Réponse à Plaisted : Erreurs plagiées et génétique moléculaire

Cher David Plaisted,

J'ai lu votre publication sur le web intitulée « Erreurs partagées dans l'ADN des humains et des singes, » qui semble être une réponse à mon essai (« Erreurs plagiées et génétique moléculaire ») sur TalkOrigins, bien que vous ne mentionniez pas l'essai par son nom ou son URL. Je pensais que vous pourriez être intéressé par ma réponse à votre réponse.

Vous affirmez qu'« à première vue », vous avez trouvé mon essai un argument solide en faveur de l'évolution, sous-entendant qu'après un certain temps, cela vous a semblé moins problématique en tant que créationniste. Si les points numérotés de votre message réfléchissent les raisons de votre changement d'attitude, mon hypothèse est que ce changement s'est produit parce que vous avez progressivement oublié les détails de mon essai ; tous vos points numérotés semblent déjà avoir été répondu dans l'essai.

La première partie de votre point #2, à savoir qu'il est trop tôt pour tirer des conclusions sur les implications des pseudogènes et des rétrotransposons (« nous sommes encore en train d'apprendre »), est répondue par la section 5.2 de l'essai. Des centaines de papiers sur les pseudogènes et les rétrotransposons ont été publiés au cours des 15 dernières années, avec des résultats reproduits dans de nombreux laboratoires, de sorte qu'à l'heure actuelle « nous savons assez sur leur apparition pour ne pas avoir besoin de postuler un concepteur mystérieux ou une fonction inconnue pour les expliquer ». Nous serions à peine convaincus par un accusé dont la seule défense serait que « il devrait être déclaré innocent car à un moment donné dans le futur, des preuves pourraient être découvertes qui pourraient l'absoudre ». En tant que scientifiques, nous acceptons provisoirement ce que nous dit la preuve actuelle, en reconnaissant toujours que les données futures pourraient nous obliger à réviser notre point de vue. Sur la base de cette preuve actuelle, les pseudogènes et les rétrotransposons partagés représentent des accidents génétiques ancestraux plaçant en faveur d'un modèle évolutif, et il n'y a aucune raison — autre que la foi religieuse — d'attendre autre chose dans le futur. Quant à votre suggestion que nous devrions voir si les similitudes dans l'ADN de différentes espèces peuvent être placées dans un arbre évolutif cohérent, ce type de données a été largement examiné et produit effectivement un arbre évolutif cohérent, dans la marge d'erreur statistique (comme je l'ai indiqué dans ma section 1.1).

Votre idée (point #4) selon laquelle « le Seigneur a inséré ces similarités pour une raison que nous ne comprenons pas... [peut-être] comme des tests de notre foi » est répondue par la section 5.10 de mon essai. Le Seigneur aurait tout aussi bien pu créer – comme un test de notre foi – TOUTE preuve scientifique qui soutient fortement l'évolution, y compris les caractéristiques radiométriques des minéraux et les fossiles d'Australopithèque. Votre attitude semble être celle de l'approche créationniste typique : si un argument « scientifique » semble soutenir la création, alors ils affirment que la preuve scientifique est un moyen valide de renforcer la vérité de la création ; mais si la preuve soutient l'évolution, alors ils l'appellent un « test de notre foi » et la rejettent comme un soutien valide pour l'évolution. Cette attitude semble être partagée par de nombreux créationnistes. En effet, dans l'édition d'avril 1997 des Acts & Facts distribuées par l'Institut de recherche sur la création, Henry Morris, le fondateur de cette organisation, écrit : « ...nous croyons que la Bible doit prendre le pas sur les théories scientifiques. » La notion créationniste selon laquelle vous pouvez sélectionner et choisir les résultats scientifiques qui vous conviennent et rejeter ceux qui ne correspondent pas à votre dogme préconçu – les appelant des artefacts créés divinement au-delà de notre compréhension, ou un « test de foi » – est une anathème pour les vrais scientifiques comme moi-même, et constitue une raison majeure pour la vigueur avec laquelle nous opposons nous-mêmes à l'autorisation de la pseudoscience du créationnisme dans les salles de classe scientifiques. Sur un plan personnel, je tiens à clarifier mon propre respect envers ceux qui acceptent une vision littérale de la création, plaçant la Bible au-dessus de la science par un acte de foi religieuse. Une preuve mathématique impose l'acceptation d'un théorème ; mais il n'y a rien dans mon essai (ou ailleurs dans le domaine scientifique) qui impose une croyance en l'évolution à quelqu'un qui a choisi de croire en la création en raison de l'autorité religieuse de la Bible. Personne ne devrait être forcé de valoriser la méthode scientifique par-dessus la foi religieuse. Cependant, je crois que ceux qui tiennent une vision de la création basée sur la foi religieuse ne devraient pas essayer de faire semblant que leur croyance est basée sur un jugement scientifique impartial, et ne devraient certainement pas essayer de faire pénétrer leurs vues dans la salle de classe de sciences des écoles publiques sous le faux manteau du « scientifique » créationnisme. Une réponse créationniste à mon essai que je pourrais respecter serait : « L'essai semble montrer un fort soutien scientifique pour l'évolution, mais ma foi religieuse me persuade que la conclusion est erronée, même si je ne vois aucun défaut scientifique dans elle. »

Votre point #3 (les mutations ne sont pas complètement aléatoires, de sorte que certaines mutations partagées pourraient survenir indépendamment) est une possibilité théorique, mais où sont les preuves qui le soutiendraient s'il était vrai ? En fait, les scientifiques qui cataloguent les mutations génétiques responsables de maladies génétiques spécifiques ont constaté que des dizaines de mutations différentes peuvent inactiver des gènes particuliers ; vous pourriez donc avoir du mal à soutenir que toute mutation partagée particulière serait due à des événements non aléatoires indépendants. Votre argument omet également ma section 5.9, dans laquelle je souligne que, dans le cas de l'insertion de rétrotransposons, des insertions identiques indépendantes n'ont pas été observées, même chez des individus de la même espèce.

Votre point #5 est une hypothèse religieuse ad hoc, basée sur ce qui me semble être une théologie plutôt fragile (Dieu punit les singes pour les péchés humains ?). Mais plus important encore, il néglige le fait que les exemples les plus convaincants, ainsi que les plus nombreux, qui soutiennent ma thèse sont des cas où les « erreurs » ne pourraient à peine être considérées comme une « malédiction » car elles n'affectent pas le bien-être de l'organisme d'une manière détectable.

Quant à mon utilisation du mot « erreur » (votre point #6), je vous rappelle que j'ai soigneusement défini un sens assez spécialisé de ce terme dans le but de cet essai (ma section 2.2). Vous pouvez arguer, à titre rhétorique, que j'aurais dû inventer un terme entièrement nouveau pour exprimer le concept que j'ai défini, mais je crois que cela aurait été plus confus pour les lecteurs.

Votre point n°7, suggérant qu'un pseudogène aurait pu évoluer à partir d'ADN sans sens pour ressembler à un gène fonctionnel par des mutations aléatoires successives, est absurde, et c'est pourquoi j'ai écarté cette possibilité dans ma section 4.7. En effet, le Dr Gish fournit de nombreux calculs qui démontrent à quel point un tel événement serait incroyablement improbable. Ses calculs sont totalement inappropriés pour expliquer la probabilité d'évoluer un gène FONCTIONNEL car il ignore le mécanisme évolutif d'itérations multiples de sélection pour de minuscules améliorations de fonction. Mais ses calculs sont précisément appropriés pour démontrer qu'il serait impossible pour des mutations aléatoires de produire un pseudogène EN L'ABSENCE DE SÉLECTION POUR LA FONCTION, ce que vous proposez.

Votre point #8 suggère que les humains et les chimpanzés pourraient partager des pseudogènes pour le métabolisme de la vitamine C par des mutations indépendantes résultant de la perte de la pression de sélection pour préserver des gènes fonctionnels, ou même par une pression de sélection pour inactiver les gènes (votre point #9). Je suis tout à fait d'accord pour dire que c'est possible ; en effet, l'histoire des gènes galactosyltransférase semble suivre un schéma très similaire (comme je l'ai souligné dans la boîte de la section 4.1). Mais comme je l'ai mentionné ci-dessus, lorsque les scientifiques examinent les mutations dans un gène humain particulier pour comprendre la cause d'une maladie génétique, ils constatent généralement que de nombreuses mutations différentes peuvent inactiver un gène. Par conséquent, comme je l'ai mentionné dans la section 4.1, si les primates étroitement apparentés aux humains présentent les MÊMES mutations invalidantes dans leurs pseudogènes LGGLO que celles que nous observons dans les pseudogènes humains, cette découverte soutiendrait le modèle évolutif. Comme je l'ai souligné, les données sur cette question ne sont pas encore disponibles pour les pseudogènes LGGLO, mais dans d'autres pseudogènes partagés, des mutations invalidantes identiques favorisent clairement l'évolution (voir ma section 4.2).

Votre point n° 10 — selon lequel nous ne devrions pas spéculer sur les relations entre les organismes vivants car ces relations reflètent des idées divines — semble être un argument purement théologique, sur lequel je ne peux pas commenter d'un point de vue scientifique, sauf à dire que cela me semble plutôt anti-scientifique. (Les relations entre les formes vivantes sont-elles plus le produit de l'esprit de Dieu que les lois de la physique ? N'est-ce pas la plupart du temps que la théologie et la religion tentent de comprendre ce qu'on pourrait appeler l'esprit de Dieu ?)

Je n'ai pas compris du tout votre paragraphe avant-dernier. Peut-être devriez-vous le reformuler.

Je suis désolé si mon essai a laissé apparaître une quelconque trace de sarcasme (certainement involontaire), mais je ne peux pas accepter votre critique selon laquelle il était « biaisé » à moins que vous ne puissiez me montrer un exemple de conclusion que j'ai tirée des preuves de manière incorrecte en raison d'une notion préconçue qui a inappropriément influencé mon interprétation. J'ai en effet une opinion forte basée sur mes conclusions issues des preuves que j'ai décrites, et j'ai essayé de formuler cette opinion clairement. Je considère cela comme la fonction appropriée d'un scientifique ; c'est ce que j'essaie de faire chaque jour dans mon travail. Une opinion bien fondée n'est pas la même chose qu'un biais. À l'inverse, la pratique d'accepter les preuves scientifiques uniquement lorsqu'elles semblent confirmer votre dogme, tout en rejetant les observations qui remettent en cause ce dogme (les qualifiant de trop « nouvelles » pour être acceptées, ou d'un « test de foi » plutôt qu'une réflexion de la réalité matérielle) reflète, selon moi, un biais. Lorsque les créationnistes invoquent les mystérieux travaux de Dieu comme une explication alternative pour toute preuve qui contredit leur position, ils peuvent se satisfaire de pouvoir s'accrocher à leurs croyances sans avoir à faire face à un défi franc à leur foi ; mais lorsqu'ils le font, je crois qu'ils renoncent au droit d'être pris au sérieux en tant que participants à un discours scientifique impartial.

Cordialement,

Ed Max

P.S. Un lecteur de votre essai — celui qui m'en a fait part — a suggéré que je publie ma réponse pour les lecteurs de Talk.Origins. Je fais cela en envoyant une copie à l'administrateur du site.