Todos os fósseis, sejam formas intermediárias ou não, representam espécies (majoritariamente extintas). Não consigo entender por que o Andy parece pensar o contrário. Quanto ao que a semelhança de diferentes fósseis entre si poderia "provar", acho que essa pergunta demonstra que o Andy, como tantos anti-evolucionistas, não compreende a história da teoria evolutiva e como ela, e a ciência em geral, funciona.
A evolução (descendência comum com modificação) não foi alguma ideia que Darwin teve do nada, para a qual ele depois buscou maneiras de provar. Não foi assim que aconteceu. Pelo contrário, o que ele fez foi reunir todos os fatos/observações então conhecidos (coletados por outros cientistas da época que, em grande parte, eram criacionistas) e tentar explicá-los de uma maneira que hoje consideraríamos científica (uma maneira testável, não apelo a agências sobrenaturais).
No caso específico, geólogos e paleontólogos (novamente, quase todos criacionistas) sabiam muito antes de Darwin escrever Origin of Species que havia um padrão de mudança no registro fóssil; quanto mais para trás se ia no registro, mais diferentes eram os animais representados daqueles vivos hoje. Também era bem conhecido que havia fósseis de animais que pareciam intermediários em forma entre vários grupos fósseis e entre grupos fósseis e grupos vivos.
Nem o padrão do registro fóssil nem a existência de formas fósseis intermediárias eram considerados controversos entre os cientistas da época; eles simplesmente incorporavam esses fatos ao seu quadro criacionista (majoritariamente através de formas de criacionismo progressivo da Terra antiga). Darwin propôs uma explicação alternativa para esses fatos que não dependia do sobrenatural. Portanto, a questão não é o que as formas intermediárias no registro fóssil (ou o padrão do registro fóssil) "provam", mas sim como explicamos a existência de formas intermediárias no registro fóssil (e o padrão do registro fóssil)?
A evolução é a melhor explicação científica atual para essa evidência, bem como para aquela de muitos outros campos biológicos. O que os anti-evolucionistas modernos tendem a fazer é simplesmente negar que a evidência exista, em vez de tentar explicá-la cientificamente. Mas então eles geralmente estão fazendo apologia para suas crenças sectárias, não ciência.
Quanto à afirmação do Andy de que não há "evidência de que aquelas criaturas específicas vieram de outra", isso não é exatamente correto. Evidência há (veja as muitas FAQs no Arquivo TalkOrigins), prova absoluta não há (não existe tal coisa como prova absoluta na ciência). É certamente verdade que não há como saber com certeza se uma espécie fóssil deu origem diretamente a outra (não podemos fazer testes de DNA em fósseis). Mas novamente, é a pergunta errada. Como antes, a melhor pergunta é: quando temos uma série de animais fósseis que se gradam de uma forma para outra, como explicamos isso cientificamente? [Nota: "Foi assim porque Deus quis que fosse assim", não é uma explicação científica]
A seguir, chegamos à estranha afirmação do Andy sobre "algo com meio coração". É muitas vezes difícil saber exatamente o que os anti-evolucionistas querem dizer quando dizem coisas como essa ("onde está a metade de uma asa?" é um refrão comum). O Andy está procurando evidências de um animal com um coração que parece ter sido cortado ao meio com uma faca? Um coração que está meio feito? O quê?
Se ele está procurando formas mais simples, mas ainda funcionais, do que aquelas encontradas em humanos (e outros mamíferos), há muitas delas. Basta consultar um livro-texto sobre anatomia comparada de vertebrados. Crocodilianos, por exemplo, têm um coração intermediário entre o coração de três câmaras 'réptil' e um de quatro câmaras aviar. Além disso, os corações de vertebrados avançados, como mamíferos e aves, crescem de um simples para um mais complexo durante o desenvolvimento embrionário. Portanto, através da anatomia comparada e da embriologia, podemos ver evidências de como esse órgão pode ter evoluído.
Finalmente, vemos a profunda confusão do Andy sobre como a evolução funciona na afirmação: "Os únicos achados são novas espécies que os evolucionistas usam para sua 'evidência'. Geralmente, são ou uma espécie ou outra, não ambas."
O que devemos fazer disso? O Andy parece pensar que uma espécie intermediária entre duas outras deve ser literalmente metade de uma espécie e metade da outra. Isso não é como a evolução funciona de forma alguma. Novamente, todas as espécies, intermediárias ou não, são suas próprias espécies totalmente formadas e funcionais. Elas não são monstruosidades meio formadas que as caricaturas dos anti-evolucionistas levariam alguém a acreditar.