Objet :    Re : Une réflexion
Groupes de discussion : talk.origins
Date :       16 janvier 2002
Message-ID : 3c47f5ae.7381465@news.mira.net

G'day Tout le monde
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Le 15 janv. 2002 06:45:30 -0500, marilyn@zeta.org.au (Mark Elkington) a écrit :

>"Ian Musgrave & Peta O'Donohue" <ian.musgrave_insert@adelaide.edu.au> a écrit dans le message
>news:<Y29CPB+MQrtT2mWZSz14ytKV86Uw@4ax.com>...
>
>> >> Les articles qui déforment les progrès dans divers domaines, que ce soit
>> >> par incompétence ou par dessein, ne sont pas de la "paille" ?
>> >
>> >Je rejette l'idée que toutes mes références correspondent à cette description, bien que
>> >je reconnaisse qu'en partie, ce puisse être le cas. Le bon, le mauvais et le laid du web, compilés par un non-expert.
>>
>> Voyons, jusqu'à présent vous avez :
>> 1) Un article de journal qui affirme que l'abiogenèse est un problème diaboliquement
>> difficile. [Ah bon ! Comment cela nie-t-il la preuve des progrès ?]
>> 2) Un article de journal qui cite deux experts "non identifiés" comme
>> affirmant que la formation de l'ARN nécessiterait un miracle [aucune attribution, contre
>> preuves issues de travaux expérimentaux, voir la discussion sur le boson de Higgs ci-dessous]
>> 3) Un site apologétique qui cite [probablement hors contexte] deux
>> figures marginales comme des experts modernes et évite tout véritable donnée.
>> 4) Une longue citation de Behe qui est à la fois fausse et trompeuse.
>>
>> 1) ne soutient même pas votre affirmation initiale. Si ce n'est pas de la paille
>> alors que l'est-il ?
>
>3) pourrait avoir plus de détails, je l'admets,

<ton d'incrédulité> PLUS de détails ? </ton d'incrédulité> Il n'y avait AUCUN détail. Écoutez, si vous pensez vraiment que des citations partielles de figures marginales signifient quelque chose, vous devriez chercher les articles réels et découvrir ce que Klein et Dose ont vraiment dit dans le reste de leurs articles (et si l'article de Does date vraiment de 1988, quelle pertinence un article de 15 ans avant les récentes avancées dans le domaine ? Quels problèmes identifie-t-il et qui ont été résolus - par exemple, la synthèse de la cytosine).

>et les rapports scientifiques des
>articles de journaux ne sont pas ma source d'information préférée. C'est
>juste, pour gagner cet argument, je concède qu'il faudrait faire mieux.
>
>Je souligne que ma seule contention ici est qu'une théorie intégrée et
>largement acceptée de l'abiogenèse fait actuellement très défaut :

Bien, ne soyez pas triste[1] à ce sujet. Au moins, votre position a évolué à partir de :

Message-ID: <UqW_7.1932$ko4.205650@nasal.pacific.net.au> « Cet auteur reconnaît au moins que l'abiogenèse est encore plus proche de la spéculation que de la solution, à l'autre bout de l'échelle : » [suivi d'une citation qui ne montre pas cela]

Je vais maintenant passer en « mode philosophie des sciences », et je vais utiliser le terme « programme de recherche », ne vous inquiétez pas.

Alors que le concept de base de l'abiogenèse peut être énoncé simplement (développement de la vie à partir de substances non vivantes) et est souvent désigné comme une théorie ou une hypothèse, l'abiogenèse n'est pas vraiment une théorie per se (ce n'est pas unique à l'abiogenèse, c'est vrai pour la plupart des autres "grandes" théories également). Ce qu'elle est, c'est un programme de recherche bien défini avec un certain nombre de sous-domaines définis et bien connectés (origine des briques de base, origine des polymères, dynamique des systèmes auto-répliquants, transition d'un système auto-répliquant vers un système génétique, origine du code génétique, origine des systèmes métaboliques à partir de précurseurs prébiotiques). Il existe une affirmation théorique maîtresse qui définit le programme de recherche [simples produits chimiques -> briques de base de base -> polymères catalytiques + métabolisme abiotique avant le monde à l'ARN -> monde à l'ARN -> monde ADN/proteine]. Cela est bien et largement accepté (sinon il n'y aurait tout simplement pas de programme de recherche).

Dans chacun des sous-domaines se trouvent un certain nombre d'hypothèses et de théories (briques de base fondamentales [théorie hétérotrophe, théorie autotrophe], théorie du monde à ARN [ARN pur, catalyse par cofacteur, monde ribopeptidique]), chacune de ces théories est ensuite soumise à un certain nombre de programmes expérimentaux et observationnels, et certaines bénéficient d'un soutien bien plus important que d'autres (par exemple, la théorie hétérotrophe dispose d'un vaste corpus de soutien expérimental par rapport à la théorie autotrophe [bien qu'il semble que les deux opèrent dans tout monde prébiotique plausible]). Le monde à ARN bénéficie d'un soutien expérimental et d'un soutien provenant de « fossiles moléculaires ». Dans chacun des sous-domaines, il existe une variété de niveaux de détail et de soutien, où les choses sont clarifiées à un niveau plus large, mais nécessitent beaucoup plus de travail dans les détails fins [par exemple, quel est le rôle relatif des thioesters et du pyrophosphate dans le monde prébiotique].

Et devinez quoi, les scientifiques dans ces sous-domaines testent en réalité leurs hypothèses, rejettent des idées sur la base de preuves expérimentales et ainsi de suite. Tout comme le reste de la science.

L'abiogenèse n'est pas à l'extrémité « solution » de l'échelle. Personne n'a jamais dit qu'elle l'était. Elle n'est pas non plus à l'extrémité « spéculation » de l'échelle. Il s'agit d'un programme de recherche défini mais en développement (contrairement à un programme de recherche mature).

Vous semblez avoir l'impression que si chaque sous-domaine d'un programme de recherche n'a pas été clarifié dans tous les détails, il doit s'agir de « spéculation ». Ce n'est pas ainsi que cela fonctionne. Par exemple, lorsqu'il a été proposé pour la première fois comme hypothèse en 1986, le monde de l'ARN aurait pu être décrit comme une « spéculation » ; aujourd'hui, après des efforts expérimentaux significatifs, des considérations théoriques plus raffinées et des travaux d'observation, le monde de l'ARN est une théorie établie et largement acceptée, avec un vaste corpus de preuves à son appui, certaines pointant vers l'organisation du code génétique, d'autres remontant vers le monde pré-ARN. Cependant, le monde de l'ARN n'est pas un programme de recherche achevé (ni même un programme de recherche mature) ; bien plus de travaux expérimentaux sont nécessaires, et il existe de nombreux domaines où plus de détails sont requis.

La science en est ainsi ; la théorie du co-transmetteur (où mes recherches précoces ont été menées) a nécessité plus de 30 ans pour remplir les grandes lignes de base, mais personne ne l'a appelée spéculation car les détails complets des sous-domaines [synthèse][distribution][réaction] n'avaient pas encore été entièrement établis ni les liens forgés en détail.

Considérez le polypeptide agmatine, découvert pour la première fois par une collègue de la mienne dans le cerveau de vache, il a été douloureusement caractérisé, localisé dans les terminaisons nerveuses, déterminé qu'il est libéré des terminaisons nerveuses, sa biosynthèse a été élucidée... et nous n'avons encore la moindre idée de ce qu'il fait réellement. Si je vous ramenais aux débuts de la recherche sur l'agmatine, où nous n'avions que quelques indices sur sa biologie, mais un programme de recherche bien défini, que diriez-vous de la recherche sur l'agmatine ?

À présent, nous avons une vision beaucoup plus intégrée (elle présente toutes les caractéristiques d'un co-transmetteur, d'une synthèse spécifique au nerf, d'un stockage granulaire et d'une libération induite par la dépolarisation, mais elle ne semble pas accomplir quoi que ce soit), mais nous sommes frustrés par un manque total d'indices concernant son rôle réel dans le système nerveux. Que pensez-vous de notre « frustration » ? Que l'agmatine n'existe pas ? Que nous ne parviendrons jamais à élucider sa fonction ?

L'abiogenèse est un programme de recherche largement soutenu et intégré. Aucun détail n'est pour autant entièrement élucidé et de nombreuses questions restent sans réponse. Dans les diverses sous-domaines, des hypothèses et théories alternatives sont soumises à des tests (et il semble que la théorie hétérotrophe l'emporte sur la théorie autotrophe). C'est un aspect qui pourrait prêter à confusion à Mark, car il semble considérer les rapports de tests expérimentaux de théories ou d'hypothèses particulières dans un sous-domaine donné comme une preuve que le programme de recherche n'est pas largement soutenu.

[extrait d'un mélange de journalisme à la prose violette, « dents serrées » en effet, Miller ne parle jamais ainsi ; un aperçu assez correct des idées de Wactherhauser sur l'autotrophie dans Science News ; et un rapport selon lequel choc et horreur les chercheurs mènent en réalité des tests pour déterminer si la théorie hétérotrophe ou la théorie autotrophe est correcte. Ah, des scientifiques testant des théories, qui aurait pu s'y attendre.]

Ce tout a commencé lorsque Mark a demandé s'il y avait eu des progrès dans la recherche sur l'abiogenèse depuis Miller et Fox. Lorsque j'ai répondu avec une liste de progrès, Mark a estimé qu'il devait « équilibrer » cela avec quelques citations qui prétendaient montrer un manque de progrès. Les progrès dans un programme de recherche, ou la robustesse du programme de recherche lui-même, ne sont pas jugés par des citations courtes, mais par l'accumulation de données et de théories dans des revues à comité de lecture, où les gens font le travail difficile et où leurs idées et expériences sont ouvertes à la critique. Et les gens les critiquent, et plus d'expériences sont réalisées, plus de théories détaillées émergent. C'est ainsi que la science est faite.

Ces 5 dernières années depuis la première publication de la théorie du monde à l'ARN (dans une revue à comité de lecture), un certain nombre de publications ont vu le jour ; certaines ont critiqué l'idée, d'autres ont mené des tests expérimentaux. À la fin de 1991, il existait un corpus solide de travaux expérimentaux confirmant que l'ARN était un catalyseur d'activité large, une théorie générale de la conversion d'un ribozyme semblable à un tRNA vers un système de traduction basé sur un mRNA, et la découverte du système d'autoréplication sunY (tous dans des revues à comité de lecture). Comparez maintenant cela avec le dessein intelligent. Ces 5 dernières années depuis la première publication de livres grand public sur le dessein intelligent, il y a eu... eh bien, rien. Il n'y a eu aucune publication à comité de lecture, à aucun niveau de détail. Pire, pas même un livre de niveau académique qui fournirait des détails raisonnables sur les idées.

Le monde de l'ARN était une idée controversée ; l'idée que l'ARN puisse être un catalyseur, et un large éventail de catalyseurs en plus, était stupéfiante, au minimum. Mais cette idée, à l'origine impopulaire, avait été publiée et a fondé un programme de recherche à part entière, qui a explosé au cours des 5 dernières années. Les défenseurs du dessein intelligent n'ont pas publié dans des revues à comité de lecture et écrivent parfois des livres avec des détails flous et une biologie parfois complètement incorrecte.

Encore une fois, je tiens à souligner que nous ne savons pas comment la vie a commencé sur cette planète, et que la recherche sur l'abiogenèse a encore un très long chemin à parcourir. Néanmoins, l'abiogenèse est un programme de recherche cohérent et largement soutenu, avec des domaines de recherche largement soutenus, et des progrès substantiels ont été réalisés sur certaines questions clés.

Pour répéter une question d'un précédent message. Puisque nous peinons à expliquer la foudre de balle, est-il raisonnable de prétendre que des mécanismes non naturels doivent être impliqués ?

[1] En tant que principal fauteur de fautes d'orthographe de TO après Danny Niccoli, je ne devrais vraiment pas baser mes jeux de mots sur des fautes d'orthographe, mais « wode » semblait si approprié [wode - colorant bleu - se sentir bleu]

Cordialement ! Ian
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Ian Musgrave Peta O'Donohue, Jack Francis et Michael James Musgrave
reynella@werple.mira.net.au http://werple.mira.net.au/~reynella/
Southern Sky Watch http://www.abc.net.au/science/space/default.htm

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