Subject:    About Aron-(ra) and my challenge to him...
Newsgroups: talk.origins
Date:       28 mars 2002
Message-ID: 3ca3a1fa$0$8012@echo-01.iinet.net.au

[Note de l'éditeur : avant ce post, Dave P. avait accepté une offre de débat en tête-à-tête avec un contributeur de talk.origins qui utilise le nom Aron-Ra, comme on peut le voir dans le fil commençant ici].

Eh bien, comme je l'ai découvert, le terme Ra est le nom donné au "dieu du soleil" que Aron adore. Selon mon arrière-plan chrétien et ma relation avec le Dieu de la Bible, Aron s'inspire du psychopathe connu dans la Bible, Satan. Donc, en essayant de montrer à Aron ses failles et sa tromperie, je me retrouverais en débat avec le diable lui-même, et je refuse de converser avec le diable, donc mon défi à Aron (qui est inspiré par Satan) est annulé.

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Sujet :     Re : Une question sur l'évolution humaine.
Newsgroups : talk.origins
Date :       14 mars 2002
Message-ID : 54522494.0203141352.2f9de9c4@posting.google.com

freedomwarrior5000@webtv.net (Freedom Warrior) écrivait dans le message news:<24134-3C8FA526-2@storefull-616.iap.bryant.webtv.net>...
> Bonjour à tous. Si vous ne voyez pas d'inconvénient, j'aimerais poser cette question à vous qui êtes experts de l'évolution biologique.
> Je suis conscient des mensonges créationnistes à propos de l'évolution humaine affirmant
> que l'homme vient des singes, ce qui est bien sûr faux. L'homme ne s'est pas
> développé à partir des singes et des grands singes ; nous provenons d'un ancêtre commun avec les
> les primates (corrigez-moi si je me trompe).
> La question que je voulais poser est : quel est le nom de cet
> "ancêtre commun" d'où l'homme et les primates ont évolué ?
>
> Merci !

Vous avez reçu quelques bonnes réponses (ainsi que des balivernes créationnistes prévisibles) et je voulais simplement ajouter mes deux idées (parce que les primatologues pensent que les paléoanthropologues sentent mauvais ;-) Pour répondre à votre question, cela dépend du MRCA précis que vous recherchez.

Phenacolemur jepseni était un Plesiadapiforme qui a vécu il y a environ 60 Ma, et certains chercheurs considèrent les Plesiadapiformes comme l'ancêtre commun de tous les primates. Il est difficile de savoir avec certitude quelle espèce de Plesiadapiforme, si tant est qu'il y en ait une, était "le" ancêtre, mais je pense personnellement avec conviction que si ce n'était pas P. jepseni, c'était un proche parent. La raison de la difficulté à identifier l'espèce est que le seul trait que tous les primates partagent, et qui n'est pas partagé avec d'autres mammifères, est la "bulle petreuse", partie du crâne qui entoure l'oreille interne. Chez certains non-primates, les bulles se fondent avec le rocher pétreux à l'âge adulte, de sorte que pour déterminer si une espèce douteuse était un primate, il faut trouver des juvéniles. Les juvéniles ne se fossilisent pas aussi facilement que les adultes, et ils sont beaucoup moins souvent retrouvés, en raison de leur taille (c.f. Behrensmeyer 1978, Butler and Chatters 1994, etc.). Néanmoins, les juvéniles de P. jepseni possédaient la bulla pétreuse fusionnée, ce qui suggère qu'ils étaient, ou étaient étroitement apparentés à, l'ancêtre de tous les primates vivants.

Les anthropoïdes se sont séparés des prosimiens à un moment entre 40 et 45 Ma, et au début de l'Oligocène, quelques espèces pouvant être reconnues comme membres de notre propre sous-ordre, les Anthropoidea, pouvaient être trouvées. Parmi les plus étudiées de ces premiers anthropoïdes dits "simiesques" figurent Apidium et Aegyptopithecus. Apidium faisait à peu près la taille d'un grand rat, au plus trois livres, et selon moi, le plus grand Aegyptopithecus (10-20 livres), plus probable de nos deux candidats, était l'ancêtre des primates vivants de l'"Ancien Monde". L'Oligocène n'est pas particulièrement riche en fossiles de primates cependant, et il est difficile de faire des affirmations certaines.

Rappelez-vous qu'à cette époque, l'Amérique du Nord (l'"patrie d'origine" des primates) était encore connectée à l'Europe. Alors que le "supercontinent" boréal (que j'ai entendu appeler "Laurentia") se scindait, les ancêtres des singes du Nouveau Monde furent séparés des ancêtres de tous les primates de l'Ancien Monde, singes et grands singes.

Au début du Mio-Pliocène (23-16 Ma), les apes se séparèrent des singes. Il existe plusieurs grands singes bien connus du Miocène, ce qui, paradoxalement, rend plus difficile, plutôt que plus facile, de déterminer lequel d'entre eux est le MRCA [ancêtre commun singe + ape] le plus probable. C'est particulièrement vrai pour le milieu du Miocène (18-11 Ma environ). Andrew Hill et ses collègues (comme mentionné dans Scientific American 30 août 1999) ont présenté le genre Equatorius (anciennement Kenyapithecus africanus) qui est, selon moi, un candidat aussi valable pour la séparation singe/ape de l'Ancien Monde. (Voir http://www.sciam.com/explorations/1999/083099bones/) Bien sûr, une fois encore, on ne peut savoir avec certitude quelle espèce de ce genre, par opposition à une espèce proche encore non découverte, est "le" véritable ancêtre, ni même si cette espèce vivait immédiatement avant ou juste après la séparation. Néanmoins, c'était à cette époque, et si ce n'était pas E. africanus, c'était probablement un proche parent.

Les grands singes du Miocène tardif forment actuellement un véritable marécage ; des dizaines de relations proposées, aucune n'ayant obtenu une acceptation large, voire générale. Là encore, la raison en est une "surdose d'abondance". Nous avons simplement tellement de données de cette période que nous avons du mal à tout organiser. La plupart des paléoanthropologues et paléoprimatologues conviennent que Ramapithecus est vraiment Sivapithecus, et que Gigantopithecus est un groupe frère. L'un de ceux-ci (probablement Sivapith...) est ancêtre des orangs-outans modernes. Dryopithecus et Ouranopithecus sont tous deux des candidats comme ancêtres des hominoïdes. C'est à cette époque (peut-être 10-12 Ma) que la lignée gorille s'est séparée du groupe humain+chimpanzé, c'est donc là qu'il faut chercher ce MRCA. Une possibilité intéressante est Motopithecus, mais ce genre n'est connu que par des preuves assez fragmentaires jusqu'ici, et ses dents ressemblent un peu plus à celles des gorilles qu'à celles des humains. En outre, il n'a que 8 millions d'années, donc il est probablement du côté gorille de la séparation, ou d'un groupe frère proche.

Les apes du Pliocène sont moins bien connus, vraisemblablement parce que le climat de l'Afrique et de l'Asie du sud (où ils vivaient à l'époque) était moins favorable à la fossilisation que précédemment. Le climat est devenu beaucoup plus chaud et humide, ce qui a permis l'expansion des forêts, et comme d'autres l'ont mentionné, les forêts sont généralement défavorables à la formation de fossiles ("diagenèse"). Les sols des forêts luxuriantes et humides tendent à être beaucoup plus acides, ce qui entraîne une décomposition osseuse rapide (bien que dans certaines conditions anaérobies, des dépôts très acides puissent préserver des tissus "mous", et j'espère toujours que nous trouverons un jour certains "morceaux tendres" de nos ancêtres du Pliocène ; ne serait-ce pas formidable ?) C'est regrettable que nous ne connaissions pas mieux les apes du Pliocène, car c'est à cette époque que nos ancêtres se sont séparés des ancêtres des chimpanzés. D'autres ont mentionné Ardipithecus ramidus, et Orrorin tugenensis semble également possible. Tragiquement, nous n'avons encore rien qui puisse être le MRCA de Pan paniscus et P. troglodytes, mais nous trouvons régulièrement chaque année de nouvelles données de notre côté de cette séparation. Une grande partie en est détaillée dans la FAQ des hominidés au http://www.talkorigins.org/faqs/homs/

J'espère que c'était utile.
-Floyd

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Sujet :     Re : L'essence du mot "Science" m'échappe ?
Newsgroups : talk.origins
Date :       20 mars 2002
Message-ID : sY5m8.174564$uv5.14617660@bin6.nnrp.aus1.giganews.com

"Victor Eijkhout" <eijkhout@cs.utk.edu> écrivait dans le message news:1f9cjsf.1y3evbp1kvs0abN%eijkhout@cs.utk.edu...
> David Tamang <sillyghost@lycos.com> a écrit :
>
> > En fait, la résistance aux antibiotiques apparaît par un changement fondamental dans
> > le génome bactérien via des mécanismes externes tels que l'incorporation d'ADN viral
> > ou le transfert de plasmide.
>
> Et pouvez-vous prouver de manière convaincante que ce n'est pas un
> phénomène de papillon blanc-noir où les bactéries résistantes existaient déjà, mais
> sont maintenant soudainement sélectionnées car le reste est tué par les
> antibiotiques ?
>
> V.

Oui, en fait. D'abord, parce que vous ne comprenez manifestement pas le plasmide et les autres mécanismes de transfert génétique chez les bactéries, je vous suggère de lire davantage de documentation de base. Vous trouverez dans un manuel de niveau collège les informations nécessaires sur le transfert de plasmides. Les informations concernant l'incorporation virale de nouveaux traits devront être recherchées dans un nouveau manuel de niveau master, car le matériel utile dans ce contexte n'a qu'environ 5 à 7 ans d'âge. Je suggère Molecular Cell Biology, 4th Ed. de Lodish, Berk et al., publié par Freeman Press. Pour l'une des méthodes les plus récentes de modification génétique chez les bactéries, les îlots de pathogénicité, il faut se tourner vers des revues professionnelles, le matériel étant trop récent pour avoir été publié dans des manuels, je pense. Je suggère les articles suivants :

1 : Ehrbar K, Mirold S, Friebel A, Stender S, Hardt WD.
Characterization of effector proteins translocated via the SPI1 type III secretion system of Salmonella typhimurium.
Int J Med Microbiol. 2002 Feb;291(6-7):479-85.
PMID: 11890547 [PubMed - en cours]

2 : Fischer W, Puls J, Buhrdorf R, Gebert B, Odenbreit S, Haas R.
Systematic mutagenesis of the Helicobacter pylori cag pathogenicity island: essential genes for CagA translocation in host cells and induction of interleukin-8.
Mol Microbiol. 2001 Dec;42(5):1337-48.
PMID: 11886563 [PubMed - en cours]

3 : Yarwood JM, McCormick JK, Paustian ML, Orwin PM, Kapur V, Schlievert PM.
Characterization and expression analysis of Staphylococcus aureus pathogenicity island 3: implications for the evolution of staphylococcal pathogenicity islands.
J Biol Chem. 2002 Jan 30 [epub ahead of print]
PMID: 11821418 [PubMed - fourni par l'éditeur]

Je ne sais pas si ces articles sont accessibles gratuitement sur Internet ou non. Mais vous pouvez les obtenir en allant à votre université locale.

À présent, pour répondre à votre question. Il y a deux différences fondamentales entre l'histoire des ailes de mite et la résistance génétique des bactéries. En ce qui concerne les phénotypes de papillons, l'expression génétique repose sur les principes mendéliens, à savoir la dominance incomplète, les allèles multiples, l'interaction des traits récessifs/dominants, etc. Cela permet une évolution horizontale, mais pas une évolution verticale, et je pense que c'est le point que vous pointez. L'aspect clé de la génétique mendélienne, toutefois, est que les gènes nécessaires pour exprimer l'un quelconque des phénotypes possibles sont présents dans tous les organismes d'une espèce donnée. Il ne s'agit que d'une question de pressions de sélection déterminant la fréquence des allèles qui sont exprimés.

En ce qui concerne la résistance bactérienne aux antibiotiques, le matériel génétique nécessaire pour coder les protéines facilitant l'élimination des antibiotiques du microbe n'est pas codé dans l'ADN de la bactérie. En effet, dans les colonies de bactéries non résistantes, il n'y a pas de modification génétique pour produire des souches résistantes et toutes périront. Cependant, si vous introduisez des plasmides contenant des gènes résistants à une colonie de bactéries, elles intégreront ce matériel génétique dans leur propre génome et produiront les protéines qui empêchent l'efficacité des antibiotiques.

Cette incorporation de matériel génétique fonctionne en dehors des lois mendéliennes et peut en théorie aboutir à une évolution verticale des organismes unicellulaires. En effet, c'est l'un des arguments les plus solides en faveur de l'observation d'une macroévolution à une échelle temporelle micro.

On ne sait pas encore exactement comment ces nouveaux brins d'ADN soutiennent la modification génétique concernant l'amélioration des caractéristiques de survie des bactéries. Ce que nous savons, c'est que les séquences ne sont pas présentes dans le génome avant incorporation. Les génomes entièrement séquencés d'E. coli, un organisme modèle pour ce type d'études, ont montré l'absence de nouveaux gènes détectés après l'assimilation de matériel génétique issu de sources externes.

Il a été suggéré que l'interaction entre virus et bactéries est plus importante que nous ne le pensions initialement. Les chercheurs proposent que les virus, après avoir piraté le mécanisme biomécanique d'une cellule, modifient le code génétique pour inclure ces traits avantageux. Il est supposé que le bénéfice pour ce virus est de rester plus longtemps dans la bactérie et de produire plus de copies de lui-même, tandis que la bactérie obtient une variation génétique pouvant être très avantageuse. Je ne connais aucun mécanisme proposé pour cet événement.

Les îlots de pathogénicité ont montré qu'ils peuvent modifier les caractéristiques d'un organisme de façon si radicale qu'ils peuvent transformer un E. coli bénin, normalement présent dans la flore intestinale, en un agent pathogène producteur de toxines entraînant une gastrite aiguë. Le mécanisme complet de cela n'est pas connu non plus, mais des études ont montré que des séquences génétiques entières entre les îles pathogènes sont transférées. C'est un changement radical du génome. Apparemment, les enzymes nécessaires pour réaliser l'épissage sont codées par les îlots eux-mêmes et lisent les séquences d'origine. Un article a été publié en novembre dernier montrant que ce phénomène se produit également chez V. cholerae.

5 : Dalsgaard A, Serichantalergs O, Forslund A, Lin W, Mekalanos J, Mintz E, Shimada T, Wells JG.
Clinical and environmental isolates of Vibrio cholerae serogroup O141 carry the CTX phage and the genes encoding the toxin-coregulated pili.
J Clin Microbiol. 2001 Nov;39(11):4086-92.
PMID: 11682534 [PubMed - indexed for MEDLINE]

Voici un aperçu rapide de quelques façons courantes par lesquelles les bactéries démontrent un potentiel de changement évolutif vertical. Si vous consultez les lectures que j'ai suggérées, vous devriez pouvoir trouver des descriptions plus complètes de ce qui se passe au niveau moléculaire/chimique.

Ouf, j'espère que cela a été assez convaincant pour vous.

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Objet :       Quelle est donc l'urgence ? (was: Re: Dembski and Weasels)
Newsgroups : talk.origins
Date :       3 mars 2002
Message-ID : 3c81d650.9113664@news-server

Le 2 mars 2002 à 19 h 34 min 21 -0500, goodrich_ms@yahoo.com (Mike Goodrich) écrivait :
> rokimoto@mail.uark.edu (Ron Okimoto) a écrit dans le message news:<63afe69c.0202251454.5b1f04d9@posting.google.com>...

[snip]

>> Donc mg, où en est votre analyse de mon commentaire superficiel ? J'ai donné un >> exemple précis qui montrait que Dembski était plein d'âneries. Appliquez >> son filtre au système d'anticorps et qu'obtenez-vous ? Vous semblez être >> l'expert autoproclamé et puisque Dembski n'est pas là pour nous éclairer, >> pourquoi ne pas nous montrer comment ce filtre fonctionne pour le système d'anticorps ? >> Pourquoi Dembski ne l'a-t-il pas fait ? Si vous étiez Dembski, n'auriez-vous pas voulu >> appliquer vos idées à un véritable système biologique ?
>
>[snip]
>
>Alors quelle est l'urgence, Ron ?
>
>Une recherche fondamentale, novatrice et un développement conceptuel
>ne peuvent pas être exigés pour satisfaire à la tyrannie de l'urgence.
>
>Tout arrive en son temps.

Ceci soulève en réalité une question importante : avec l'ensemble des travaux sur le dessein intelligent à un stade très primitif, comme même ses partisans le reconnaissent, pourquoi y a-t-il une précipitation aussi massive pour imposer le DI à l'école ?

Même si nous prenons pour acquis les affirmations du camp du dessein intelligent, selon lesquelles le dessein intelligent représenterait une voie scientifique de recherche légitime et prometteuse, la conclusion que cette voie est aujourd'hui pour l'essentiel inexplorée est inévitable. En fait, de nombreux acteurs clés de la communauté du dessein intelligent admettent que leurs spéculations ne sont pas encore suffisamment étayées par des données empiriques, et que plus de recherche est nécessaire.

Un bon exemple en est donné par Dembski dans son introduction à Mere Creation: Science, Faith, and Intelligent Design (1998) :

"Intelligent design is a fledgling science. Even so, intelligent design is a fledgling of enormous promise. Many books and articles are in the pipeline. I predict that in the next five years intelligent design will be sufficiently developed to deserve funding from the National Science Foundation." (p29)

Donc, même selon l'une des forces motrices du mouvement, le dessein intelligent est encore probablement à plus d'un an de recevoir un financement public initial. Pourquoi alors cette précipitation massive à enseigner ce "petit oiseau en devenir" dans les écoles publiques dès maintenant ?

Si les partisans de la spéculation sur le dessein cherchaient réellement à poursuivre leurs idées comme de purs concepts scientifiques, ils devraient se concentrer sur la recherche nécessaire pour faire progresser leur hypothèse. En fait, une telle recherche primaire n'a été, au mieux, qu'exceptionnelle, et les partisans se sont au contraire concentrés sur l'avancement politique de leur cause comme opposants au darwinisme.

Ce n'est pas le comportement attendu des scientifiques. D'autres ont vu leurs idées ridiculisées puis ont ensuite été réhabilitées. Les partisans du spreading des fonds océaniques, par exemple, n'ont pas été pris au sérieux au début. Plutôt que d'interrompre leurs recherches pour tenter de convaincre les commissions scolaires d'enseigner leurs idées, ils ont continué à accumuler et publier des preuves convaincantes. Une fois leur théorie bien établie, elle a commencé à être incluse dans les manuels et enseignée en classe. C'est ainsi que science et éducation ont toujours fonctionné — les textes de lycée prennent généralement du retard sur les textes de premier cycle, eux-mêmes souvent plusieurs années en retard par rapport à la pointe de la recherche. C'est un facteur de sécurité intégré à l'éducation : une bonne partie de la recherche qui paraît au départ très prometteuse se révèle plus tard un échec. Avoir un décalage entre ces matériaux et les cours de base/introductifs évite de déstabiliser les étudiants débutants avec des contenus changeant rapidement.

Le comportement du mouvement DI est incompatible avec l'avancement légitime de la recherche scientifique. Il correspond cependant à ce qu'on attendrait d'un groupe conçu pour soutenir les opposants de l'évolution. L'essentiel des matériaux publiés par les IDers se concentre sur les faiblesses et incohérences supposées de la théorie de leur adversaire. Très peu de travaux ont été menés qui apportent un soutien direct à leur position, et encore moins ont-ils été appuyés par une recherche originale réelle. Si le mouvement DI est un écran de fumée, nous devons nous attendre à voir davantage de la même chose. Certainement, nous ne devrions pas attendre de voir une recherche originale en sciences biologiques réalisée par des IDers qui aurait le moindre potentiel de falsifier leur position. En tant que mouvement politique, ils ont peu à gagner et tout à perdre en prenant de tels risques.

--Mike Dunford

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