Un exercice de similitude

Article du mois : août 2005

par B. Richardson 

Objet :    | Re: Demande
Date :     | 4 août 2005
Message-ID : | NailedIt@demKBykoL

John Harshman a écrit :

> > Je publierai les séquences dans ce fil, cinq messages, un ensemble de
> > nucléotides par message. Je laisserai la ligne d'objet intacte. La
> > première ligne de chaque message devrait lire ÉCHANTILLON A1, ÉCHANTILLON A2, ....
> > ÉCHANTILLON A5. Une ligne vide suivra, puis les nucléotides, il ne
> > devrait rien d'autre dans les messages. J'ai également supprimé les numéros
> > sur le côté gauche, j'avais peur qu'ils soient proches de se plier dans
> > certains lecteurs de nouvelles. Il y a un chacun de
> >
> > Homo sapiens
> > Pan troglodytes
> > Gorilla gorilla
> > Pongo pygmaeus
> > Hylobates klossii
> >
> > Il n'y a aucune signification dans le schéma séquentiel A1,A2,A3,A4,A5 et
> > j'ai intentionnellement les avoir mélangés pour qu'il n'y en ait pas.
> >
> OK, voici mes identifications:
>
> A3 = Hylobates

C'est correct.

> A5 = Pongo

C'est correct.

> A1 = Gorille

C'est correct.

> A2, A4 = Homo et Pan

A2 est Homo, A4 est Pan.

J'avais également Pan paniscus, je pense que vous auriez pu identifier avec certitude absolue deux représentants du genre Pan si je l'avais ajouté au mélange, mais bien sûr, il n'aurait été aucun moyen de distinguer Pan troglodytes de Pan paniscus.

Merci pour l'effort, je trouve que cela a été un exercice remarquable.

> Comme je l'ai dit, les deux premiers sont faciles, le troisième moins clair. Et les deux derniers sont interchangeables ; il n'y a aucun moyen de les distinguer simplement en regardant la forme de l'arbre.
>
> Voici comment j'ai procédé :
>
> D'abord, j'ai dû modifier légèrement le fichier pour le mettre sous une forme analysable en utilisant le programme PAUP. J'ai mis un _
> entre SAMPLE et A1, etc., car PAUP reconnaît les noms comme tout ce qui précède le premier espace. J'ai ajouté ceci au début du fichier :
>
> #NEXUS
>
> BEGIN DATA;
> DIMENSIONS NTAX=5 NCHAR=1002;
> FORMAT DATATYPE=DNA ;
>
> MATRIX
>
> La première ligne rassure PAUP sur le fait que le fichier est dans son format standard.
> Les lignes suivantes identifient un bloc de données NEXUS, indiquent au programme le nombre
> d'espèces et de caractères, et l'informent que les données sont de l'ADN. La dernière
> ligne lui indique que les données réelles commencent.
>
> Ensuite, j'ai ajouté ceci à la fin :
>
> ;
> end;
>
> Ces deux lignes indiquent au programme que les données se terminent et que le
> bloc DATA se termine.
>
> Ensuite, j'ai exécuté le fichier dans PAUP, ce qui signifie que j'ai chargé les données
> dans la mémoire du programme, puis j'ai effectué l'une des analyses les plus simples,
> le regroupement par voisins (neighbor joining). D'autres méthodes m'ont donné le même arbre. Voici l'arbre :
>
> Arbre de regroupement par voisins :
> 

> /------- SAMPLE A1
> |    /--------------------------- SAMPLE A2
> | /--+------------- SAMPLE A4
> \-+              /--------------------[...]------------------- SAMPLE A3
>   \--------------+------------------------- SAMPLE A5
> I had to shorten the branch to A3 so it would fit on this page; that's
> what the [...] means. OK, I pick the longest branch, A3 as Hylobates.
> Strictly speaking, this only works if there's a uniform rate of
> evolution, which is a bad assumption. But usually it will be close
> enough to make me confident in my pick. Of course, we will usually have
> a designated outgroup in the data, so I wouldn't have to make such a
> guess. All else follows from that. The first branch from A3 leads to A5,
> so that's Pongo. The next branch leads to A1, so that is suggested to be
> Gorilla. Note, however, that the branch separating A1 from A2-A4 is very
> short, so it's not very reliable. If A1 is Gorilla, then A2 and A4 are
> Homo and Pan, though we can't say which is which.
>
> Anyway, I had only one choice to make, and that was which one is
> Hylobates. All else follows from the shape of the tree. Picking
> Hylobates requires the single additional assumption that the rate of
> evolution doesn't vary too extremely from one species to another.
>
> So, are these more mitochondrial sequences?

Non, un gène de récepteur du goût. Notez que l'entrée Homo indique « candidate taste receptor TAS2R38 » tandis que les autres indiquent « taste receptor type 2 member 38 ».

Homo sapiens
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&val=AF494231
http://tinyurl.com/6s48vns

Gorille gorille
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&val=45549380
http://tinyurl.com/adc6p

Hylobates klossii
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&val=45549384
http://tinyurl.com/drecx

Pongo pygmaeus
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&val=45549382
http://tinyurl.com/9bnpu

Pan troglodytes
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&val=45549378
http://tinyurl.com/7nxco

Pan paniscus
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&val=45549376
http://tinyurl.com/a6wzw

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