LA COUR : Très bien. Monsieur Muise, vous pouvez continuer.
M. MUISE : Merci, Votre Honneur.
Q. Le Dr Miller a sévèrement critiqué Pandas pour sa manière de traiter le sujet de la similarité des séquences protéiques. Êtes-vous d'accord avec son évaluation ?
A. Non, je ne le fais pas.
Q. Et je vous demanderais de m'expliquer pourquoi pas ?
A. Sur la diapositive suivante, nous voyons l'une des diapositives du professeur Miller, la première, je pense, dans sa séquence où il a très sévèrement critiqué le livre Of Pandas and People pour sa manière de traiter la question de savoir pourquoi les protéines similaires chez des organismes distincts présentent des différences dans leur séquence qu'elles présentent.
Et sur la diapositive suivante, il s'agit encore d'une diapositive du Professeur Miller. Il reproduit une figure issue de Pandas qui montre -- difficile à lire ici -- que la différence dans le nombre d'acides aminés d'une protéine appelée cytochrome c, qui est une petite protéine impliquée dans le métabolisme énergétique et qui contient environ 100 acides aminés, la différence entre cette protéine qui se trouve chez les poissons est d'environ 13 %.
Environ 13 acides aminés diffèrent entre le cytochrome C des poissons et le cytochrome C des amphibiens ; et environ 13 ou si peu entre le cytochrome C des oiseaux et celui des poissons ; et environ 13 entre le cytochrome C des mammifères et le cytochrome C des poissons. Ainsi, remarquablement, les protéines de ces organismes différents semblent toutes avoir un nombre d'écart approximativement identique, bien que les écarts ne soient pas les mêmes, mais qu'ils aient le même nombre d'écarts par rapport au cytochrome C des poissons.
Et Pandas aborde cela dans leur texte. Et le professeur Miller — le professeur Miller critique Pandas car il dit que, en fait, il s'agit d'un problème bien étudié qui a été résolu par la théorie de l'évolution. Par exemple, il dit que, en fait, ces différences de séquences confirment que chacun de ces organismes est équidistant d'un ancêtre commun, ce qui est la prédiction réelle de la théorie de l'évolution.
Il y a aussi un petit diagramme arboricole là. Mais il faut réaliser que, en fait, le professeur Miller se trompe. La théorie de l'évolution ne prédit pas cela. Ou l'on pourrait dire que la théorie de l'évolution prédit cela dans le même sens que la théorie de l'évolution a prédit que les embryons de vertébrés, tels que dessinés par Haeckel, devraient être très, très similaires à eux ; ou la prédiction de la théorie de l'évolution après que de nouveaux résultats soient apparus, à savoir que les embryons de vertébrés pourraient varier considérablement ; ou la prédiction de la théorie de l'évolution selon laquelle le système sécrétoire de type III serait un bon précurseur du flagelle ; ou la prédiction de la théorie de l'évolution selon laquelle le flagelle — ou que le système sécrétoire de type III pourrait être facilement dérivé d'un flagelle.
Ainsi, en fait, ce que nous avons, je vais essayer de rendre clairement, est un cas où la science expérimentale produit des données, et ces données sont tentées d'être intégrées dans un cadre. Mais ces données n'ont pas été prédites par aucune théorie de l'évolution.
Q. Comment le traitement de ce sujet dans Pandas se compare-t-il à ce que le Dr Miller a trouvé ?
A. À mon avis, le traitement de ce sujet dans Pandas est en réalité beaucoup plus précis que la discussion du même sujet par le professeur Miller lors de son témoignage ici. Le professeur Miller, dans sa discussion, où il dit que la théorie de l'évolution prédit cette quantité remarquable de différences, fait référence à quelque chose, bien qu'il ne l'appelle pas ainsi, quelque chose appelé l'hypothèse de l'horloge moléculaire.
Et remarquez que, en effet, dans Pandas, sur la page opposée à celle où se trouve la figure utilisée par le professeur Miller dans sa présentation, il y a une section intitulée A Molecular Clock où ils passent en revue et discutent certains problèmes liés à celle-ci, ce que j'aborderai plus tard.
Q. Pour être clair pour les archives, le diagramme, la figure 9 dont vous avez parlé et que le Dr Miller a citée dans son témoignage, se trouve à la page 38 de Pandas, est-ce correct ?
A. Oui.
Q. Et la discussion de l'horloge moléculaire apparaissant sur la page suivante apparaît à la page 39 de Pandas, comme indiqué dans cette diapositive, est-ce correct ?
A. C'est correct.
Q. Disposez-vous de diapositives et d'une discussion sur la manière dont ce problème de l'horloge moléculaire est abordé dans la communauté scientifique ?
A. Oui, je le fais, et cela prendra probablement environ 10 minutes pour le parcourir. Soyez donc patients. Voici cependant la couverture du manuel de biochimie dont je me suis fréquemment servi ici, celui de Voet et Voet, qui est utilisé dans de nombreuses universités et collèges à travers le pays.
Et ils ont une section sur l'hypothèse de l'horloge moléculaire et sur le cytochrome C dans laquelle ils discutent de ces questions. Imaginons — je vais essayer d'expliquer une horloge moléculaire. Imaginons que ces durées — ces lignes représentent le temps. Et tout en bas de l'écran se trouve un temps — un temps lointain, et tout en haut se trouve le temps moderne.
Et les branches ici représentent des événements dans le cours de la vie où une population d'organismes se scinde en deux -- se scinde en deux, et une branche s'éloigne pour former un groupe d'organismes et un autre groupe s'éloigne pour former un type différent d'organismes.
Q. Si je puis interrompre brièvement. Vous faites référence à un arbre phylogénétique qui a des lignes verticales qui se divisent les unes des autres, et c'est à cela que vous faites référence avec les lignes verticales qui courent, deux au sommet du diagramme, puis elles se divisent en différentes sections ?
A. C'est exact. C'est tout à fait juste.
Q. Pourriez-vous continuer, s'il vous plaît ?
A. Oui. Par exemple, à cette branche, une population d'organismes s'est séparée pour devenir des plantes, et à cette autre branche, une population s'est séparée pour devenir des animaux.
Je suppose donc qu'avant toute division de la population, les organismes de la population précurseure possédaient un cytochrome c avec une certaine séquence. Disons qu'il y avait cent lettres. Imaginez simplement une chaîne de cent lettres ; Z, Q, A, L, W.
Or, maintenant, lorsque nous arrivons à ce point de bifurcation, nous avons un groupe d'organismes qui se sépare pour former les animaux, un autre qui se sépare pour former les plantes. Ils ne se croisent plus, et donc cette chaîne de cent lettres représentant le cytochrome c ne peut plus accumuler de mutations de manière séparée.
Ainsi, par exemple, supposons qu'une fois tous les ans environ, le cytochrome c dans la branche qui forme les plantes subisse une mutation, de sorte que l'une de ces lettres change de ce qu'elle était. Et de manière similaire, dans la branche qui s'éloigne pour former les animaux, une fois tous les cent ans environ, l'une de ces lettres change en quelque chose.
Pas nécessairement la même. Peut-être une autre. Ainsi, après un certain temps, ces deux séquences seraient différentes. Et supposons que, tous les cent ans, cela se produise, une modification, une modification, une modification, et ainsi de suite. Après un certain temps, vous commencerez à accumuler un certain nombre de modifications.
Supposons maintenant que, le long de la lignée menant aux animaux, la population animale se scinde en deux, une lignée menant, disons, aux insectes, et une autre lignée menant aux mammifères. Vous pourriez maintenant avoir la même chose avec la séquence de cytochrome c qui a continué à muter tout au long, mais maintenant elles se scindent en deux populations, et maintenant ces deux populations commencent également à accumuler des mutations de manière indépendante.
Mais remarquez ici, ils commencent exactement au point de branchement avec la même séquence. Mais après, disons, cent ans, cela présentera une différence par rapport à ce qu'il était au début. Celui-ci présentera également une différence. Et ces différences ne sont pas nécessairement les mêmes.
Alors, elles commenceront à accumuler des différences les unes avec les autres entre, disons, la branche menant aux insectes et la branche menant aux mammifères. Voici maintenant le point clé. Toute séquence le long de cette branche devrait avoir accumulé le même nombre de séquences entre n'importe quelle séquence sur cette branche.
Ainsi, le nombre de différences entre les insectes et les plantes devrait être approximativement le même que celui entre les mammifères et les plantes. Tout animal et toute plante devraient avoir un nombre de différences approximativement identique. Alors qu'entre les sous-groupes d'animaux qui se sont séparés les uns des autres plus tôt que les animaux ne l'ont fait des plantes, ils auront eu moins de temps pour accumuler des différences dans leurs séquences d'acides aminés. Et donc ils auront – ils auront donc moins de différences.
Q. Vous voulez dire, s'ils se sont séparés plus tard. Vous avez dit, plus tôt. Ils se sont séparés plus tard, c'est correct ?
A. Merci. Oui, plus tard. Donc le professeur Miller a, je crois, ce type de modèle en tête, qui est commun -- qui est une façon courante de penser à ces choses en science.
Ainsi, l'idée est que, puisque les poissons se sont séparés de ces autres groupes de vertébrés, mammifères, oiseaux, etc., les poissons, selon ce modèle, devraient présenter le même nombre de différences dans leurs séquences d'acides aminés entre eux-mêmes et tous ces autres groupes de vertébrés.
Q. Donc ici, vous avez des plantes qui se séparent au même moment que les insectes, ou vous avez le même — vous avez la même connexion entre les insectes et les plantes que celle qui existe entre les plantes et les mammifères ?
A. C'est exact. Le point crucial est donc que la différence entre les animaux, quel que soit le groupe animal comme les mammifères et les plantes et les insectes, devrait être la même entre les animaux et les plantes, peu importe le sous-groupe d'animaux.
Mais entre les animaux qui se séparent – des groupes d'animaux qui se sont séparés plus tôt – ou qui se sont séparés les uns des autres plus tôt par rapport au temps présent, ils auraient moins de temps pour accumuler des différences. Et je pense que c'est ce que le professeur Miller avait en tête.
Cependant, ce modèle présente certaines difficultés qui sont bien reconnues et ont été discutées dans la littérature depuis plus de 40 ans. Par exemple, j'ai dit, supposons qu'à chaque centaine d'années environ, une mutation se produise. D'accord. Eh bien, supposons que dans cette branche, à chaque centaine d'années environ, une mutation se produise. Mais dans cette branche, supposons qu'une mutation se produise tous les 50 ans.
Et supposons que lorsque ces lignées se séparent, le taux de mutation change à nouveau quelque peu. Dans ce cas, vous ne vous attendriez pas à ce que ce joli motif net se produise. Vous vous attendriez plutôt à un désordre. Il n'est pas tout à fait clair ce que l'on pourrait s'attendre. Et il s'avère que c'est un vrai problème, car il est pensé que la plupart des mutations s'accumulent dans une lignée lorsqu'un organisme se reproduit.
Lorsqu'un organisme se reproduit, l'ADN qu'il contient doit être répliqué, ce qui offre une occasion pour que des mutations apparaissent dans l'ADN. Mais les différents organismes peuvent se reproduire à des rythmes très différents. Par exemple, une mouche fruitière peut avoir un temps de génération de deux semaines, tandis qu'un éléphant peut avoir un temps de génération de 20 ans.
Ainsi, si le nombre de mutations subies par une protéine ou un gène était proportionnel au nombre de générations, on pourrait s'attendre à ce qu'une lignée d'organismes à reproduction rapide accumule des mutations beaucoup plus rapidement, tandis que celle d'organismes à reproduction lente les accumule plus lentement.
Et je crois que c'est -- sur la diapositive suivante, il y a une discussion issue du manuel de biochimie expliquant exactement ce point. Laissez-moi citer de celui-ci. Citation, Les substitutions d'acides aminés dans une protéine résultent principalement de modifications d'une seule base dans le gène spécifiant la protéine. Si de telles mutations ponctuelles se produisent principalement comme conséquence d'erreurs dans le processus de duplication de l'ADN, alors le taux auquel une protéine donnée accumule des mutations serait constant par rapport au nombre de générations cellulaires.
Non, pas avec le temps. Avec le nombre de générations cellulaires. Si, cependant, le processus de mutations résulte d'une dégradation chimique aléatoire de l'ADN, alors le taux de mutation serait constant avec le temps absolu. Voici donc cette complication. Si la plupart des mutations se produisent lors de la réplication, vous ne vous attendriez pas à cette différence que nous observons dans le cytochrome c.
Si, pour une raison quelconque, les mutations se produisaient de manière constante dans le temps, eh bien, alors vous pourriez vous attendre à cela. Mais le problème est que nous ne connaissons aucune raison pour laquelle cela doit nécessairement être le cas, pourquoi les mutations doivent – devraient se produire de manière constante dans le temps.
Q. Existe-t-il un problème en plus de ce changement du taux générationnel ?
A. Oui, c'est une complication, mais il y en a une autre. Et c'est que cette soi-disant horloge moléculaire semble ticoter à des rythmes différents selon les protéines. Et ceci est une illustration à nouveau tirée du manuel de biochimie qui s'applique à ce point.
En bas, l'axe X, c'est le temps. Il s'agit de 200 millions, 400 millions, un milliard d'années, et ainsi de suite. Il s'agit du nombre de -- ou du pourcentage de différence de séquence d'acides aminés. Et l'idée est que, voici la ligne pour le cytochrome c.
Les organismes qui divergent il y a environ 200 millions d'années présentent ces nombreuses différences de séquence ; il y a environ 400 millions d'années, ils en présentent ces nombreuses autres, et ainsi de suite. Observez à quel point cela est propre et ordonné. Cependant, pour une autre protéine, l'hémoglobine, l'horloge moléculaire semble ticcer plus rapidement. Pour la même durée de temps, l'hémoglobine présente peut-être deux fois plus de mutations.
Une autre région d'une protéine appelée fibrinopeptidase semble accumuler des mutations extrêmement rapidement. Et une quatrième protéine, si vous regardez le bas du graphique, elle est difficile à voir, il s'agit de l'histone H4, qui accumule à peine des mutations du tout. Les organismes appartenant à des catégories très éloignées ont des histones H4 pratiquement identiques.
Pour résoudre ce problème, il a été postulé que cela pourrait concerner le nombre de résidus d'acides aminés dans une protéine qui sont critiques pour sa fonction. Peut-être que, dans certaines protéines, la plupart des résidus d'acides aminés ne peuvent pas être modifiés, car cela détruirait la fonction et détruirait l'organisme.
Et dans d'autres cas, peut-être que certains peuvent être modifiés, mais pas d'autres. Et donc vous pouvez modifier ceux-ci. Et peut-être que dans un autre groupe, presque tous peuvent être modifiés sans vraiment affecter la fonction. Et donc c'est une idée intéressante. Mais il y a aussi des difficultés avec cela car, selon ce modèle, vous prédiriez que si vous modifiez la séquence d'acides aminés de l'histone H4, cela devrait causer des problèmes pour un organisme, car tous ses, ou la plupart de ses, ou pratiquement tous ses acides aminés sont critiques pour la fonction. Mais expérimentalement, cela n'est pas soutenu, comme le montre la diapositive suivante.
Q. Est-ce que vous avez travaillé dans ce domaine avec l'histone H4 et l'horloge moléculaire ?
A. Oui, ouais. J'ai rédigé ce commentaire en 1990 dans une revue intitulée Trends in Biochemical Sciences, commentant le travail d'une autre personne qui a expérimentalement introduit un organisme appelé levure dans un laboratoire et a modifié son histone H4, coupant en fait un couple d'acides aminés au début de cette protéine.
Et lorsqu'il a observé, il semble que cela n'ait fait aucune différence pour l'organisme. L'organisme a grandi aussi bien sans ces mutations, ce qui est surprenant, ce que vous ne vous attendriez pas à voir si tous ces résidus étaient critiques pour la fonction de cette protéine, l'histone H4.
Plus tard, en 1996, mon étudiant Sema Agarwal et moi-même étions intéressés par ce problème de l'histone H4 et de l'horloge moléculaire, et nous avons donc expérimentalement modifié certains résidus d'acides aminés dans la protéine et les avons transformés en d'autres acides aminés, avec l'espérance que cela pourrait détruire la fonction de la protéine. Mais cela s'est avéré faux.
Ces positions, ces acides aminés pourraient être substitués sans problème, ce qui est inattendu et qui complique notre interprétation de l'hypothèse de l'horloge moléculaire. Il y a donc deux complications ; des complications sur des complications.
Premièrement, nous nous attendrions à ce que le nombre de mutations s'accumule avec le temps de génération, mais il semble s'accumuler, pour une raison inconnue, avec le temps absolu. Et deuxièmement, les protéines accumulent des mutations à des taux différents. Nous nous attendrions à ce que cela soit lié à leur vulnérabilité aux mutations, et les mutations pourraient détruire la fonction d'une protéine qui a évolué lentement, mais cela n'est pas soutenu expérimentalement.
Q. Ce problème a-t-il déjà été discuté dans la littérature scientifique ?
A. Oui, cela a été continuellement discuté depuis que l'idée de l'hypothèse de l'horloge moléculaire a été proposée pour la première fois au début des années 1960 par deux hommes nommés Emile Zuckerkandl et Linus Pauling. Et voici quelques articles qui traitent des difficultés de l'hypothèse de l'horloge moléculaire.
Voici un exemple récent, Gillooly et al., publié dans les Proceedings of the National Academy of Sciences, intitulé The Rate of DNA Evolution, Effects of Body Size and Temperature on the Molecular Clock. Dans cette publication, ils indiquent que, en effet, la taille d'un organisme et la température peuvent influencer la vitesse à laquelle ce chronomètre avance ou ralentit.
Francisco Ayala a écrit fréquemment sur ce sujet. Voici un article de 1997. Je dois préciser que Francisco Ayala est un biologiste évolutionniste très prominent. Il a écrit un article en 1997 intitulé Vagaries of the Molecular Clock. Et je pense que le titre transmet l'idée qu'il existe des questions concernant cette hypothèse.
Et en 1993, une chercheuse nommée Tomoka Ohta a publié un article dans les Proceedings of the National Academy of Sciences intitulé An Examination of the Generation-time Effect on Molecular Evolution, dans lequel elle examine précisément cette complication que le manuel Voet et Voet a soulignée, à savoir cet effet de la durée de la génération.
Sachez que, pourquoi les organismes qui se reproduisent plus rapidement ne devraient-ils pas accumuler plus de mutations. J'ai une autre diapositive issue d'un article plus récent. Cet article de Drummond et al. s'intitule Pourquoi les protéines très exprimées évoluent lentement. Et il fait référence à l'évolution des séquences dont j'ai été en train de discuter.
Il a été publié dans les Proceedings of the National Academy of Sciences, et il s'agit d'une version en ligne. C'est si récent que je ne pense pas qu'il soit encore paru en version imprimée. Le point que je souhaite faire avec ceci est que ces personnes traitent cette question comme une question actuellement d'actualité.
Ils commencent par dire qu'un problème central en évolution moléculaire est de comprendre pourquoi les protéines évoluent à des rythmes différents. C'est donc cette question que j'essayais d'illustrer avec l'histone H4 : pourquoi une protéine telle que celle-ci avance-t-elle plus vite, tandis qu'une autre avance plus lentement ? Cela reste — cela reste encore inconnu.
Et je pense que je vais passer sur le reste de cette diapositive et aller à la diapositive suivante pour simplement souligner quelques mots ici. Drummond et al. disent, De manière surprenante, le meilleur indicateur du taux d'évolution relatif d'une protéine est le niveau d'expression du gène codant.
Le seul point que je souhaite faire ressortir ici est qu'ils rapportent ce qui constitue une surprise, ce qui n'était pas attendu, ce qui n'était pas connu, vous savez, il y a 40 ans, et qui n'a été observé que relativement récemment. Et ils disent, citation : « Nous introduisons une hypothèse auparavant inexplorée », fin de citation.
Et le point que je souhaite souligner est que, dans cet article publié, vous savez, il y a quelques semaines, ils explorent de nouvelles hypothèses pour essayer de comprendre pourquoi les protéines ont les séquences qu'elles ont.
Q. Donc, pour résumer, cette séquence de protéine, le fait qu'elle soit équidistante d'un ancêtre commun, n'est pas ce que la théorie de l'évolution prédirait réellement ?
A. C'est exact. La théorie de l'évolution ne fait aucune prédiction ferme à ce sujet, tout comme elle ne fait aucune prédiction ferme sur la structure des embryons de vertébrés.
Q. Il s'agit d'un problème bien compris que les biologistes tentent actuellement de résoudre ?
A. Oui, au sein de la communauté des scientifiques qui travaillent sur ce sujet. Des personnes y travaillent depuis des décennies.
Q. Est-ce un problème dont un enseignant de biologie américain devrait être conscient ?
A. Oui, un enseignant de biologie américain devrait en être conscient, car un article sur ce même sujet a été publié dans le magazine, American Biology Teacher, il y a quelques années, qui est édité par la National Association of Biology Teachers.
Et l'article est intitulé Current Status of the Molecular Clock Hypothesis. Et l'une des premières parties – c'est une flèche rouge que j'ai ajoutée à la figure. L'une des premières sous-sections de l'article est intitulée How Valid is the Molecular Clock Hypothesis? Et si vous avancez à la diapositive suivante, laissez-moi simplement lire la dernière ligne du papier.
L'auteur dit que la validité d'une horloge moléculaire, sauf chez des espèces étroitement apparentées, reste encore controversée. Donc le point est que, extrapoler sur de grandes distances biologiques, comme des poissons à d'autres vertébrés, est controversé.
Peut-être des espèces similaires, des espèces de souris ou quelque chose de tel, d'accord. Mais lorsque vous essayez d'extrapoler davantage, le modèle est assez controversé.
Q. Comment Pandas aborde-t-il ensuite ce problème ?
A. Eh bien, j'ai ici la section de Pandas intitulée L'horloge moléculaire où ils discutent exactement de toutes ces choses. Ils discutent de l'horloge moléculaire, du modèle d'horloge moléculaire standard, du modèle naïf d'horloge moléculaire, puis ils discutent des complications qui y sont associées.
Laissez-moi simplement lire ce passage de Pandas sur l'horloge moléculaire. Ils écrivent, citation, Certains scientifiques ont suggéré que l'idée d'une horloge moléculaire résout le mystère. L'explication qu'ils avancent est qu'il existe un taux uniforme de mutation au fil du temps, de sorte que, tout naturellement, les espèces qui se sont séparées d'un ancêtre commun au même moment dans le passé auront maintenant le même degré de divergence dans leurs séquences moléculaires.
Cependant, cette explication présente quelques lacunes sérieuses. Premièrement, les taux de mutation sont censés être liés aux durées de génération, les taux de mutation pour diverses molécules étant les mêmes pour chaque génération.
Le problème survient lorsqu'on compare deux espèces d'un même taxon, disons deux mammifères, ayant des durées de génération très différentes. Les souris, par exemple, passent par quatre à cinq cycles reproducteurs par an. Le nombre de mutations serait donc nettement plus élevé que, disons, celui d'un éléphant.
Ainsi, elles ne devraient pas refléter des pourcentages de divergence de séquence similaires pour des protéines comparables. De plus, les taux de mutations diffèrent d'une protéine à l'autre, même au sein de la même espèce. Cela signifie que, pour que l'idée de l'horloge moléculaire soit correcte, il ne doit pas exister une seule horloge moléculaire, mais des milliers.
Alors, laissez-moi souligner ici que, dans cette section, Pandas décrit l'idée simple de l'horloge moléculaire qui a été proposée il y a 40 ans par Zuckerkandl et Pauling, puis parle des deux complications pour le modèle, qui sont des connaissances courantes et sont enseignées dans les textes de sciences de base qui traitent de cette question, le problème de la durée de génération et le fait que différentes protéines accumulent des mutations à des taux différents.
Et comme je l'ai démontré à partir de la littérature que je viens de citer, ces questions continuent d'être des sujets d'actualité au sein de la communauté scientifique.
Q. Dans cette section, vous avez lu à partir de l'horloge moléculaire des Pandas, qui se trouve à la page 39, est-ce correct ?
A. Oui, c'est exact.
Q. Encore, revenons à cette diapositive que le Dr Miller a présentée lors de son témoignage ?
A. Oui. Je voulais simplement revenir à cette diapositive où le Dr Miller dit -- encore une fois, je devrais préciser que, dans son témoignage, auquel j'ai assisté, il a, vous savez, dénoncé Pandas sur ce point. Et il dit -- sur sa diapositive, il dit, en fait, que les informations dont nous disposons confirment que chacun de ces organismes est équidistant d'un ancêtre commun, ce qui est la prédiction réelle de la théorie de l'évolution.
Et c'est tout simplement incorrect. Et à mon avis, Pandas traite des problèmes que le professeur Miller, traitant de vrais problèmes concrets que le professeur Miller ne montre aucun signe d'être conscient de. Donc je pense qu'un étudiant lisant cette section obtiendrait en réalité une meilleure appréciation de ce sujet que autrement.
Q. Dr. Behe, dans le témoignage du Dr. Miller, il a également critiqué un autre exemple trouvé dans Pandas qui comportait un message tel que, citation, « John aime Mary », écrit sur la plage, serait un signe certain d'intelligence.
Il affirmait que n'importe quel philosophe, n'importe quel logicien aurait repéré l'erreur logique, car nous savons qu'un humain a établi ce message, et probablement avec un bâton, car nous avons vu de telles choses se produire dans notre propre expérience. Êtes-vous d'accord avec ce raisonnement ?
A. Non, je ne suis pas d'accord avec le raisonnement du professeur Miller.
Q. Et si je peux juste dire, l'exemple que John aime Mary, et nous avons une diapositive, c'est sur la page 7 de Pandas, correct ?
A. Oui, c'est exact.
Q. Encore une fois, pourriez-vous expliquer pourquoi vous ne partagez pas ce raisonnement ?
A. Oui. L'inférence tirée de l'existence d'objets conçus dans notre monde d'expérience à la conclusion d'un dessein dans la vie est un exemple d'inférence inductive. Et je pense avoir expliqué précédemment que, dans une inférence inductive, on infère toujours à partir d'exemples de ce que nous connaissons vers des exemples de ce que nous ne connaissons pas.
La force de l'inférence dépend des similitudes entre, entre l'inférence et les propriétés pertinentes. Par exemple, dans l'hypothèse du Big Bang, les scientifiques ont extrapolé, ou utilisé un raisonnement inductif basé sur leurs connaissances des explosions de notre monde quotidien, telles que les feux d'artifice et les boulets de canon, et ainsi de suite.
Ils ont extrapolé de leur expérience que le mouvement des objets les uns par rapport aux autres témoignait d'une explosion. Ils ont extrapolé de notre expérience quotidienne commune à quelque chose que personne n'avait jamais vu auparavant, une idée entièrement nouvelle, à savoir que l'univers lui-même a commencé dans une sorte de gigantesque explosion.
Néanmoins, ils étaient convaincus que c'était une bonne idée car ils pensaient que la propriété pertinente, les parties s'éloignant rapidement les unes des autres, correspondait à ce que nous comprenons par une explosion. Et c'est ainsi que la science raisonne souvent.
De la même manière, l'arrangement intentionnel des parties dans notre expérience quotidienne évoque un dessein. Pandas a tout à fait raison : si nous voyions un tel message sur la plage, nous pourrions conclure qu'il a été conçu. Et William Paley a tout à fait raison : si nous tombions sur une montre dans un champ, nous conclurions qu'elle a été conçue, car dans chaque cas, il y a cette forte apparence de dessein due à l'arrangement intentionnel des parties.
À présent, nous avons découvert une organisation intentionnelle des parties dans une zone où nous ne l'attendions pas, au fondement même cellulaire et moléculaire de la vie, dans la cellule. La cellule n'était pas comprise à l'époque de Darwin. Et elle est beaucoup mieux comprise aujourd'hui. Et grâce aux nouvelles informations dont nous disposons, à nouveau, nous observons cette organisation intentionnelle des parties, et c'est -- par un raisonnement inductif, nous pouvons appliquer nos connaissances de ce que nous voyons dans notre monde quotidien à un domaine différent, un domaine complètement différent.
Et donc ce genre d'inférence a été effectué dans les sciences tout au long de l'histoire des sciences, et c'est une inférence tout à fait valide pour Pandas de faire.
Q. Maintenant, nous avons entendu certains témoignages tout au long de ce procès concernant un programme appelé SETI, S-E-T-I, un projet, je crois, qui signifie la recherche d'intelligence extraterrestre ?
A. Oui.
Q. Êtes-vous familier avec ce projet ?
A. Oui, je le suis.
Q. De quel projet s'agit-il ?
A. La recherche d'intelligence extraterrestre est un projet qui, pendant un certain temps, a été parrainé par le gouvernement fédéral. Il impliquait des scientifiques qui balayaient le ciel avec des détecteurs pour voir s'ils pouvaient détecter un signal électromagnétique qui pourrait indiquer une intelligence.
Q. Y a-t-il une comparaison avec ce projet à la discussion que vous avez eue ici avec John loves Mary sur la plage ?
A. Oui. Encore une fois, s'ils ont détecté quelque chose qui semblait avoir une organisation des parties intentionnelle, s'ils ont vu quelque chose qui témoignait d'un message, alors même que nous n'avons aucune expérience d'autres entités venues d'ailleurs sur Terre tentant de nous envoyer un message, nous pouvons néanmoins être confiants qu'un agent intelligent a conçu un tel message.
Et encore, chaque fois que nous voyons Jean — des choses comme « Jean aime Marie », nous pouvons être confiants à ce sujet. Et lorsque nous voyons l'arrangement intentionnel des parties dans la cellule, l'argument est que nous pouvons être confiants à ce sujet, que cela témoigne d'un dessein tout autant.
Q. Je souhaite ramener cette discussion à un niveau plus moléculaire et vous demander si de nouvelles informations génétiques peuvent être générées par des processus darwiniens. Je souhaite être plus précis et demander si de nouvelles informations génétiques peuvent être générées par des processus connus tels que la duplication de gènes et le brassage d'exons ?
A. Eh bien, c'est un sujet sur lequel vous devez faire très attention et apporter des distinctions.
Q. D'accord. Commençons par la duplication des gènes. Si vous pouviez expliquer ce que cela signifie dans le contexte de la génération de nouvelles informations génétiques ?
A. Bon, la duplication des gènes est un processus par lequel un segment d'ADN est copié deux fois ou dupliqué et répliqué de sorte qu'à la place d'un seul gène présent auparavant, une seconde copie du même gène exact est maintenant présente dans le génome d'un organisme. Ou parfois, des segments plus grands peuvent être dupliqués, de sorte que vous pouvez avoir plusieurs copies de plusieurs gènes.
Q. Voulez-vous dire que la duplication, comme la photocopie, consiste simplement à faire une autre copie du gène qui existait à l'origine ?
A. Oui, c'est un bon point. Il est important de prendre conscience que la duplication de gène signifie simplement que vous avez une copie de l'ancien gène. Vous n'avez rien fait de nouveau. Vous avez simplement pris le même gène et l'avez copié deux fois. Donc, cela ressemblerait à, comme, photocopier une page. Et maintenant vous avez deux pages, mais c'est juste une copie de la première, ce n'est pas quelque chose de fondamentalement nouveau.
Ce serait comme dire que l'exemple de Pandas ici, avec John qui aime Mary. Si vous marchiez encore cinq yards sur le sable ou quelque chose comme ça, et que vous tombiez sur un autre message disant que John aime Mary, eh bien, c'est intéressant, mais vous n'avez rien de fondamentalement nouveau.
Q. Peut-il y avoir des variations lors de la duplication de ces gènes ?
A. Eh bien, une fois qu'un gène s'est dupliqué, l'idée est que l'une des deux copies peut continuer à remplir la fonction que le gène unique assurait avant la duplication, tandis que l'autre sert de copie de rechange.
Il est maintenant disponible pour subir peut-être une mutation, et les mutations accumulent des changements, et peut-être la théorie darwinienne postule-t-elle. Peut-être peut-il aller jusqu'à développer de nouvelles propriétés.
Q. Cela génère-t-il de nouvelles informations ? Et si vous utilisiez l'exemple de John aime Mary pour aider à l'expliquer, peut-être ?
A. Bon, encore une fois, il faut faire attention. Personne ne conteste que la mutation aléatoire et la sélection naturelle puissent accomplir certaines choses, puissent apporter de petits changements dans des systèmes préexistants. Le débat porte sur le fait de savoir si cela explique les grands systèmes fonctionnels complexes.
Et pour quitter le monde des protéines pour un instant, pour examiner « John aime Mary », supposons que nous regardions la copie de rechange, et que la première copie continue à remplir la fonction de transmettre cette information. Eh bien, vous savez, supposons que vous changiez une lettre. Supposons que vous changiez le n final du mot John par une autre, une autre lettre, comme r. Cela ne formerait pas un nom dans la langue anglaise.
C'est donc une sorte d'analogie pour dire que vous pourriez perdre la fonction du message dans les termes. En termes de protéine, la protéine pourrait ne plus être fonctionnelle. Mais vous pourriez vous rapprocher. Vous pourriez obtenir des messages proches. Par exemple, si vous supprimez le r et le y de la fin de Mary, vous pourriez obtenir John loves Ma, ou quelque chose comme cela. Mais vous n'allez pas obtenir quelque chose de radicalement différent de cela.
Q. Donc vous travaillez avec la copie. La copie fonctionne avec les mêmes lettres, John aime Mary, ou une variation ou des suppressions de ce sous-ensemble ?
A. C'est exact. Une copie est une copie. C'est essentiellement la même chose. Et maintenant, le grand problème auquel les processus darwiniens sont confrontés est : que faites-vous ensuite ? Comment générez-vous une nouvelle fonction complexe ?
Q. Et cela avec la duplication de gènes dont nous venons de parler. Pourriez-vous expliquer un peu le brassage d'exons dans le contexte de la génération de nouvelles informations complexes ?
A. Oui, le brassage d'exons est un peu plus complexe. Il s'avère que le gène d'une protéine peut contenir des régions d'ADN qui codent effectivement pour des régions d'une protéine interrompues par des régions d'ADN qui ne codent pas pour des régions d'une protéine. Et les régions qui codent pour la partie de la protéine sont appelées exons.
Il s'avère maintenant que, dans les processus cellulaires, de même que pour la duplication de gènes et d'autres processus, on peut dupliquer des exons séparés et parfois les transférer à des endroits différents du génome et d'autres processus similaires. Mais pour le rendre plus compréhensible, nous pouvons revenir à l'analogie de « John aime Mary ».
Et dans ce sens, le brassage d'exons pourrait être attendu pour générer quelque chose comme, au lieu de « John aime Mary », peut-être « Mary aime John », ou « John Mary aime », ou quelque chose comme cela. Mais encore une fois, il s'agit d'un mélange de propriétés préexistantes, et nous ne générons pas quelque chose de fondamentalement nouveau.
Q. Donc, par exemple, vous ne pouvez pas générer le fait que Brad aime Jen par échange d'exons en utilisant votre exemple de plage ?
A. Non, j'espère que non.
Q. Ces concepts, en particulier la duplication des gènes et le brassage d'exons, ont-ils un impact sur le concept de complexité irréductible dont vous avez beaucoup parlé tout au long de votre témoignage ?
A. Oui. En fait, il y a un point important à reconnaître ici. Russell Doolittle connaissait parfaitement les processus de duplication des gènes et de réarrangement d'exons. Et en effet, dans la cascade de coagulation sanguine, de nombreuses protéines se ressemblent mutuellement, et elles sont souvent citées comme exemples de réarrangement d'exons.
Cependant, cette connaissance ne lui permettait pas d'expliquer comment le système de coagulation sanguine aurait pu apparaître. Encore une fois, il s'agit de comparaisons de séquences. Et de telles informations ne répondent tout simplement pas à la question de savoir si la mutation aléatoire et la sélection naturelle sont capables de construire de nouvelles structures biochimiques complexes.
De la même manière, les personnes qui étudient le système sécrétoire de type III et le flagelle bactérien savent tout sur la duplication de gènes et le brassage d'exons. Et pourtant, ces informations ne leur ont pas permis d'expliquer l'origine de l'une ou l'autre de ces structures.
Ces processus sont donc intéressants. Et les personnes convaincues par la théorie darwinienne incluent ces processus dans leur théorie, mais elles ne l'expliquent pas — elles n'expliquent pas d'où viennent les nouveaux systèmes complexes. Et c'est un exemple de quelqu'un qui adapte ces informations à une théorie existante plutôt que d'obtenir des informations qui soutiennent expérimentalement la théorie.
Q. Alors, la mutation aléatoire et la sélection naturelle peuvent-elles générer de nouvelles informations ?
A. Bon, encore une fois, c'est -- il faut faire attention. On peut apporter de petites modifications à des systèmes préexistants. Et c'est clairement le cas. On peut clairement le faire. Mais il n'y a eu aucune démonstration montrant que de tels processus peuvent donner naissance à de nouveaux systèmes complexes comme nous l'avons suggéré. Et il y a de nombreuses raisons de penser que ce serait extrêmement difficile de le faire.
Q. Avez-vous préparé quelques diapositives avec quelques – plusieurs citations qui illustrent ce point ?
A. Oui, je le fais. Le premier est un extrait d'un article de John Maynard Smith, dont j'ai parlé précédemment, datant de 1970 et intitulé Sélection naturelle et le concept d'un espace de protéines. Laissez-moi lire le premier extrait.
Citation, Il s'ensuit que si l'évolution par sélection naturelle doit se produire, les protéines fonctionnelles doivent former un réseau continu qui peut être traversé par des étapes mutationnelles unitaires sans passer par des intermédiaires non fonctionnels, fin de citation. Encore une fois, laissez-moi m'expliquer.
Si vous pouvez vous souvenir de la figure de deux protéines se liant l'une à l'autre que j'ai montrée dans -- je l'ai montré hier, il parle d'étapes mutationnelles unitaires en termes de l'une de ces interactions, peut-être une charge positive et une charge négative ou un groupe hydrophobe et un autre groupe hydrophobe.
Et donc, pour que deux protéines – ou des protéines – commencent à se transformer en quelque chose de nouveau et de différent, avec des propriétés différentes, chacune de ces modifications devrait être bénéfique, ou du moins ne pas causer de difficultés pour le problème. Et en réalité, voir comment cela pourrait se produire est extrêmement difficile.
Et continuons sur cette diapositive. Je suis désolé. Pourriez-vous revenir d'une diapositive ? Merci. La partie inférieure de la citation, il dit, citation, Une augmentation du nombre de gènes différents dans un seul organisme se produit vraisemblablement par la duplication d'un gène déjà existant suivie d'une divergence. Donc ici, il décrit en quelque sorte le scénario standard, qui est le scénario standard dans la pensée darwinienne, à savoir qu'il y a duplication de gène puis divergence de la séquence d'un gène, et cela donne une nouvelle protéine intéressante et complexe.
Mais remarquez que j'ai, bien sûr, souligné et mis en gras le mot « presumably ». Eh bien, « presumably », vous savez, est une présomption. Et cela peut être vrai, ou pas. Mais les présomptions ne constituent pas des preuves. Et donc, pour étayer cette idée, il faut plus que la présomption qu'elle se produise.
Q. Avez-vous une autre citation d'un texte scientifique ?
A. Oui, je le fais. Voici un extrait d'un article écrit par un homme nommé Alan Orr, qui est biologiste évolutionniste à l'Université de Rochester. Et encore, cela parle de la même considération, à savoir que vous devez pouvoir avoir un chemin qui, étape par étape minuscule, pourrait conduire d'une protéine fonctionnelle à une autre.
Il dit, citation, « Étant donné des taux de mutation réalistement faibles, les doubles mutants seront si rares que l'adaptation sera essentiellement contrainte à explorer et à substituer les voisins d'un seul pas mutationnel. Ainsi, si une séquence de double mutant est favorable, mais que tous les mutants d'un seul acide aminé sont délétères, l'adaptation ne procédera généralement pas. »
Encore une fois, cela illustre le fait que, si vous n'avez besoin de modifier qu'un tout petit pas, l'évolution darwinienne fonctionne parfaitement. Mais si vous devez modifier deux choses avant d'atteindre une fonction améliorée, la probabilité des processus darwiniens chute drastiquement.
Si vous avez besoin de trois choses, cela diminue, vous savez, encore plus dramatiquement. Et pourtant, comme je l'ai montré dans cette figure des protéines interagissantes, même pour que deux protéines s'attachent entre elles, plusieurs groupes sont impliqués.
Q. Avez-vous écrit sur quelque chose de similaire dans un article ?
A. Oui. L'article que j'ai publié avec David Snoke l'année dernière traite exactement de ce sujet. Il s'intitule Simulating Evidence by Gene Duplication of Protein Features that Require Multiple Amino Acid Residues.
Et dans cette étude théorique, nous avons montré que, encore une fois, si vous avez besoin d'un seul changement, c'est certainement réalisable. Si vous avez besoin de deux changements d'acides aminés avant d'obtenir une fonction sélectionnable, la probabilité de cela diminue considérablement. Trois ou plus, maintenant, vous êtes vraiment dans la gamme de l'improbabilité extrême. Donc, encore une fois, la duplication des gènes n'est pas la réponse à laquelle on la présente souvent.
Q. Pouvez-vous faire une analogie ici du tout à -- vous avez parlé de Maxwell et de la théorie de l'éther ?
A. Oui. Lorsque les darwiniens — adhésion à la théorie darwinienne — lorsqu'ils considèrent qu'il existe des gènes similaires chez différents organismes, et qu'ils en déduisent un processus de duplication génique, il s'agit simplement de leur cadre théorique, qui affirme que ce processus doit être important pour générer de nouvelles structures complexes.
Ceci n'a pas été démontré. Tout comme James Clerk Maxwell savait que la lumière était une onde et a déduit de sa théorie qu'il devait exister un éther, les darwinistes modernes déduisent de quelque chose que nous savons, l'existence de copies de gènes, un rôle non prouvé d'un tel processus dans la génération de systèmes biochimiques complexes.
Q. Maintenant, le Dr Miller dit que Pandas rejette nécessairement la descendance commune, et pointe vers une figure – je crois qu'il s'agit de la figure 4.4 à la page 99 – montrant des lignes séparées représentant des catégories d'animaux plutôt qu'un arbre ramifié. Estimez-vous que cela exclut la descendance commune ?
A. Non, je ne le fais pas. Et voici un graphique que j'ai inventé dans le coin supérieur droit. C'est la figure 4.4 de Pandas, qui est le graphique que le professeur Miller a montré, qui montre des lignes droites au lieu d'un arbre ramifié, qui est la représentation traditionnelle de la façon dont -- du registre fossile.
Néanmoins, ici je considère cela comme une simple tentative de décrire les données sans cadre théorique, sans les lignes ramifiées entre elles. Il faut réaliser que ces lignes n'apparaissent pas dans le registre fossile. Ce sont des constructions théoriques.
Et la manière dont on regroupe les choses relève de la construction théorique plutôt que des données elles-mêmes. Je voyais cela comme Pandas essayant de décrire les données sans le cadre de la théorie existante. Et je pourrais ajouter que, il s'agit de la figure 4.4. Et plus tôt, quelques pages plus tôt, Pandas décrit l'interprétation traditionnelle du registre fossile en termes d'arbre à branches.
Et dans cette section, les sections 96 à 100, Pandas décrit le sens des lacunes dans le registre fossile, présente le diagramme d'arbre traditionnel pour le registre fossile, puis pointe vers des déclarations de biologistes indiquant qu'il semble y avoir des difficultés avec ce type de représentation, et aborde ensuite quelles interprétations, quelles idées ont été proposées pour tenter d'expliquer la forme du registre fossile.
Pandas écrit, Plusieurs interprétations ont été proposées pour résoudre ce problème. À savoir, que l'arbre de la vie ne semble pas aussi continu qu'on pourrait s'y attendre. Numéro 1, ils disent, registre imparfait. À savoir, peut-être que tous les organismes n'ont pas laissé de spécimens fossilisés représentatifs. Numéro 2, recherche incomplète. Et cela signifie, peut-être que nous n'avons tout simplement pas cherché aux bons endroits ou cherché dans tous les endroits de la Terre, et peut-être que lorsque nous le ferons, alors nous trouverons ce que nous attendons de trouver.
Numéro 3, ce qu'ils appellent processus saccadé, ou qui a été appelé équilibre ponctué, qui était une idée avancée par Steven J. Gould et Niles Eldredge dans les années 1970, selon laquelle le mode ou le tempo de l'évolution est celui où une espèce ou une branche de la vie reste pratiquement constante pendant une longue période, puis, dans une période relativement courte, de grands changements se produisent.
Et puis, quatrième, ils disent, bon, peut-être — ils suggèrent quelque chose appelé l'apparition soudaine ou l'interprétation de la valeur faciale, disant que, bon, peut-être si nous voyons l'apparition soudaine d'une caractéristique ou d'un organisme dans le registre fossile, alors cela, en fait, pourrait être ce qui s'est passé.
Néanmoins, comme je le dis, ils discutent de toutes ces possibilités, y compris l'interprétation standard. Et à la fin de la section, ils écrivent que les scientifiques ne devraient pas accepter l'interprétation à la valeur faciale du registre fossile sans également explorer les autres possibilités, et même dans ce cas, uniquement si les preuves continuent de la soutenir.
Ainsi, en lisant ceci, Pandas indique aux élèves qu'ils doivent suivre les données là où elles les mènent. Et si les données mènent de ce modèle à un autre modèle, ou de ce modèle à un second modèle, alors une attitude scientifique face au problème consiste à suivre les données, là où elles vont.
Q. Docteur Behe, le dessein intelligent exclut-il nécessairement la descendance commune ?
A. Non, cela ne le fait certainement pas.
Q. Maintenant, nous avons entendu le témoignage de plusieurs témoins affirmant que la théorie de l'évolution n'est pas différente, par exemple, de la théorie des germes des maladies, donc il n'y a aucune raison de lui accorder une attention particulière. Êtes-vous d'accord avec cela ?
A. Non, je ne suis pas d'accord.
Q. Et pourquoi ?
A. Bon, à bien des égards, la théorie de l'évolution est unique. Il m'est arrivé de constater que les étudiants ont de nombreuses idées fausses concernant cette théorie. Ils confondent les faits avec les interprétations théoriques. Ils ne font pas de distinctions entre les composantes de la théorie de l'évolution.
Et peut-être, de manière la plus frappante, un certain nombre de personnes ont formulé des affirmations extra-scientifiques très fortes concernant les implications de la théorie de l'évolution.
Q. Je souhaite maintenant revenir à quelque chose que vous avez dit concernant votre expérience avec des étudiants. Vous avez témoigné que vous enseignez un cours intitulé « Arguments populaires sur l'évolution », est-ce correct ?
A. Oui, c'est exact.
Q. Et vous enseignez cela depuis 12 ans ?
A. En gros, oui.
Q. Y a-t-il maintenant des idées fausses courantes que vous pouvez citer concernant la théorie de l'évolution, que vous rencontrez chez vos étudiants lors des cours ?
A. Oui. Selon mon expérience, un certain nombre d'étudiants arrivent en pensant que, en fait, l'évolution est complètement vraie ; c'est-à-dire qu'ils ne font pas de distinction entre fait et théorie, ils ne pensent pas qu'elle sera réfutée, ou ils ne pensent pas qu'il existe une possibilité qu'elle soit réfutée.
Ils confondent également divers composants de la théorie de l'évolution. Par exemple, vous pouvez demander à un étudiant, vous savez, pourquoi il pense que l'évolution darwinienne est correcte ? Et il dira, vous savez, parce que, vous savez, à cause des dinosaures. Et il confond le changement au cours du temps avec la question de la sélection naturelle. Et il supposera que l'existence d'animaux dans le passé signifie nécessairement que les animaux du présent en sont dérivés par mutation aléatoire et sélection naturelle.
Très souvent, les étudiants pensent également que des problèmes totalement non résolus, tels que l'origine de la vie, ont en fait été résolus par la science. J'ai eu des étudiants me dire que, oh, c'est vrai, bien sûr, que la science a montré des gènes étant produits dans des expériences sur l'origine de la vie. Ainsi, selon mon expérience, les étudiants apportent de nombreuses idées fausses à ce sujet.
Q. L'une des premières choses que vous avez indiquées est qu'ils croient que la théorie de l'évolution de Darwin est un fait plutôt qu'une théorie scientifique ?
A. C'est exact.
Q. Le dessein intelligent cherche-t-il à répondre à certaines de ces idées fausses ?
A. Oui. Oui, c'est le cas. L'une des façons est -- l'une des façons d'aborder le problème des étudiants qui ne comprennent pas la distinction entre fait et théorie est d'avoir au moins un cadre théorique supplémentaire dans lequel traiter les faits.
Si un étudiant ne possède qu'une seule théorie et un ensemble de faits à considérer, il est extrêmement difficile de distinguer ce qui est théorie et ce qui est fait. Les petites lignes reliant divers points sur, disons, une comparaison de séquences de protéines sont de la théorie, mais les étudiants peuvent souvent les confondre, les prendre pour des faits.
Q. Pensez-vous que ces étudiants seraient mieux préparés s'ils avaient appris que la théorie de l'évolution de Darwin n'était pas un fait et que des lacunes et des problèmes existaient au sein de cette théorie ?
A. Oui, je le fais certainement. Ils comprendraient que, en fait, si vous examinez les données sous plusieurs angles, ils distingueront plus facilement les données de l'interprétation ou de la théorie. Et s'ils sont conscients qu'il existe des problèmes dans une théorie, alors peut-être n'attendront-ils pas – ils ne confondront pas, encore une fois, cela avec un fait, ils comprendront qu'il existe certains problèmes qui restent non résolus.
Q. Vous avez déjà fait allusion précédemment dans votre réponse à ma question à l'existence d'affirmations concernant la théorie qui dépassent la biologie, est-ce vrai ?
A. Oui, c'est bien sûr vrai.
Q. Et avez-vous des diapositives pour démontrer certains de ces exemples ?
A. Oui, j'ai quelques diapositives, quatre diapositives environ – qui pointent vers cela. Par exemple, dans le manuel de lycée Biology, écrit par le professeur Kenneth Miller et son co-auteur, Joseph Levine, il s'agit de la version de 1995, je pense, la troisième édition, dans une section intitulée The Significance of Evolutionary Theory, les auteurs écrivent, citation, L'influence de la pensée évolutionniste s'étend bien au-delà de la biologie. Le philosophe J. Collins a écrit que, citation, il n'existe aucune science vivante, aucune attitude humaine ou aucun pouvoir institutionnel qui reste inexistant par les idées libérées par le travail de Darwin, fin de citation.
Dans un autre exemple des implications, les implications profondes au-delà de la biologie que certaines personnes voient pour la théorie de Darwin, il y a une section dans son livre, Finding Darwin's God, A Scientist's Search for Common Ground Between God and Evolution, où le Dr Miller écrit que, citation, Dieu a fait que le monde d'aujourd'hui soit contingent sur les événements du passé. Il a fait que nos choix comptent, nos actions soient réelles, nos vies importantes. Dans l'analyse finale, Il a utilisé l'évolution comme outil pour nous libérer.
Voici donc une théorie scientifique qui est utilisée pour soutenir l'idée que nous sommes libres, nous sommes libres, dans un sens apparemment métaphysique, en raison du travail de Darwin. Dans un autre exemple -- c'est juste que -- par exemple, l'expert, le professeur John Hauck, le théologien de l'Université de Georgetown, a écrit plusieurs livres, dont Dieu après Darwin, une théologie de l'évolution.
Un autre exemple, chez le biologiste évolutionniste, Richard Dawkins, dans son livre, The Blind Watchmaker, écrit : Darwin a rendu possible d'être un athée intellectuellement épanoui.
Si je pouvais avoir la diapositive suivante. Merci. Le philosophe darwinien, Daniel Dennett, qui est à l'université Tufts, a décrit le darwinisme comme un acide universel qui détruit nos croyances les plus chères. Et il dit, citation, l'idée de Darwin était née comme une réponse à des questions en biologie, mais elle menaçait de fuir, offrant des réponses, bienvenues ou non, à des questions en cosmologie, dans un sens, et en psychologie, dans l'autre sens.
Si la cause du dessein en biologie pouvait être un processus d'évolution inconscient et algorithmique, pourquoi ce processus entier ne pourrait-il pas être lui-même le produit intégral de l'évolution, et ainsi de suite, jusqu'au bout ? Et si l'évolution inconsciente pouvait expliquer les artefacts d'une intelligence époustouflante de la biosphère, comment les produits de nos propres réels, « citons, ne citons pas », esprits pourraient-ils être exemptés d'une explication évolutionniste ? L'idée de Darwin menaçait ainsi également de s'étendre jusqu'au sommet, dissolvant l'illusion de notre propre paternité, notre étincelle divine de créativité et de compréhension.
Encore une fois, le professeur Dennett voit des implications pour la théorie de Darwin qui sont profondes et qui s'étendent bien au-delà de la biologie. Un autre philosophe nommé Alex Rosenberg, qui est à l'université Duke, a publié un article il y a quelques années dans la revue Biology and Philosophy qui, selon lui, « Personne n'a exprimé la puissance destructive de la théorie darwinienne plus efficacement que Daniel Dennett ». D'autres ont reconnu que la théorie de l'évolution nous offre un acide universel, mais Dennett, bénie soit son âme, a inventé le terme.
En résumé, c'est-à-dire l'idée de Darwin, a transformé les darwiniens en nihilistes métaphysiques niant qu'il y ait un sens ou un but à l'univers, fin de citation. Ainsi, encore une fois, de nombreux philosophes, de nombreux scientifiques et ainsi de suite, voient des implications très, très profondes dans la théorie de Darwin.
Deux autres citations sur cette dernière diapositive sur ce sujet. Larry Arnhart est professeur de science politique à l'Université d'Illinois du Nord. Il a écrit un livre intitulé Darwinian Natural Right, The Biological Ethics of Human Nature. Et dans celui-ci, il écrit -- et dans celui-ci, il écrit ce qui suit, à savoir que, citation, la biologie darwinienne soutient la pensée sociale conservatrice en montrant comment la capacité humaine à l'ordre spontané émerge des instincts sociaux et d'un sens moral modelé par la sélection naturelle dans l'histoire évolutive humaine.
Donc, laissez-moi souligner qu'il voit des implications politiques de la théorie de Darwin. Et le même — et un philosophe de l'Université de Princeton nommé Peter Singer a écrit un livre intitulé A Darwinian Left, Politics, Evolution, and Cooperation. Et dans celui-ci, il écrit que nous devrions essayer d'intégrer une éthique darwinienne de la coopération dans notre pensée politique.
L'essentiel du livre du professeur Singer est que les idées darwiniennes soutiennent une perspective politique libérale. Et il argumente en faveur de cela. Donc, encore une fois, toutes ces personnes voient des implications profondes pour la théorie de Darwin bien au-delà de la biologie.
Q. Ce sont des affirmations non scientifiques, n'est-ce pas ?
A. Oui, c'est correct.
Q. Avez-vous rencontré des affirmations similaires concernant, par exemple, la théorie des germes des maladies ?
A. Je n'ai jamais vu la théorie des germes des maladies être argumentée pour dire comment nous devons mener notre vie politique.
Q. Et la théorie atomique ?
A. Je n'ai jamais vu la théorie atomique utilisée dans un tel sens profond non plus. Mon point est donc que, il est parfaitement rationnel de traiter une théorie scientifique, pour laquelle tant de personnes ont affirmé de telles implications profondes, de manière différente des autres théories scientifiques pour lesquelles de telles implications à portée mondiale n'ont pas été affirmées.
Cela pourrait être très important, et je pense qu'un district scolaire serait tout à fait justifié à affirmer que, puisque cette théorie particulière semble dépasser largement son domaine de compétence, nous devrions faire preuve d'une particulière diligence dans l'explication à nos élèves de ce que sont exactement les données pour cette théorie, quelle est exactement la différence entre théorie et fait, et quelle est exactement la différence entre théorie et interprétation. Et donc je pense qu'une telle action serait justifiée.
Q. Monsieur, je souhaite vous poser quelques questions sur le créationnisme tel qu'il se rapporte au dessein intelligent. Tout d'abord, permettez-moi de vous demander : le créationnisme a-t-il un sens populaire ou existe-t-il une compréhension populaire de ce terme ?
A. Bon, encore une fois, il faut faire attention, car beaucoup de mots dans ces discussions peuvent avoir plusieurs sens. Et si vous n'êtes pas très prudent avec vos définitions, vous risquez facilement de vous embrouiller.
Le créationnisme -- le terme créationniste a parfois été utilisé, comme l'a fait John Maddox, l'éditeur de Nature, simplement pour désigner quelqu'un qui pense que la nature a été initiée par un acte surnaturel, par Dieu, et que les lois de la nature ont peut-être été créées par Dieu, et se sont développées à partir de là en tout cas.
Q. Cela serait similaire à la vision du Dr Miller concernant l'évolution qu'il a exprimée dans son livre Finding Darwin's God ?
A. Oui, cela semble cohérent avec ce qu'il a écrit. Cependant, dans l'usage courant, le créationnisme signifie -- le créationniste désigne quelqu'un qui adhère à l'interprétation littérale des premiers livres -- ou des premiers chapitres du Livre de la Genèse dans la Bible, quelqu'un qui pense que la Terre est relativement jeune, de l'ordre de, disons, 10 000 ans, que les grands groupes de plantes, d'animaux et d'organismes ont été créés ex nihilo par des actes surnaturels d'un être surnaturel, Dieu, qu'il y a eu un grand déluge mondial qui est responsable des principales caractéristiques de la géologie, et ainsi de suite.
Q. Maintenant, nous avons entendu différents termes : créationnisme de la Terre jeune, créationnisme de la Terre ancienne et créationnisme spécial. Et vous êtes familier avec ces termes, c'est correct ?
A. Oui, c'est exact.
Q. Le dessein intelligent est-il un créationnisme, que vous l'appeliez créationnisme de la Terre jeune, créationnisme de la Terre ancienne, ou créationnisme spécial ?
A. Non, ce n'est pas le cas.
Q. Et pourquoi pas ?
A. Création -- le créationnisme est un concept théologique, mais le dessein intelligent est une théorie scientifique qui repose exclusivement sur les preuves observables, physiques et empiriques de la nature, ainsi que sur des inférences logiques. C'est une idée scientifique.
Q. S'agit-il du créationnisme de la Terre jeune ?
A. Non, ce n'est pas le créationnisme de la création spéciale.
Q. Encore une fois, pourquoi pas ?
A. Encore, pour la même raison. La création est un concept théologique et religieux. Et le dessein intelligent est une idée scientifique, qui repose exclusivement sur les preuves physiques et observables, ainsi que sur des processus logiques.
Q. Le Dr Miller a fait une affirmation selon laquelle si le flagelle bactérien, par exemple, a été conçu, alors il a dû être créé, et est, par conséquent, du créationnisme. Est-ce exact ?
A. Non, c'est inexact. La raison en est que — encore une fois, la création est un concept théologique. C'est un concept religieux. Mais le dessein intelligent est un concept entièrement scientifique qui se soutient en pointant vers des faits observables, physiques, empiriques concernant le monde, la vie, et tire des inférences logiques de ceux-ci.
Q. Le dessein intelligent exige-t-il, par exemple, que le flagelle bactérien apparaisse instantanément à partir de rien ?
A. Non, ce n'est pas le cas.
Q. Pourquoi pas ?
A. Parce que le dessein intelligent se concentre exclusivement sur la déduction du dessein à partir de l'arrangement intentionnel des parties. Et il ne dit rien directement sur la manière dont le dessein a été réalisé, qu'il ait été fait rapidement, lentement, ou de quelque autre manière. Donc, il n'a rien à dire à ce sujet.
Q. Le flagelle bactérien aurait-il pu être conçu au fil du temps ?
A. Oui, c'est possible.
Q. Le dessein intelligent nécessite-t-il une création ex nihilo ?
A. Non, ce n'est pas le cas.
Q. Pourquoi pas ?
A. Car encore une fois, le terme de création ex nihilo est un concept théologique, un concept religieux. Et le dessein intelligent est une idée scientifique qui repose sur des faits observables concernant la nature, ainsi que sur des inférences logiques.
Q. Y a-t-il, encore une fois, une analogie que vous pouvez faire ici avec la théorie du Big Bang ?
A. Oui. Oui, il y en a. Encore une fois, de nombreuses personnes, y compris de nombreux scientifiques, ont vu dans la théorie du Big Bang quelque chose qui avait des implications théologiques, peut-être que ce Big Bang était une création ex nihilo par un être surnaturel. Et beaucoup de personnes qui ont vu cela n'ont pas aimé cela. Néanmoins, la théorie du Big Bang elle-même est une théorie entièrement scientifique car elle repose sur des observations, des observations physiques, des observations empiriques sur la nature, et tire des conclusions de ces observations en utilisant des processus logiques.
Q. Le dessein intelligent est-il une croyance religieuse ?
A. Non, ce n'est pas le cas.
Q. Pourquoi pas ?
A. Le dessein intelligent ne nécessite aucun principe d'aucune religion particulière, ni d'aucune religion générale. Il ne repose pas sur des textes religieux. Il ne repose pas sur des messages de chefs religieux ou sur toute chose similaire. La préoccupation exclusive du dessein intelligent est d'examiner les données empiriques et observables de la nature et de raisonner à partir de celles-ci en utilisant des processus logiques.
Q. Certains affirment maintenant que le dessein intelligent promeut une croyance religieuse, qu'il est intrinsèquement religieux et non scientifique. Êtes-vous d'accord ?
A. Non. Encore une fois, pas plus que la théorie du Big Bang n'est intrinsèquement religieuse. Bien que la théorie du Big Bang et le dessein intelligent puissent être interprétés par certaines personnes comme ayant des implications théologiques ou philosophiques, les deux reposent sur des preuves observées, des preuves empiriques et un raisonnement logique.
Ni le Big Bang ni le dessein intelligent ne reposent sur aucun dogme religieux, ne font référence à aucun livre religieux, ni à quelque chose de tel.
Q. Les créationnistes, au sens où les Plaignants et, je crois, leurs experts les utilisent dans cette affaire, ont-ils besoin de preuves physiques pour tirer leurs conclusions ?
A. Non. En fait, il est intéressant de constater qu'on peut être créationniste sans aucune preuve physique. On peut s'appuyer — un créationniste peut s'appuyer pour sa croyance en la création sur, par exemple, un texte religieux ou une révélation religieuse privée ou une autre source non scientifique.
Ainsi, un créationniste n'a pas besoin de preuves physiques de ce type, par exemple, celles que Richard Dawkins observe dans la vie et qui le conduisent à penser que la vie a l'apparence forte d'un dessein, ou de celles que David DeRosier observe dans le flagelle bactérien. Un créationniste peut croire en la création sans aucune telle preuve physique.
Q. Est-ce différent d'un partisan du dessein intelligent ?
A. Oui, cela diffère de manière très marquée, à 180 degrés, du dessein intelligent. Le dessein intelligent se concentre exclusivement sur les preuves physiques. Il repose totalement sur des observations empiriques concernant la nature. Il ne repose sur aucun texte religieux. Il ne repose sur aucune autre information religieuse de ce type. Il repose exclusivement sur les preuves physiques concernant la nature et sur des inférences logiques.
Q. Les conclusions ou les explications du dessein intelligent sont-elles basées sur un engagement religieux, théologique ou philosophique ?
A. Non, ce n'est pas le cas.
Q. Encore une fois, pouvez-vous établir des comparaisons entre le dessein intelligent et la théorie du Big Bang à cet égard ?
A. Oui. Encore une fois, la théorie du Big Bang et le dessein intelligent peuvent avoir des implications philosophiques ou théologiques aux yeux de certaines personnes, mais encore une fois, les deux sont des théories scientifiques. Les deux reposent sur des observations de la nature. Les deux tirent des conclusions raisonnées de ces observations sur la nature.
Q. Le dessein intelligent nécessite-t-il l'adhésion à la lecture littérale du Livre de la Genèse ?
A. Non, ce n'est pas le cas.
Q. Le dessein intelligent nécessite-t-il l'adhésion à la croyance selon laquelle la Terre n'a pas plus de 6 à 10 000 ans ?
A. Non, ce n'est pas le cas.
Q. Le dessein intelligent nécessite-t-il l'adhésion au point de vue de la géologie du déluge, qui est avancé par les créationnistes ?
A. Non, ce n'est pas le cas.
Q. Le dessein intelligent nécessite-t-il l'action d'un créateur surnaturel agissant en dehors des lois de la nature ?
A. Non, ce n'est pas le cas.
Q. Pourriez-vous expliquer ?
A. Oui. En faisant une nouvelle analogie avec la théorie du Big Bang, la théorie du Big Bang est une théorie avancée simplement pour expliquer les observations que nous avons de la nature, et elle le fait en effectuant des observations et en tirant des inférences. Elle ne postule aucun acte surnaturel pour expliquer le Big Bang. Elle laisse cet événement inexpliqué.
Peut-être que dans le futur, la science trouvera une explication pour cet événement. Peut-être que non. Mais en tout cas, le Big Bang est une théorie complètement scientifique. Encore une fois, le dessein intelligent est une théorie scientifique qui part des données -- les données physiques et observables de la nature, et tire des conclusions raisonnées de celles-ci et conclut au dessein intelligent.
Les informations scientifiques ne disent pas quelle est la cause du dessein. Elles ne le diront peut-être jamais. Néanmoins, elles restent la meilleure explication scientifique pour les données dont nous disposons.
Q. La science peut-elle alors identifier la source du dessein à ce stade ?
A. Non, pas à ce stade.
Q. Le dessein intelligent exclut-il une explication naturelle pour le dessein trouvé dans la nature ?
A. Non, cela ne l'exclut pas.
Q. Pourriez-vous expliquer ?
A. Oui. Encore une fois, en revenant à la théorie du Big Bang, la théorie du Big Bang a été proposée et la cause du Big Bang était totalement inconnue. Elle l'est toujours totalement. Mais néanmoins, la théorie du Big Bang est une théorie scientifique.
La théorie du Big Bang ne postule pas que le Big Bang ait été un acte surnaturel. Bien que, vous savez, elle ne propose simplement aucune explication du tout. De la même manière, le dessein intelligent est une théorie scientifique avancée pour offrir – avancée pour expliquer les faits physiques et observables de la nature.
Il ne peut pas expliquer la source du dessein et le laisse simplement comme une question ouverte.
Q. Nous avons entendu des témoignages sur le naturalisme méthodologique. Êtes-vous familier avec ce terme ?
A. Oui, je le suis.
Q. Je crois que vous avez indiqué dans votre témoignage que vous pensiez que cela entrave ou même limite le dessein intelligent, est-ce correct ?
A. Oui, c'est exact.
Q. Comment cela fonctionne-t-il ?
A. Eh bien, toute contrainte sur la conclusion à laquelle la science peut aboutir entrave toute la science. La science devrait être un combat ouvert, sans entraves, pour obtenir la vérité sur la nature. Dès que vous commencez à imposer des contraintes à la science, la science souffre.
Hier, j'ai discuté d'un homme nommé Walter Nernst qui affirmait que l'atemporalité de la nature, l'infini du temps était une contrainte nécessaire pour une théorie scientifique. La science devait fonctionner dans ce cadre. S'il avait prévalu, le progrès, le vrai progrès scientifique, aurait été sévèrement limité.
Une autre raison pour laquelle le naturalisme méthodologique peut constituer une contrainte pour la science est que les gens ne pensent pas toujours de manière séparée – ils ne distinguent pas nettement les catégories dans leur propre esprit. Par exemple, j'ai montré – j'ai montré la citation de John Maddox, l'éditeur de Nature, qui a trouvé la théorie du Big Bang philosophiquement inacceptable et a été réticent à l'embrasser en raison de cela.
Il y a eu d'autres scientifiques dans le passé, dont un nommé Fred Hoyle, qui a rejeté la théorie du Big Bang parce qu'il n'aimait pas ses implications non scientifiques, extra-scientifiques. Donc, dans la mesure où les gens confondent une théorie scientifique avec des implications extra-scientifiques que certains pourraient en tirer, cela pourrait – cela pourrait être une contrainte pour la théorie.
Q. Malgré ces contraintes, le dessein intelligent s'insère-t-il toujours dans le cadre du naturalisme méthodologique ?
A. Oui. Malgré les contraintes, c'est bien le cas, tout comme la théorie du Big Bang.
Q. Maintenant, nous avons entendu certains témoignages sur des extraterrestres et des biologistes voyageant dans le temps. Et je crois que vous avez fait une référence similaire à cela dans votre livre, La Boîte noire de Darwin, est-ce correct ?
A. Oui.
Q. Et pourquoi cela ?
A. Bon, c'était, vous savez, une tentative à la blague pour montrer aux gens que, vous savez, le dessein intelligent n'exclut pas les explications naturelles, bien que certaines, vous savez, explications que nous pourrions inventer en agitant les mains maintenant puissent sembler peu plausibles à beaucoup de gens, elles ne sont pas, vous savez, totalement illogiques.
Et il était en quelque sorte un moyen de faire passer le temps de dire que peut-être une explication nous viendra à l'esprit ou sera trouvée à l'avenir, qui sera, en fait, complètement naturelle.
Q. Or, la revendication concernant les extraterrestres semble en particulier heurter l'oreille d'un profane. Mais s'agit-il d'une revendication avancée par un scientifique notable pour expliquer les phénomènes naturels ?
A. Oui, c'est exact. Étonnamment, en 1973, un homme nommé Francis Crick, le célèbre lauréat du prix Nobel qui a découvert la forme en double hélice de l'ADN avec James Watson, a publié, avec un co-auteur nommé Leslie Orgel, un article intitulé Directed Panspermia, paru dans la revue scientifique Icarus.
Et l'essentiel du papier était que les problèmes liés à l'idée d'une origine non intelligente de la vie sur Terre étaient si graves que nous devrions peut-être envisager la possibilité que des extraterrestres, dans un lointain passé, aient envoyé une fusée vers la Terre remplie de spores pour semer la vie sur la Terre primitive.
Q. Cette affirmation a été avancée par un lauréat du prix Nobel ?
A. Oui, Francis Crick.
Q. Et l'article dans lequel apparaissent ses arguments, s'agissait-il d'une revue scientifique à comité de lecture ?
A. Oui, la revue Icarus.
Q. Cette explication était-elle, pour ainsi dire, une plaisanterie au nom de Francis Crick ?
A. Non, ce n'était pas le cas. Il en a parlé pour la première fois dans cet article de 1973, et il a répété la même affirmation dans un livre qu'il a publié en 1988 et dans des interviews qu'il a données par la suite. Et d'après ce que je comprends, il pensait encore que c'était une idée raisonnable jusqu'à sa mort récente.
Q. Monsieur, je vous prie de bien vouloir porter votre attention sur le classeur d'expositions que je vous ai fourni, et si vous pouviez vous rendre à l'onglet 14. Il y a une exposition marquée comme Pièce à l'appui des Défenseurs 203-E, en écho. S'agit-il de l'article de Francis Crick dont vous avez témoigné ?
A. Oui, il s'agit de l'article de Francis Crick sur la panspermie dirigée.
Q. La recherche de l'intelligence est-elle une exploration scientifique ?
A. Oui, c'est le cas.
Q. Encore, avez-vous des exemples que nous pourrions citer ?
A. Bon, un bon exemple est celui que j'ai mentionné plus tôt, à savoir ce projet appelé le projet SETI, S-E-T-I, qui signifie recherche d'intelligence extraterrestre, où les scientifiques utilisent des instruments pour scanner l'espace dans l'espoir de trouver des transmissions ou certains signaux qui auraient pu être envoyés par des sources extraterrestres.
Et ils sont confiants qu'ils pourront distinguer ces signaux du bruit de fond, du rayonnement de fond, des phénomènes électromagnétiques de l'espace.
Q. Encore une fois, c'est une exploration scientifique ?
A. Oui, plusieurs scientifiques sont impliqués dans cela.
M. MUISE : Votre Honneur, je suis juste -- avez-vous l'intention d'aller jusqu'à 12 h 30 ?
LA COUR : Je pensais plutôt à 12 h 15, sauf si vous pensez que c'est un point de pause approprié. Votre décision.
M. MUISE : J'ai bien plus de 15 minutes. Cette prochaine section pourrait être divisée en deux parties de 15 minutes, donc ma préférence serait de prendre la pause déjeuner et de revenir ensuite pour terminer la partie directe lors de la première session après le déjeuner.
LA COUR : D'accord. Nous reprendrons donc à, disons, 13 h 25, cet après-midi, après une pause déjeuner appropriée, et nous reprendrons votre prochain sujet sur le direct à ce moment-là. Nous serons en récréation.