Asunto:    | Reasonable Guesses
Fecha:       | 25 nov 2008
ID del mensaje: | d2824612-bfe6-4045-9dd8-7225233df02d@l39g2000yqn.googlegroups.com

Sean Pitman escribió:
>>>>> The question is, what are the odds that your stories are true? You
>>>>> don't know the answer to that question. You don't have the first
>>>>> clue. Why not? Because you don't subject them to any sort of
>>>>> statistical analysis. All you have is bald assertions and fantasy
>>>>> just-so stories. That's it.

Howard Hershey respondió:
>>>> He señalado repetidamente que existen métodos estadísticos
>>>> para identificar que algo ocurrió de una manera consistente con
>>>> la descendencia común. Pero no me interesa producir probabilidades de GIGO^[1]
>>>> que no tengan relevancia para los procesos evolutivos *reales*.
>>>> Dejo esas numerologías sin sentido e irrelevantes
>>>> para personas como tú.

Sean Pitman escribió:
>>> Los argumentos de descendencia común no son lo mismo que los argumentos para el
>>> mecanismo de la descendencia común.

Howard Hershey respondió:
>> Ciertamente son relevantes para identificar relaciones históricas.
>> Esas relaciones históricas son necesarias para identificar esas
>> características presentes en organismos ancestrales que podrían ser
>> *modificadas* para producir lo que existe en organismos más modernos. Nuevamente,
>> pretender que uno puede generar probabilidades basadas únicamente en el tamaño
>> del sistema final es pretender que la evolución funciona como una lotería justa
>> en lugar de como un proceso histórico. Cualquier cálculo basado en
>> esa suposición falsa NO produce las “probabilidades de que *algún* organismo
>> pudiera haber generado la característica x”. Puede producir las probabilidades “promedio”
>> de que un organismo *seleccionado al azar* pudiera evolucionar esa característica. Pero
>> esas probabilidades efectivamente agrupan a todos los organismos que tienen
>> esencialmente ninguna posibilidad de evolucionar x con cualquier organismo que tiene
>> características que pueden modificarse fácilmente para producir esa característica.

Sean Pitman escribió:
> Tienes que tener al menos alguna idea de la existencia probable de alguna
> criatura con características preexistentes lo suficientemente cercanas al objetivo
> “X” para encontrarla en una cantidad razonable de tiempo usando el mecanismo de
> RM/NS^[1]. No tienes idea alguna sobre las probabilidades de tal existencia
> en absoluto.

Howard Hershey responde:
Por supuesto que sí. Tengo evidencia de que existen motores con secuencia (y, más importante, estructura) similar a la del motor en los flagelos en células en ausencia de flagelos. De hecho, motores similares también existen en células con flagelos, pero no interactúan con proteínas flagelares. Eso es cierto tanto para los flagelos eubacterianos como para el archea. Los poros rotables, por supuesto, son moneda corriente, ya que se necesita un esfuerzo especial para hacer un poro no rotable.

Eso significa que la probabilidad de generar un poro con rotación motorizada es *necesariamente* menor que cualquier valor calculado sobre la base del tamaño final del sistema completo. Sólo se necesita formar una proteína (el enlace). Ninguna otra proteína necesita cambiar en absoluto para cambiar el sistema de uno que carece de la *función* de rotación motorizada a uno que sí posee esa *función*. Sin embargo, el único cálculo que haces se basa en la suposición de que es imposible generar rotación motorizada a menos que lo hagas empezando con un sistema completamente aleatorizado. En realidad, he sugerido que la nueva *función* de rotación motorizada puede suceder, como mínimo, en un solo paso mutacional por la formación de una de varias proteínas de enlace quiméricas posibles. No afirmo en absoluto que *todo* poro y *todo* motor que haya existido pueda formar tal enlace que proporcione la nueva *función* (¿por qué soy yo el único de nosotros que habla de ganancia, pérdida, modificación o emergencia de una *función* en lugar de pretender que el *tamaño* sustituye a la *función*?). Uno de los poros y uno de los motores que *fue* capaz de hacer este paso, no sorprendentemente, muy probablemente estaba estrechamente relacionado en secuencia (de hecho, en estructura) con el que sí lo hizo.

Yo *tampoco* afirmo necesariamente que, en el mutante original que vinculó un poro y un motor para producir la *función* de rotación motorizada, que, en el original, la *función* también incluía motilidad del organismo por actividad flagelar. [Así fue en el modelo experimental, donde se seleccionó la conexión, pero si alguien pudiera identificar una conexión que tuviera la *función* de rotación motorizada pero no la motilidad del organismo, eso habría funcionado igual.] Una vez que tienes la *función* de rotación motorizada, y ciertamente existen utilidades posibles para esa función por sí sola en ciertos entornos, adquirir la función emergente de motilidad del organismo tiene una vía cuantitativa clara con posibles pasos funcionalmente útiles de aumento de la tasa de rotación en el proceso.

¿Yo *sé* que este es el camino tomado? No. Por supuesto que no. Pero apenas es un paso improbable o imposible entre un estado específico que puede (y de hecho) existir en células y una modificación que produce una nueva *función* de rotación motorizada. De hecho, es bastante consistente con la subfunción de la parte de “poro” de los flagelos existentes y la subfunción de la parte de “motor”. De hecho, esas funciones no necesitan cambiar en absoluto.

También observo que tú afirmas que la *función* de transporte de toxinas y la *función* de rotación motorizada flagelar para el poro deben diferir en x número de proteínas. Eso es una tontería. Los flagelos mismos, especialmente en bacterias que causan infecciones gastrotestinales, pueden transportar proteínas secretadas importantes para la toxicidad así como contribuir a la toxicidad por las proteínas flagelinas que actúan como elementos de adhesión. [Mi opinión personal es que la rotación motorizada fue *inicialmente* una forma de explorar una mayor cantidad de espacio por unidad de tiempo de un sistema de adhesión y que el movimiento del organismo fue una propiedad emergente.] De nuevo, lo que tú llamas *LA* función de los flagelos es meramente una de las funciones que son posibles para la misma estructura.

http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6TD0-4R00FD8-5&_user=10&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_sort=d&view=c&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=29cb09e5de92a8dafb612d8677ca7be5

http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=1932851

> Tus datos de secuencia te dan esta información. Tú simplemente
> inventas la criatura necesaria con una historia ad hoc.

No. Señalé las subfunciones no ambiguas de los flagelos actuales que podrían haber tenido utilidad independiente fácilmente para bacterias antes del evento de enlace que añadió la *función* de rotación motorizada. Y señalé que sistemas similares realmente existen en bacterias con estructuras y secuencias similares. También señalo algunas de las *otras* funciones seleccionables que tienen los flagelos. El criterio no es la invención de *cualquier* punto de partida a una distancia arbitraria. Se trata de señalar los criterios *funcionales* de pasos intermedios potencialmente útiles.

Tú mismo reconoces que el tamaño, por sí solo, no determina el tamaño de la brecha cada vez que mientes y dices que puedo elegir cualquier punto de partida en el espacio total de secuencia y luego objetar cuando hago justamente eso.

> No sabes si la criatura existe o no. Solo sabes que tuvo que haber
> existido porque estás tan seguro de que RM/NS hizo el trabajo.

No. Solo sé que tus estadísticas se basan en la idea falsa de ensamblaje aleatorio desde algún promedio o distancia arbitrariamente amplia a través de alguna brecha declarada arbitrariamente donde las secuencias no tienen ninguna función.

> Tu problema es que no tienes ningún análisis estadístico
> que respalde la idea de que tu historia ad hoc sea remotamente probable. Tu
> simple afirmación es todo lo que realmente tienes: un cuento de hadas. No
> es ciencia.

Mi cuento de hadas de que estas características evolucionaron desde estructuras similares mediante la modificación de esas estructuras preexistentes tiene evidencia de estructura y secuencia para apoyarlo. Los sistemas nuevos tienen rastros de historia que no pueden ser (estadísticamente) simplemente un asunto de azar. Tu idea de que estos sistemas surgen por ensamblaje completo de azar es la que se basa en suposiciones falsas.

>> Las probabilidades *reales* de que evolucione la característica x dependen de la existencia >> (o no) de organismos del último tipo, no de cuántos organismos >> no tienen ninguna posibilidad de generar esa característica, por útil que sea.

> Nuevamente, la cuestión se refiere a las probabilidades de existencia de > organismos o bi-sistemas necesarios. ¿Cuáles son las probabilidades de que esas > criaturas o sistemas necesarios existieran alguna vez en la vida real? Tú simplemente no lo sabes.

Si no hubiera homología de secuencia o estructura entre proteínas y sistemas con funciones modificadas, emergentes, novedosas o adicionales, quizá no sabría si había criaturas con las estructuras adecuadas. Pero las familias de genes son la regla y no la excepción. Las familias de genes no existirían en tu modelo de evolución en el que el único factor relevante es el tamaño final.

> Tú simplemente argumentas que porque podrían haber existido de la manera > en que tú necesitas que hayan existido, que las probabilidades de que > realmente existieran de esa manera son “buenas”.

Y mi idea está respaldada por evidencia real de que los tipos de características (en un sentido funcional y estructural) que requiero no solo pueden existir, sino que existen. Y el mecanismo de modificación de sistemas preexistentes ciertamente existe en la naturaleza. Tu idea de que las proteínas están esencialmente ensambladas por ensamblaje aleatorio desde algo, en alguna parte, de alguna manera no está respaldada. No hay mecanismo para un “hacedor mágico” ni ensamblaje aleatorio desde alguna secuencia promedio o maximamente distante.

> De verdad... ¿en qué se basa esta noción? ¿Tienes alguna evidencia > estadística que respalde tu afirmación de que las probabilidades de que existan > tales organismos fortuitos realmente son buenas?

Las estadísticas que dicen que los genes que comparten función están relacionados por descendencia y no por azar son bastante sólidas. Eso también se aplica a los genes de una misma familia genética.

>> Las probabilidades basadas en la suposición de que todos los organismos son igualmente probables de >> evolucionar la característica x NO nos dicen nada sobre las probabilidades de que esa >> característica *realmente* evolucione *a menos* de que demuestres que todos los >> organismos están *igualmente* alejados de evolucionar esa característica.

> Ese no es el problema de probabilidades aquí.

Es para las probabilidades que tú presentas como correctas.

> Las probabilidades en cuestión se refieren a tu noción de que cualquier organismo es “probable” > de existir en proximidad cercana a un objetivo o posibles objetivos beneficiosos dados.

>> Lo cual, por supuesto, al adoptar el modelo hombre de paja de “un 747 en un tornado”, >> tú lo estás asumiendo. Pero suponer que algo es así no es lo que hacemos en >> ciencia. Lo que hacemos es probar nuestras suposiciones. ¿Qué *evidencia* >> tienes de que todos los organismos están *igualmente* lejos de evolucionar >> cualquier característica? ¿Esa probabilidad igual es una característica común >> de las cosas que vemos evolucionar?

> ¡Qué disparates! No pruebas tus suposiciones en absoluto. ¿Dónde está tu > prueba estadística de tu idea de que CUALQUIER organismo es remotamente probable > de existir como tú necesitas que exista?

Todo lo que tengo que hacer es mostrar que la probabilidad de que eso exista es mucho mayor que las probabilidades que tú propones. De nuevo, la evidencia de secuencia tanto dentro de la función como en familias génicas relacionadas dice que yo tengo razón y que tu idea de que la evolución funciona por ensamblaje aleatorio desde cero es incorrecta.

Sean Pitman escribió:
>>> No te estoy pidiendo que apoyes la teoría de la descendencia común
>>> aquí. Te estoy pidiendo que apoyes el mecanismo de RM/NS.

Howard Hershey respondió:
>> ¿Qué parte del mecanismo de RM/NS crees que no existe en la >> naturaleza? ¿Crees que la mutación no es aleatoria? ¿Crees que las >> tasas de mutación no son medibles? ¿Cuál es tu problema con el >> concepto de RM como causa básica y última de toda la “variación genética >> natural” en poblaciones?

>> Si existe RM, entonces la pregunta es si la selección natural ocurre en la naturaleza.
>> Desde mi perspectiva, lo opuesto a la SN no es el estancamiento (porque >> la estabilidad genética *requiere* SN frente al cambio), es la no-selección.
>> La consecuencia de la no-selección (lo cual significa que la selección es >> significativamente indistinguible de los efectos del azar por sí solo) es la >> deriva genética (cambio con el tiempo). La selección, positiva o negativa, >> y la *fuerza* de esa selección, es condicional a las condiciones >> ambientales locales. La selección se mide por el criterio de >> éxito reproductivo relativo. Dado que *cualquier* variación genética debe >> existir en algún punto de la línea entre selección absoluta por y >> selección absoluta contra (siendo la neutralidad selectiva el área >> cerca del punto medio) en un entorno particular, toda RM está sujeta >> a SN. La selección positiva o la deriva neutra llevan a cambios en los >> genomas. Tus ideas pueden ser diferentes. Pero tienes que señalar dónde crees >> que hay un problema con el mecanismo de RM/NS. Decir simplemente >> que estás en contra del mecanismo de RM/NS no me dice mucho. Yo *sí* creo que el *mecanismo* de RM/NS ocurriendo en la naturaleza está bastante >> sólidamente respaldado experimentalmente y por observación.

> LOL - both RM and NS are real forces of nature.

Eso no es lo que dijiste. Lo que dijiste es que RM/NS no puede ser respaldado como un mecanismo de cambio válido. Si quieres aclararlo, por favor hazlo. No te burles de mí porque formulas cosas de una forma particularmente oscura e ignorante.

> Eso no es lo que se pregunta. La pregunta se refiere a las probabilidades de tu > punto de partida propuesto de ser remotamente probable de existir realmente en cualquier > pool génico real de opciones. ¡Hola!

¿Y cuáles son las probabilidades de que tu absurda numerología de GIGO sea realmente algo parecido a una descripción honesta del proceso evolutivo? Cero. Nulo.

> ¿Dónde has estado durante los últimos años en los que hemos debatido este > concepto? Oh, se me olvida. Tienes memoria de pez dorado por tu > cosa completa del “colectivo Hershey” ...

No. Tú ya has concedido, en el pasado, que tus “probabilidades” no son las probabilidades reales de que algo evolucione *realmente* sino que representan, de varias formas, algo mínimo, probablemente, o el tamaño promedio de la brecha o algo o algo que luego descartas y echan mano de un número más pequeño con el que puedes fingir que no pareces completamente tonto. Lo que estoy haciendo es usar evidencia real, basada en cosas que *realmente* existen en *verdaderos* organismos para respaldar una vía *posible* y *especificar* brechas específicas y qué tipos de mutaciones podrían cruzar esas *brechas específicas* para producir una nueva funcionalidad adicional, modificada o emergente.

>> OTOH, la retención de rasgos genéticos que de otro modo serían deletéreos >> para la supervivencia/éxito reproductivo *casi siempre* (las excepciones incluyen >> el acoplamiento con genes fuertemente seleccionados y genes de “distorsión meiótica”) requiere >> “diseño inteligente”, es decir, “selección artificial”. Habitualmente estos rasgos >> que de otro modo serían deletéreos tienen un beneficio para el “diseñador” (es decir, para >> humanos). Ejemplos incluyen el pavo doméstico, las sandías triploides sin semillas y los poodles de juguete.

> Disparate. Todas estas características tienen selección basada en función.

*Toda* selección es por función, específicamente por el efecto que la diferencia funcional tiene sobre el éxito reproductivo relativo.

> Ninguna forma de selección basada en función (aunque haya humanos involucrados) te > va a dar un sistema novedoso y beneficioso más allá del umbral 1000 aa^[1] de > este tamaño en escalas de billones de años.

¿Qué tiene que ver el tamaño con esto? ¿Cómo defines “novedoso”?

> Si crees lo contrario, debes tener algún tipo de respaldo estadístico > para sugerir por qué tus puntos de partida fortuitos tendrían posibilidad real > de haber existido alguna vez.

Eso sería mover las porterías hacia una “brecha” más lejana en el tiempo. En esencia, estás preguntando cómo y por qué un poro podría evolucionar sin que sea específicamente para la producción de un flagelo y completamente inútil hasta que se forme un flagelo. O qué utilidad tiene un motor salvo que mueva un flagelo. El punto relevante es que los poros rotables existen sin ser parte de un flagelo y también lo hacen los motores sin ninguna necesidad teleológica de que sean capaces de convertirse en parte de un flagelo. Pero las probabilidades de formación de flagelos cuando existen tales sistemas son claramente mucho, mucho, mucho, mucho mayores que si solo fuera relevante el tamaño final y el flagelo fuera la *única* función posible que pudiera existir para el sistema (que es lo que propone tu matemática).

> ¿Dónde está el análisis estadístico que necesitas?

Similitud de secuencia en familias génicas.

>>> Los métodos estadísticos que estás describiendo aquí solo demuestran que >>> ciertos grados de similitud son más probables como resultado de algún >>> mecanismo no aleatorio.

>> Los análisis muestran que el patrón no es *solo* un “mecanismo no aleatorio”. >> Estos métodos también pueden descartar explícitamente la idea de que >> esos patrones son resultado de la diferencia debida a la necesidad funcional. >> El único proceso natural (el sobrenaturalismo puede hacer cualquier cosa) >> consistente con estos resultados es la descendencia común histórica.

> Nuevamente, las teorías de descendencia común no tienen nada que ver con explicar > el mecanismo de RM/NS.

Tú nuevamente estás fingiendo que tu argumento se dirige contra el *mecanismo* de RM/NS. Sin embargo te contradices en ese punto al señalar que sabes que tanto RM como NS son características conocidas de la biología.

> Ese mecanismo particular es lo que está en discusión aquí - no CD.
> ¿Dónde están tus estadísticas para explicar cómo RM/NS funcionan para encontrar objetivos novedosos > en varios niveles de complejidad funcional?

El *mecanismo* de RM/NS no cambia en ningún nivel de complejidad funcional. ¿Qué característica del *mecanismo* de RM/NS tendría que cambiar si la proteína o el sistema proteico es más grande que si es más pequeño?

Sean Pitman escribió:
>>> Más allá de esto, el mecanismo de RM/NS simplemente se da por sentado como capaz de >>> hacer el trabajo. Esa suposición particular es lo que estoy >>> cuestionando aquí.

Howard Hershey respondió:
>> Si RM en ausencia de NS (deriva neutra) puede explicar la cantidad de cambio >> observada en el tiempo disponible (como sucede en humanos y chimpancés), >> no es una *suposición* que RM/NS *también* pudiera lograrlo. Sabemos, a través de la >> experimentación y observación, que *cuando* hay selección presente, la cantidad de cambio >> (negativo o positivo) es mucho más rápida de lo que ocurre cuando no hay selección. >> ¿Tienes evidencia de que la diferencia media o promedio entre >> genomas de chimpancés y humanos *no* puede explicarse por deriva sola?

>> http://www.sciencedaily.com/releases/2006/10/061013104633.htm

>> Donde buscan regiones de secuencia que hayan cambiado más rápidamente
>> entre humanos y chimpancés que entre chimpancés y ratones o ratas. Encontraron >> aproximadamente 200 de esas regiones, con solo 3 que codifican proteínas. >> La mayoría probablemente sean reguladoras. Pero las mutaciones en regiones regulatorias >> suelen ser cuantitativas en sus efectos en lugar de cualitativas.

>> http://www.sciencedaily.com/releases/2008/11/081105191731.htm
>> http://www.sciencedaily.com/releases/2006/12/061219201931.htm

>> Otra diferencia es en el número de copias de determinados genes. Algunos de >> estos pueden ser particularmente importantes para las diferencias entre >> humanos y chimpancés.

>> Pero absolutamente no hay nada que haga imposibles estas diferencias por RM. >> Todos los cambios son del tipo que vemos que se produce hoy mediante >> varias formas de RM. Y si están produciéndose, claramente la SN va a afectarles >> (teniendo en cuenta que la ausencia de selección va desde NS positiva hasta >> neutral y negativa).

> Te encanta comparar las diferencias entre humanos y simios precisamente > porque aún no sabemos casi nada sobre las diferencias funcionales > entre estos dos tipos de criaturas.

No importa cuáles sean esas diferencias funcionales. El punto sigue siendo que, sean cuales sean (e incluyen diferencias en casi todos los huesos y en niveles de inteligencia abstracta, pelo y fuerza, además de muchas otras diferencias fenotípicas), no hay evidencia de que requiera cruzar tus brechas hipotéticas.

> Quédate con lo que sí sabemos más, Howard: por ejemplo, sistemas subcelulares > beneficiosos funcionalmente. Intenta explicar cómo pasar de un sistema > tipo TTSS^[1] a un sistema de motilidad flagelar usando RM/NS, por > ejemplo.

Ya he señalado que los *flagelos*, los flagelos bacterianos reales, actúan como dispositivos de exportación proteica para toxinas. Además de actuar como sistemas de adhesión y una serie de otras *funciones*. Parece que estás atascado en la idea de que “flagelo” es un objetivo teleológico y no puede componerse de subfunciones o tener funciones adicionales. Estás equivocado. Es decir, los flagelos *son* un sistema tipo TTSS. Todos los flagelos eubacterianos (pero no arqueales) exportan flagelinas. Algunos exportan otras proteínas. Es decir, algunos tienen *ambas* funciones y la *brecha* entre los dos estados *funcionales* es cero.

> Usa estimaciones estadísticas reales para respaldar la probabilidad de que > tus piedras intermedias necesarias realmente existan.

Cuando el tamaño de la brecha es cero, las estimaciones de probabilidades no lo cambiarán.

>>> ¿Dónde está el análisis estadístico que respalde este mecanismo >>> particular? Hay muchos artículos estadísticos publicados sobre el >>> concepto de la descendencia común. No conozco ninguno publicado sobre el mecanismo >>> de RM/NS.

>> Claro que los hay. Todos dicen que la fuerza y dirección >> de la SN son función del ambiente local. También hay muchos >> estudios que muestran que la mutación es aleatoria. ¿Qué tipo de estadístico >> buscas?

> Todos sabemos que la fuerza y dirección de la SN es una función del > ambiente local. Aquí la cuestión se refiere a la evolución de sistemas funcionales novedosos > que no estaban en el pool génico antes.

El cambio en *función* simplemente no siempre requiere un gran cambio en *estructuras* o *secuencias*. La *función* NO es estructura y secuencia. Está relacionada. Pero no hay correspondencia uno a uno.

> Tú argumentas que dicha evolución depende del punto de partida. De nuevo, > ¿cuáles son las probabilidades de que tu punto de partida necesario > exista realmente?

¿Cuáles son las probabilidades de que las células puedan tener poros rotables y motores sin tener funciones flagelares? Respuesta: una. Sabemos que tales estructuras y sistemas funcionales existen en las células. Ahora, ¿cuántos de ellos pueden modificarse para enlazarse entre sí y generar la nueva *función* añadida de rotación motorizada? Eso no puedo decirlo. Pero claramente es mucho más probable que la idea de que los flagelos empiezan por ensamblaje aleatorio desde cero de manera en que el tamaño final sea lo que importe.

> Conjuras todo tipo de puntos de partida cuando los necesitas sin > considerar alguna vez las probabilidades de que tus invocaciones sean remotamente probables... > Eso no es ciencia.

Veamos. Yo *especifico* una *brecha específica* entre *estados* funcionales *actuales*. Demuestra que los *estados funcionales iniciales* pueden realmente existir. Y señala un *tamaño de brecha real* que pueda cruzar esa *brecha específica*. Tú generas un tamaño arbitrario. Ignora cuántas brechas se necesitan. Nunca discutes ninguna *brecha específica*. Generas una probabilidad que invoca un modelo de hombre de paja falso de la evolución. Luego intentas “hacer olitas” con un número más pequeño porque reconoces que tu número no se refiere a ninguna *brecha real* específica. ¿Y tú llamas eso a lo que yo hago invocación?

>>> Todos los artículos científicos simplemente asumen que RM/NS hizo el trabajo sin >>> sujetar realmente esta suposición a una investigación científica auténtica. >>> No hay artículos, ni uno solo, que se ocupen de >>> las probabilidades de que el mecanismo propuesto de RM/NS realmente hiciera el trabajo.

>> RM/NS no tiene un “trabajo” que hacer. Eso sería pensamiento teleológico >> que asume que el mecanismo está dirigido a un fin.

> Incorrecto. RM/NS sí tiene un trabajo que hacer: encontrar objetivos novedosos beneficiosos. > Ese es el trabajo de este mecanismo. Sin que ese trabajo ocurra en la práctica, > la evolución no ocurriría.

Eso es el *potencial* del mecanismo, no su trabajo.

>> Tanto RM como SN ocurren como consecuencia de la naturaleza de nuestros sistemas >> genéticos y del hecho de que los organismos interactúan con sus ambientes locales.

> Mira. Intenta concentrarte aquí. No estamos hablando solamente de que RM y SN ocurran.

Eres tú quien afirma que hay algo “incorrecto” en el mecanismo de RM y SN que de algún modo se relaciona con el tamaño de la realidad del sistema sobre el que trabaja el mecanismo.

> Estamos hablando de encontrar objetivos novedosos beneficiosos. ¿Cuáles son las > probabilidades de que RM/NS encuentre un objetivo novedoso beneficioso?

Depende de los puntos de partida. Si tienes una *brecha específica* entre *funciones específicas* que no se puede cruzar porque todos los *posibles* caminos intermedios entre esos estados funcionales son demasiado largos, ¿por qué no muestras *eso* como ejemplo? Yo he dado un ejemplo de una *brecha específica* y las funciones y estructuras tanto de inicio como de fin. ¿Dónde están tus *brechas específicas* donde estableces cuál es el punto de partida y cuál el punto final?

> En resumen, ¿cuáles son las probabilidades de que un punto inicial y un objetivo final > realmente estén lo suficientemente cerca para que RM/NS lo encuentre en un > periodo de tiempo dado?

En algunos casos, bastante buenas. En otros, bastante malas. Pero no por el tamaño del resultado final. De nuevo, la evolución no es una lotería justa en la que todos los organismos tienen la misma “chance” de “ganar”.

[1] Acrónimos:
    NS: Selección natural
    RM: Mutación aleatoria
    GIGO: Garbage In Garbage Out
    aa: aminoácido (bloque de construcción de proteínas)
    TTSS: Sistema secretor tipo III (una estructura tipo aguja que algunas bacterias usan para inyectar toxinas en otras células)

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