plagiat serait invalidée si les paragraphes plagiés contenaient quelques fautes de frappe absentes de la version originale ? AFDave ne dit jamais explicitement cela, et n'articule jamais une explication alternative pour les pseudogènes partagés qu'il pense serait favorisée (par rapport au copiage depuis un pseudogène ancestral commun) par l'existence de légères différences entre les séquences de pseudogènes du chimpanzé et de l'homme. Il n'est pas clair s'il pense que ces légères différences contredisent les prédictions de l'évolution ou favorisent un modèle créationniste alternatif. En l'absence d'une explication claire de la vision de AFDave, nous ne pouvons que spéculer sur les fondements de sa critique.

À mon avis, les « erreurs partagées » (par exemple, les pseudogènes partagés entre l'homme et le singe) peuvent être expliquées de trois manières :

1. Les pseudogènes ne sont pas vraiment des erreurs mais ont été insérés indépendamment à des fins que nous ne comprenons tout simplement pas. (Cette possibilité a été discutée ci-dessus.)
2. Les pseudogènes sont apparus indépendamment et accidentellement mais sont similaires par hasard.
3. Les pseudogènes reflètent un copiage à partir d'une source commune.

La critique d'AFDave pourrait indiquer qu'il favorise la seconde explication, comme si son explication alternative pour les pseudogènes GLO presque identiques était que des séquences d'ADN hautement similaires mais totalement non fonctionnelles s'étendant sur des centaines de paires de bases auraient pu survenir par hasard indépendamment dans la région correspondante de l'ADN humain et de l'ADN de chimpanzé. La probabilité de cela se produisant purement par hasard dépend de la longueur de la séquence d'ADN et du pourcentage de séquence correspondante entre les deux espèces ; mais pour presque tous les exemples raisonnables, la probabilité est négligeable, de sorte qu'AFDave a un travail considérable à accomplir pour expliquer comment cela pourrait se produire. En revanche, l'existence de différences mineures entre les pseudogènes partagés entre les espèces est exactement ce qui serait prédit par le modèle évolutif de copie à partir d'une source ancestrale commune. Si le gène GLO a été désactivé dans un ancêtre commun des primates modernes, alors après que les lignées se soient séparées en chemin vers l'évolution en chimpanzés et humains, le pseudogène GLO serait susceptible de subir d'autres mutations indépendantes dans chaque lignée. Ces mutations supplémentaires ne seraient pas éliminées par la sélection naturelle car il n'y a pas de pression de sélection pour préserver une séquence d'ADN qui est déjà non fonctionnelle. Les pseudogènes GLO actuellement présents chez le chimpanzé et l'homme contiendraient alors certains changements d'ADN uniques à chaque espèce individuelle, tout en conservant la plupart des mutations présentes dans l'ancêtre commun du chimpanzé et de l'homme. Cette image de séquence partagée plus des mutations uniques supplémentaires est exactement ce que nous trouvons dans les pseudogènes GLO et la plupart des millions d'autres pseudogènes et rétrotransposons partagés dont je parle dans mon essai.

Ainsi, les critiques de AFDave et Criswell, fondées sur des preuves futures espérées ou sur une logique totalement floue, ne parviennent pas à affaiblir les conclusions de mon essai.

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