Cher Carl Wieland,

J'ai tout juste découvert votre article sur le Web intitulé 'Junk-making' viruses neutralize an evolutionary argument, dans lequel vous affirmez que l'argumentation évolutive basée sur les pseudogènes partagés est invalide. Comme vous pouvez le savoir, j'ai écrit un article étendu (publié sur l'Archive TalkOrigins) dans lequel je détaille pourquoi les rétrotransposons/pseudogènes partagés entre les espèces plaident fortement en faveur de la descendance commune et soutiennent donc l'évolution. Je vous écris maintenant pour expliquer pourquoi je pense que les conclusions de votre article sont erronées.

1. Vous écrivez « il n'existe pas de schéma cohérent de pseudo-gènes (sic) chez l'humain, le chimpanzé et le gorille à partir duquel on pourrait soutenir que l'humain est plus proche du chimpanzé que du gorille. Certains pseudo-gènes sont partagés par l'humain et le chimpanzé, mais pas par le gorille, tandis que d'autres sont partagés par l'humain et le gorille, mais pas par le chimpanzé. »

Selon la vision évolutionniste actuelle, les humains, les chimpanzés et les gorilles ont partagé des ancêtres communs pendant des centaines de millions d'années, depuis l'origine de la vie jusqu'à environ 6 millions d'années (MYA) avant le présent, moment où une lignée de gorille distincte s'est séparée. Par conséquent, le modèle de l'évolution prédit que la plupart des rétrotransposons/pseudogènes humains seront partagés entre les trois espèces, car tout rétrotransposon/pseudogène apparu chez les ancêtres humains avant 6 millions d'années (MYA) aurait été transmis également à leurs descendants humains et singes. Cette prédiction est soutenue par les preuves actuelles selon lesquelles la plupart des pseudogènes humains examinés sont partagés par les chimpanzés et les gorilles, et c'est cette preuve qui plaide fortement en faveur du fait que ces trois espèces ont partagé un ancêtre commun. Si les données que vous citez dans votre deuxième phrase ci-dessus existent réellement, elles ne portent que sur la question de savoir si les ancêtres des chimpanzés ou des gorilles se sont séparés en premier de la lignée humaine, et non sur la validité fondamentale de l'évolution.

Les preuves actuelles suggèrent que la lignée des chimpanzés s'est séparée des ancêtres humains il y a environ 5 MYA. Par conséquent, le modèle de l'évolution prédit que l'ADN humain devrait contenir certains rétrotransposons/pseudogènes non partagés avec les chimpanzés ou les gorilles, à savoir ceux qui sont apparus il y a moins de 5 MYA. Cette prédiction est également soutenue par les preuves actuelles, en ce que plusieurs rétrotransposons/pseudogènes dont les caractéristiques de séquence suggèrent qu'ils sont apparus récemment ne sont en effet pas trouvés chez les chimpanzés et les gorilles. De même, il existe des rétrotransposons/pseudogènes récents chez les chimpanzés non trouvés chez les humains ou les gorilles.

L'intervalle de temps entre la divergence des gorilles des humains et la divergence des chimpanzés des humains est estimé à environ 1 million d'années, ce qui représente une toute petite partie de l'histoire évolutive de ces trois espèces. En conséquence, l'évolution prédit que cette période aurait été trop brève pour accumuler de nombreux rétrotransposons/pseudogènes que nous pourrions maintenant trouver partagés par les chimpanzés et les humains mais pas par les gorilles. En accord avec cette prédiction, je n'ai trouvé aucun exemple documenté de tels pseudogènes, bien qu'il existe de nombreux exemples d'autres types plus fréquents d'altérations génétiques (délétions, substitutions nucléotidiques, petites insertions) qui sont partagés par les humains et les chimpanzés mais pas par les gorilles. [note ajoutée le 4-26-00 : Un exemple d'une séquence présente chez l'humain et le chimpanzé mais pas chez le gorille ou d'autres espèces primates est décrit dans Keller et al., Mol Biol Evol 16:1019, 1999.]

Et si un pseudogène/retrotransposon hypothétique était partagé par les humains et les gorilles, mais pas par les chimpanzés ? Comme je l'argue dans la section 5.8 de mon article en ligne, bien qu'un tel retrotransposon/pseudogène ne soit pas prédit par l'évolution, quelques exemples de ce type peuvent facilement être accommodés par une explication évolutionniste : un pseudogène ou un retrotransposon qui serait apparu dans l'ancêtre commun des humains, des chimpanzés et des gorilles pourrait être supprimé chez les chimpanzés. De telles suppressions ne sont pas courantes, mais il est connu qu'elles se produisent.

Mais supposons que, à mesure que les données de séquences d'ADN s'accumulent dans le futur, nous découvrions non pas quelques, mais de nombreux pseudogènes partagés par les humains et les gorilles, et beaucoup moins partagés par les humains et les chimpanzés ; cela menacerait-il les fondements de la théorie de l'évolution comme vous l'impliquez ? Absolument pas ; cela nous amènerait cependant à reconsidérer l'idée que les ancêtres des gorilles se sont séparés de la lignée humaine avant les ancêtres des chimpanzés. La vision actuelle d'une divergence plus ancienne des gorilles (et les dates estimées données ci-dessus) découle de calculs statistiques basés sur la très légère similitude plus grande des séquences d'ADN entre humains et chimpanzés qu'entre humains et gorilles ; mais seule une petite fraction de l'ADN de ces espèces a été séquencée, donc ces estimations de similitude comportent une certaine incertitude. Comme la plupart des scientifiques estiment que les rétrotransposons partagés représentent de meilleurs indices de la parenté des espèces que les comparaisons de similitude de séquences courantes, un plus grand nombre de rétrotransposons partagés entre gorilles et humains obligerait probablement à la conclusion que la lignée des gorilles s'est séparée de la lignée humaine plus récemment que la lignée des chimpanzés. La similitude légèrement plus grande des séquences chimpanzés-humains par rapport aux séquences gorilles-humains, si elle persiste à mesure que plus de données de séquence s'accumulent, suggérerait un taux de mutation plus élevé dans la lignée des gorilles que dans la lignée humaine ou celle des chimpanzés.

Alternativement, si des investigations futures découvrent autant de rétrotransposons/pseudogènes partagés par les chimpanzés et les humains mais pas les gorilles que de rétrotransposons/pseudogènes partagés par les gorilles et les humains mais pas les chimpanzés, cela pourrait s'expliquer si les ancêtres des chimpanzés et des gorilles se sont séparés simultanément (ou très peu de temps après) de la lignée humaine. Dans ce cas, les rétrotransposons/pseudogènes partiellement partagés auraient pu s'insérer dans l'ancêtre commun si peu de temps avant la divergence des lignées qu'ils n'avaient pas eu le temps de se répandre dans la population avant la séparation des lignées ; certains rétrotransposons/pseudogènes pourraient devenir fixes chez les gorilles et les humains mais pas chez les chimpanzés, et d'autres pourraient devenir fixes chez les chimpanzés et les humains mais pas chez les gorilles.

En tout cas, je suis surpris que vous ayez pu trouver suffisamment d'exemples de pseudogènes gorille-homme-mais-pas-singe pour justifier la généralisation dans votre deuxième phrase citée plus haut. Je vous serais reconnaissant de bien vouloir m'envoyer les références bibliographiques de tous ces exemples. Je ne peux m'empêcher de me demander si vous généralisez à partir de l'exemple unique cité par le créationniste John Woodmorappe, à savoir celui d'un pseudogène d'immunoglobuline epsilon supposé partagé par le gorille et l'homme mais pas le singe. Si vous lisez mon article en ligne (la barre latérale encadrée sous la section 5.8), vous verrez que cet exemple est erroné.

2. Vous citez un modèle créationniste de la formation des pseudogènes (illustré dans votre Fig. 1) selon lequel les gènes A, B et C présents dans les populations primitives d'humains, de chimpanzés et de gorilles aboutissent à des pseudogènes dans les populations modernes de ces espèces. Si vous estimez que ce modèle reflète avec précision les observations actuelles concernant les pseudogènes, vous manquez gravement de détails sur les données relatives aux pseudogènes. Votre modèle suggère que le pseudogène A' chez l'humain est apparu indépendamment du pseudogène A' chez le chimpanzé et chez le gorille. Le problème avec votre formulation est que de nombreux exemples existent où non seulement les humains et les chimpanzés possèdent tous deux un pseudogène dérivé du même gène source, mais ils possèdent tous deux le MÊME pseudogène ; c'est-à-dire que le pseudogène présente les MÊMES défauts et est situé au MÊME endroit dans l'ADN des deux espèces, inséré dans la MÊME séquence au site cible de l'ADN. Il n'est pas possible que l'origine aléatoire de rétrotransposons/pseudogènes indépendamment chez deux espèces, comme décrit dans votre modèle, puisse expliquer des défauts identiques et des emplacements identiques du même pseudogène partagé entre les espèces. Au contraire, votre modèle prédit que les pseudogènes aléatoires apparaissant indépendamment chez les chimpanzés et les humains porteraient des mutations différentes et, au moins pour les pseudogènes de type « processed », seraient situés à des emplacements différents ; ces deux prédictions sont contredites par les preuves.

3. Enfin, vous affirmez que « certains des « pseudogènes » ne sont peut-être pas tels du tout et pourraient s'avérer avoir une fonction comme tant de leurs cousins « de la décharge » ». Ces arguments sont également traités dans mon article Web (sections 5.1, 5.2 et 5.4). Je vous suggère (ainsi qu'à tout autre lecteur de cette lettre) de consulter mon article. Pour résumer brièvement ces sections :

(a) Il est vrai qu'il existe très peu d'exemples de gènes rétroposés qui ne présentent aucun défaut mutationnel et qui sont fonctionnels ; on les appelle à juste titre « gènes traités ». Ils peuvent être facilement distingués des pseudogènes traités et ne suggèrent aucune fonction pour ces pseudogènes.

(b) On connaît très peu d'exemples de séquences rétroposées ayant une fonction régulatrice. Ces exemples représentent des mutations favorables très rares, une catégorie que les créationnistes affirment souvent ne pouvoir exister. Nous savons que des séquences sont insérées aléatoirement dans notre ADN par rétroposition encore aujourd'hui, comme des accidents génétiques sans intervention divine apparente, y compris des insertions qui peuvent provoquer des maladies héréditaires dans les générations suivantes ou induire un cancer chez l'individu où elles apparaissent. Si ces insertions n'ont aucune fonction bénéfique, il n'y a aucune raison de soupçonner une fonction pour les insertions similaires partagées entre les espèces.

(c) En tant que scientifiques, nous ne déclarons pas dogmatiquement qu'aucune fonction ne sera jamais trouvée pour la plupart des pseudogènes. Cependant, nous fondons nos conclusions actuelles sur les données actuellement disponibles. Et ces données indiquent que les rétrotransposons/pseudogènes partagés sont des accidents génétiques sans fonction et peuvent le mieux s'expliquer comme étant issus d'un ancêtre commun. En effet, aucune autre explication scientifique crédible n'a été proposée, ni dans la littérature scientifique, ni dans les réponses créationnistes ou scientifiques mainstream à mon article Web.

Puisque mon article Web lie déjà vers des sites présentant des points de vue opposés (et inclut mes réponses à ces sites), je prévois de demander au Webmaster d'Archive TalkOrigins d'inclure un lien vers votre site, ainsi qu'un lien vers une copie de cette réponse à votre site. Je serais reconnaissant de tout commentaire que vous pourriez avoir à l'égard de cette réponse, et je suis sûr que Archive TalkOrigins serait disposée à inclure un lien vers vos commentaires. Si vous avez tout intérêt à fournir aux lecteurs de votre site un point de vue opposé afin qu'ils puissent se faire leur propre opinion sur la base d'une revue complète des données, vous pourriez envisager de lier vers mon site.

Cordialement,

Edward E. Max

[Note ajoutée ultérieurement :
Peu après avoir reçu cette lettre, Carl Wieland a répondu cordialement, s'accordant à dire que sa page sur Answers in Genesis aurait pu être trompeuse. Il a déclaré qu'il retirerait sa page, et elle a rapidement disparu du site Answers in Genesis.]

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