Objet:     | Si l'Archaeopteryx est le meilleur que l'évolution biologique ait à offrir, alors les créationnistes et les défenseurs du dessein intelligent ont déjà gagné
Date:      | 5 octobre 2011
Message-ID:| vrt*05WOt@news.chiark.greenend.org.uk

Mais surtout, nous avons déjà un moyen important de déterminer si un ancien théropode
pouvait voler ou non : regardez leurs ailes et leurs plumes !

Nous avons un très grand nombre de fossiles de théropodes semblables à des oiseaux et de
oiseaux semblables à des théropodes qui possèdent des ailes et des plumes de vol
claires, ce qui rend évident qu'ils pouvaient planer. Je ne pense qu'aucun des théropodes
semblables à des oiseaux n'ait une structure d'épaule montrant qu'ils étaient capables de
vol battu, mais beaucoup de « oiseau-théropode » aussi. (la ligne de séparation entre «
théropode de type oiseau » et « oiseau de type théropode » est plutôt arbitraire,
malheureusement ; qu'un fossile donné soit désigné comme « oiseau » ou « dinosaure » ou
« théropode » varie beaucoup d'un article à l'autre). Il existe aussi des oiseaux ou des théropodes fossiles dont les ailes montrent clairement
qu'ils sont devenus secondairement incapables de voler.

Il est absurde qu'un oiseau fossile ou un théropode ait une morphologie des ailes adaptée à une forme de vol pour laquelle il n'a pas la capacité pulmonaire. Ces traits coévoluent. Donc, en substance, si vous voulez voir quels fossiles pouvaient voler et dans quelle mesure, ne regardez pas les poumons (que vous ne pouvez pas voir de toute façon), regardez les ailes.

> Nous avons aussi des catégories de choses qui traversent toutes les classifications.
> Il existe des mammifères qui peuvent voler, des mammifères qui vivent en mer, et
> des mammifères qui vivent sur terre.

Exactement. Notez que « volant », « vivant en mer » et « vivant sur terre » sont des
des classifications fonctionnelles, pas des classifications basées sur des traits. Les
classifications fonctionnelles ne donnent pas de hiérarchie imbriquée ; elles ne donnent
pas vraiment de classification, en réalité.

On peut essayer. Disons que nous commençons par classer où vivent les animaux :
nous avons des animaux qui vivent sur terre, et des animaux qui vivent en mer.
Parmi les animaux qui vivent sur terre, nous pouvons les séparer entre ceux qui vivent
en forêt, ceux qui vivent dans le désert, etc., tandis que parmi les animaux qui vivent
en mer, nous pouvons les séparer entre animaux benthiques, animaux benthiques, etc.
C'est prometteur. Puis parmi les animaux vivant en forêt, nous pouvons avoir
ceux qui volent, ceux qui grimpent et ceux qui rampent.

Mais attendez ! Nous avons aussi des animaux qui volent, rampent et grimpent dans le désert !
Nous avons même des animaux qui volent et qui rampent en mer. Nous pourrions tout aussi
pertinemment commencer par les animaux qui volent, rampent et grimpent, puis les
subdiviser selon le lieu où ils vivent.

Et je n'ai même pas encore abordé l'alimentation !

Ainsi la classification fonctionnelle est un chaos. Et la classification par traits ? Eh bien, si nous regardons les animaux qui volent, certains groupes ressortent
immédiatement : les chauves-souris, les oiseaux, les insectes et les poissons volants
ont des structures d'ailes très différentes. Et non seulement ils ont des structures
d'ailes très différentes, ils ont aussi des physiologies très différentes. Même si nous
les classons selon les différences de leur ADN, nous trouvons les mêmes quatre groupes :
chauves-souris, oiseaux, insectes et poissons volants.

Donc, si nous essayons d'élargir notre classification basée sur les traits, nous trouvons que
l'ADN, les caractéristiques physiologiques et structurelles des chauves-souris sont aussi
présentes chez de nombreux autres animaux non volants ; appelons-les « mammifères ». Ces
animaux ont des modes de vie très différents, mais « sous le capot » vous voyez que, bien
qu'ils aient des organes remplissant différentes fonctions, ces organes ont des structures
similaires : ainsi, on obtient une aile de chauve-souris ressemblant davantage à une nageoire
de dauphin qu'à une aile d'oiseau ! Et ces structures ne se trouvent nulle part en dehors de ce groupe. Il n'existe aucun oiseau qui possède une physiologie d'oiseau et une structure d'aile de mammifère. De même, vous pouvez voir qu'il existe de nombreux animaux incapables de voler qui partagent tant de traits avec des oiseaux volants qu'on pourrait aussi les appeler « oiseaux », comme les manchots et les autruches. De même pour les insectes et les poissons volants (nous appellerons ce dernier groupe les « téléostéens »).

Donc d'accord, nous avons les mammifères, les oiseaux, les insectes et les téléostéens ; ce n'est pas très impressionnant, nous avions précédemment des animaux terrestres et marins qui fonctionnaient assez bien aussi (frontières floues à l'appui ; il y a toujours des frontières floues). Pouvons-nous les classer davantage ? Eh bien, en comparant ces quatre groupes, nous voyons que les mammifères et les oiseaux se ressemblent beaucoup plus entre eux que les autres. Outre les similarités de l'ADN, les mammifères partagent des traits comme la lactation et des structures osseuses qui ne se trouvent dans aucun autre groupe ; réciproquement, les oiseaux partagent des traits comme des ailes aviaires ou des poumons aviaires qui ne se trouvent non plus dans aucun autre groupe. Cependant, mammifères et oiseaux ont aussi des traits en commun qui ne sont pas présents chez les insectes ou les téléostéens : les poumons, par exemple, ou les os des membres. Ils sont aussi plus similaires dans leur ADN, même dans ses parties non fonctionnelles. Appelons leur groupe les « tétrapodes ». Encore une fois, nous voyons qu'aucun autre groupe ne possède les traits caractéristiques des tétrapodes. Vous pouvez monter d'un niveau — remarquez que les tétrapodes et les téléostéens se ressemblent plus entre eux qu'avec les insectes, et vous pouvez les regrouper dans le groupe des « vertébrés », et vous verrez qu'aucun animal en dehors de ce groupe ne partage des traits de vertébrés. Il n'existe pas d'animal moitié insecte moitié oiseau. Il n'existe même pas d'animal qui soit un oiseau avec la version insecte d'une séquence génique non fonctionnelle particulière. Il existe des formes transitionnelles entre groupes adjacents, car la ligne de séparation peut être floue, mais il n'y a pas de chevauchement entre des groupes non adjacents.

Pour le dire autrement : l'intérêt de la classification est de trouver une manière abrégée de connaître les caractéristiques d'une chose. Donc si je vois un film classé parmi les « anime », je saurai un certain nombre de choses de ce film, et un certain nombre de choses qu'il n'est pas. Plus une classification est une hiérarchie imbriquée, plus elle est utile parce que davantage d'informations sont regroupées dans une seule catégorie. Les films ne constituent pas une hiérarchie imbriquée, donc savoir qu'un film est « anime » me dit qu'il est animé, qu'il vient du Japon, qu'il a un certain style et qu'il est plus susceptible de suivre certains tropes — mais c'est à peu près tout. Si je veux savoir quel type d'histoire il raconte, par exemple, je dois invoquer un autre groupe, comme « horreur ». « Anime d'horreur » est le chevauchement de deux groupes différents, « horreur » et « anime » ; je ne pourrais pas deviner que c'était de l'horreur juste parce que je savais que c'était un anime, ni que c'était un anime juste parce que je savais que c'était de l'horreur.

De même, si vous me dites qu'un animal vit en mer, cela me dit seulement qu'il vit en mer. Et qu'il peut nager, je suppose. Même si les éponges ne peuvent pas nager. « Vivre en mer » ne me dit même pas si votre animal respire de l'air ou de l'eau. En fait, cela ne me dit même pas si c'est un animal au premier chef !

Donc les classifications fonctionnelles ne vous mènent pas très loin.

En revanche, si je vous dis qu'un animal est un mammifère, vous saurez : - qu'il nourrit ses petits avec du lait - qu'il possède certains os de l'oreille - qu'il a un certain type de poumon - qu'il a une fécondation interne (parce que tous les mammifères sont aussi amniotes) - qu'il a quatre membres, ou les voies de développement qui y conduisent (parce que tous les amniotes sont aussi dans les tétrapodes) - qu'il respire de l'air - qu'il possède une colonne vertébrale (parce que tous les tétrapodes sont aussi vertébrés) - qu'il a un crâne (parce que tous les vertébrés sont aussi craniés) - qu'il est hétérotrophe (parce que tous les craniés sont aussi métazoaires) - qu'il est multicellulaire - que ses cellules ont un noyau et subissent la méiose (parce que tous les métazoaires sont aussi eucaryotes)

Maintenant, la hiérarchie imbriquée du vivant n'est pas parfaite, principalement en raison de la convergence fonctionnelle (si vous aviez besoin d'une preuve que la fonction ne produit pas de hiérarchie imbriquée) et du transfert horizontal de gènes (qui est surtout un problème chez les bactéries, et dans une moindre mesure chez les plantes). Mais au regard des hiérarchies imbriquées, c'est plutôt bon.