Resumo: A ciência deve assumir que tudo pode ser investigado empiricamente, mas isso não força o abandono do sobrenatural, para aqueles que o desejam.
Na filosofia, o 'naturalismo' é a visão de que uma explicação é justificada apenas na medida em que se baseia em evidências de natureza empírica. Ele tem sido muito ativo na filosofia da mente e na filosofia moral, e recentemente como uma ferramenta para a 'hegemonia conceitual' da ciência em oposição às visões de alguns sociólogos e historiadores da ciência que relativizariam as visões de mundo [Rosenberg 1994]. No debate entre criacionismo e evolução, tende a significar outra coisa - a visão de que as explicações não devem levar em conta o sobrenatural ou o espiritual. Estes dois sentidos se sobrepõem em certa medida (porque evidências do sobrenatural não são empíricas, mas revelatórias).
Observe, contudo, que o segundo sentido é uma visão sobre o que existe, enquanto o primeiro é uma visão sobre o que pode ser conhecido na ciência. Se houver um reino espiritual que não esteja aberto à observação, então a ciência não pode usá-lo na explicação, pois a ciência trata de explicar coisas que são observadas.
Se a ciência não pode ser usada para explicar coisas em termos do que não pode ver e testar, isso não exclui outras disciplinas usando explicações não-naturais (como a teologia). Significa apenas que a ciência não pode usá-lo, pois isso mina a própria noção de ciência. Existem duas maneiras pelas quais a ciência não pode ser não-naturalista. Ela não pode assumir que os fenômenos são em si não-naturais – tem que assumir que tudo o que é observado é passível de investigação naturalista. Chame isso de naturalismo metodológico.
A ciência também deve evitar explicações não naturais. Isso é naturalismo explicativo. Qualquer explicação que utilize um explanans não natural (a coisa que faz a explicação) falha em ser testável. Eu poderia propor que algum processo é o resultado dos poderes de uma Coruja Rosa Invisível. Você não pode refutar nem verificar isso (nos sentidos ordinários). A marca registrada da ciência, talvez a única marca registrada, é que as explicações são testáveis. A razão para isso reside no que a filosofia chama de epistemologia (da palavra grega para crença, epistemé, mas usada no sentido de conhecimento - daí, "o estudo do saber").
As epistemologias de Platão a Kant eram infalibilistas - uma crença não era conhecimento se houvesse qualquer chance de estar equivocada. A ciência, por outro lado, está frequentemente errada e é constantemente revisada. No entanto, o que a ciência oferece é, de longe, a forma mais bem-sucedida de coleta de conhecimento que os humanos já desenvolveram. A epistemologia exigida pela ciência é, portanto, uma visão falibilista do conhecimento. A base para isso reside no teste. Uma explicação científica deve estar aberta a qualquer investigador competente para testar e avaliar. Experiências reveladoras não estão universalmente abertas a todos, e as intuições sobre o universo são radicalmente diferentes para diferentes pessoas e culturas, de modo que explicações não naturalistas são excluídas do domínio da ciência.
Uma maneira útil de abordar isso é perguntar o que uma explicação não naturalista pareceria. As explicações são equações, de um tipo. Você explica X dizendo que é um Y (e um Z, etc). Se uma explicação não natural deve funcionar, ela tem de colocar algo que não seja nem vazio nem circular no outro lado da equação. O que conta como um explanans não natural? 'Algo é não natural se não for natural' é inteiramente vazio até que saibamos como distinguir entre os dois.
A maneira usual de definir o não-natural é que ele não é explicável em termos de leis naturais; ou seja, rompe a cadeia causal. Se abandonarmos a suposição metodológica do naturalismo - de que tudo está aberto à investigação empírica - podemos dizer que qualquer coisa atualmente não explicada por leis científicas é não-natural, mas isso não é o que se pretende. Podemos distinguir entre nossa ignorância atual e algo que, em princípio, não é cientificamente explicável, certamente. Queremos algo que esteja completamente fora do curso dos eventos físicos [alguns defensores do termo 'supernatural' o usam para significar 'incausado' - o que isso realmente significa é realmente impreciso].
Mas se tivéssemos isso, poderíamos incorporá-lo a uma explicação científica? Obviamente, não poderíamos usar observações empíricas - elas dependem do curso ordinário dos processos físicos. Então, o que mais há? A resposta é: nada. Explicações não naturais não são científicas.
Uma forma final de naturalismo é o ontológico naturalismo. Esta é a opinião de que tudo o que existe (Grego Clássico: on- , forma raiz de 'ser', de onde 'ontologia' é derivada, logo, 'o estudo do que existe') é natural. Muitos cientistas são também fisicistas. Eles argumentam que se não precisamos postular a realidade de processos não-físicos para a ciência, então podemos concluir que não existem tais coisas. Este argumento é demasiado rápido. A afirmação de que 'se A então B' explica B pode ser verdadeira, mas pode também existir um C que explica B. Além disso, muitas coisas no mundo físico são causadas por muitas coisas juntas, e não apenas por algumas. Assim, podemos dizer que um evento físico é causado tanto por Deus e pelas causas físicas, sem ser logicamente inconsistente.
Sua resolução depende do que você está usando como pressuposições básicas. Na ciência, a Navalha de Ockham ('não multiplique desnecessariamente entidades na explicação') - também conhecida como parcimônia [cf. Sober 1988] - é usada para remover o máximo possível a fim de alcançar a explicação mais enxuta. Estender isso para fora da ciência é uma proposição arriscada, a menos que você esteja disposto a fazer o pressuposto metodológico funcionar também na metafísica, bem como na física. Muitos o fazem (incluindo eu mesmo), mas não é uma conclusão necessária de qualquer forma de ciência.
Na doutrina filosófica conhecida como naturalismo moral, os sistemas morais são explicados em termos das propriedades sociais ou biológicas dos humanos. Isso é frequentemente uma abordagem darwiniana. O ponto que quero fazer é que não apenas explicar mas propor um sistema moral dessa forma comete o que GE Moore famosamente chamou de "Falácia Naturalista". Você pode dar uma explicação naturalista da moralidade sem nem mesmo justificar ou invalidar esses princípios morais. Explicação e justificação são duas atividades diferentes. Da mesma forma, com a ontologia. Você pode aceitar a suposição metodológica do naturalismo na ciência sem invalidar ontologias não-naturalistas. Elas simplesmente não são científicas. Na minha opinião, ontologias fora da ciência são uma questão de escolha pessoal. E como Cícero disse uma vez, em questões de gosto não há disputa. Na ciência, há disputa (legítima). Portanto, a ciência é mais do que uma questão de gosto.