Publier ou périr : Certains travaux publiés sur l'évolution biochimique

Autres liens : Les liens externes s'ouvrent dans de nouvelles fenêtres La base scientifique évasive du dessein intelligent La soi-disant « théorie du dessein intelligent », dont Behe est un grand partisan, n'a produit aucune publication dans des revues scientifiques majeures. Qui a dit « publier ou périr » ? La boîte vide de Behe Cette page Web contient de nombreux liens vers des pages Web soutenant ou critiquant le travail de Behe. Complexité irréductible et littérature évolutionniste : Réponse aux critiques Cet article inclut la réponse de Behe à cette page.

Sur la page 179 de La boîte noire de Darwin, Michael Behe affirme :

"Il n'y a jamais eu de réunion, ni de livre, ni d'article sur les détails de l'évolution des systèmes biochimiques complexes."

Il termine le chapitre avec cette affirmation ridicule :

"En effet, la théorie de l'évolution moléculaire darwinienne n'a pas été publiée, et donc elle devrait disparaître"

(Quelqu'un a-t-il dit publier ou périr ? : La base scientifique évasive du dessein intelligent )

Pour être honnête, je soupçonne que le niveau de détail que Behe exige nécessiterait une combinaison de laboratoire de biochimie de pointe et d'une machine à remonter le temps. Comment la science pourrait-elle autrement récupérer pleinement, par exemple, chaque étape unique de l'évolution du flagelle bactérien qui s'est produite il y a des milliards d'années ?

Quoi qu'il en soit, l'affirmation elle-même est fausse, car des articles existent en effet qui tentent de détailler l'évolution de divers systèmes et structures biochimiques. De nombreuses telles citations sont incluses ci-dessous.

Mais cela ne représente qu'une partie de l'histoire. Il existe des milliers d'articles publiés supplémentaires contenant des preuves solides et détaillées de l'évolution biochimique :

• Preuves de duplications de gènes et de divergence fonctionnelle ultérieure, ou de perte de fonction sous la forme de gènes pseudogènes.
• Preuves de réarrangement d'exons et de réutilisation modulaire au sein des protéines.
• Preuves à la fois de sélection naturelle et de dérive neutre au niveau moléculaire.
• Preuves de la malléabilité et de la nature adaptative de l'évolution moléculaire elle-même. Par exemple, dans des cas récents choquants de résistance bactérienne aux médicaments - l'évolution de l'évolvabilité.
• Preuves que la phylogénie déduite des comparaisons de séquences de protéines et d'ADN est corrélée à la phylogénie déduite de la biologie évolutive.
• Preuves que, dans chaque système biochimique étudié, les "composants" eux-mêmes ont évolué, et les interactions entre ces composants ont également évolué. Devons-nous croire qu'un concepteur intelligent construit avec des composants qui évoluent via les forces aveugles de la mutation, de la sélection et de la dérive ?

La plupart des citations et résumés ci-dessous ont été trouvés en utilisant le moteur de recherche PubMed MEDLINE et la base de données de microbiologie. Une recherche simple révèle qu'il existe plus de 13 000 articles qui contiennent « évolution » comme mot-clé principal - loin du silence absolu que Behe proclame. Certes, beaucoup de ceux-ci ne traitent pas directement du problème de la complexité adaptative dans les systèmes biochimiques, mais beaucoup le font.

Notez que j'ai exclu les articles qui discutent des comparaisons de séquences utilisées uniquement pour déterminer les lignées de descendance. Michael Behe admet déjà que la descendance commune est raisonnable.

Gardez à l'esprit qu'il s'agit seulement d'un petit échantillon de citations recueillies à partir de mes propres recherches et des suggestions d'autres personnes (merci pour ces suggestions !)

Dernier mais non le moins important. Veuillez m'aider à trouver plus de citations et à continuer de faire grandir cette page - surtout si vous avez une formation en biochimie ou en microbiologie. Merci.

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Introduction

• + Évolution moléculaire - résumé succinct avec définition

Livres

• Cellules, embryons et évolution : vers une compréhension cellulaire et développementale de la variation phénotypique et de l'adaptabilité évolutive - un manuel récent de John Gerhart et Marc Kirschner (1997 Blackwell Science) - « Dans la rédaction de Cellules, embryons et évolution, notre objectif a été de poursuivre ce que Darwin a commencé : comprendre non seulement l'influence de la sélection sur le chemin de l'évolution, mais aussi la capacité de l'organisme à générer une variation héréditaire sur laquelle la sélection peut agir. »
  Préface / librairie amazon.com
• Quatre milliards d'années : un essai sur l'évolution des gènes et des organismes par Willam F. Loomis
• Poussière vitale : La vie comme impératif cosmiquede Christian De Duve
• Beaucoup de ces livres suggérés par David Ussery, Ph.D (merci !):
• +Stratégies moléculaires dans l'évolution biologique - Actes d'une conférence de l'Académie des sciences de New York, 27-29 juin 1998. Lynn Helena Caporale, Éditeur.
• + Approches moléculaires de l'écologie et de l'évolution par Rob Desalle (Éditeur), B. Schierwater (Éditeur) (98)
• + Évolution moléculaire par Wen-Hsiung Li (97)
• + Patterns in Evolution: The New Molecular View de Roger Lewin (96)
• + Évolution chimique : physique de l'origine et de l'évolution de la vie (96)
• + Traçage de l'évolution biologique dans les structures des protéines et des gènes (96)
• + Évolution moléculaire (Biomathématiques V. 24) par Vadim Aleksandrovich Ratner (Éditeur) (96)
• +FAMILLES DE GÉNÈNES STRUCTURE FONCTION GÉNÉTIQUE ET ÉVOLUTION Procès-verbaux du VIIIe Congrès international sur les isozymes (95)
• + Génétique et évolution : les molécules de l'hérédité (Nouvelle Encyclopédie des sciences) (95)
• + Les Causes de l'Évolution Moléculaire (94)
• + Les Origines de l'Ordre : Auto-organisation et Sélection dans l'Évolution par Stuart A. Kauffman (92)
• + Évolution moléculaire du complexe majeur d'histocompatibilité (92)
• + Évolution moléculaire sur des paysages accidentés ; protéines, ARN et système immunitaire de Stuart A. Kauffman (91)
• + Évolution au niveau moléculaire par Robert K. Selander, Andrew G. Clark, Thomas S. Whittam (Éditeur) (91)
• + Évolution de la vie : fossiles, molécules et culture par S. Osawa, T. Honjo (Éditeur) (91)
• + Théorie moléculaire de l'évolution (85)
• + Protéines multidomaines : structure et évolution
• +Conception évolutive par ordinateur édité par Peter J. Bentley. Édition livre & CD-ROM (mai 1999) Amazon.com ou Amazon.co.uk- Oui, l'évolution produit la complexité irréductible !
  • Page du livre de l'auteur avec des liens connexes, Page personnelle de l'auteur, Plus d'informations sur la commande
• + Rechercher la vie sur Mars par Malcolm Walter, 1999 - contient des scénarios d'origine de la vie

Conférences

• + Les génomes améliorent-ils leur propre évolution ? - "Lors d'une conférence sur les stratégies moléculaires en évolution biologique, des chercheurs ont discuté de la façon dont les stratégies évolutives peuvent évoluer, rendant le processus d'évolution plus efficace."
• + Nouvelle passion pour l'évo-dévo - Cinquième Réunion annuelle de la Société de biologie moléculaire et d'évolution

Système immunitaire

• +L'évolution de la fitness améliorée par mutation aléatoire et sélection par Edward E. Max, M.D., Ph.D. [Archive TalkOrigins] Michael Behe aime parler du système immunitaire humain, mais quelles leçons devrions-nous vraiment tirer d'un tel système ?
• Immunité et invertébrés - « les fabuleusement complexes systèmes immunitaires des humains et d'autres mammifères se sont évolutés au cours de centaines de millions d'années - parfois de manières surprenantes. Scientific American Nov 1996
• Requins et les origines de l'immunité vertébrée. Scientific American Nov 1996
• + ADN sauteur ancien peut avoir évolué en composant clé du système immunitaire humain
• + Transposition médiée par RAG1 et RAG2 et ses implications pour l'évolution du système immunitaire
• Évolution des réactions immunitaires - « L'histoire et les voies évolutives des réactions de défense parmi diverses formes de vie sont reconstituées »
• Nouvelles perspectives sur la recombinaison V(D)J et son rôle dans l'évolution du système immunitaire - pas d'abstract disponible
• Évolution et régulation développementale du complexe majeur d'histocompatibilité
• Évolution de la famille de récepteurs de cytokines IL-6/class IB dans les systèmes immunitaire et nerveux - « nous spéculons sur une voie moléculaire plausible »»
• Évolution en couches dans le système immunitaire. Un modèle pour l'ontogenèse et le développement de multiples lignées lymphocytaires - pas d'abstract disponible
• Développement d'un système immunitaire
• L'ancêtre du système immunitaire adaptatif était le système CAM pour l'organogenèse
• Les origines évolutives des immunoglobulines et des récepteurs des cellules T : possibilités et probabilités - pas d'abstract disponible
• Perspectives évolutives sur les caractéristiques amyloïdes et inflammatoires de la maladie d'Alzheimer
• Organisation du gène RH50A humain (RHAG) et évolution de la composition en bases de la famille de gènes RH.
• Évolution moléculaire du système immunitaire vertébré.
• Morphostase : une perspective en évolution.
• Évolution rapide des domaines C2 de la superfamille des immunoglobulines exprimés dans les cellules du système immunitaire.

Coeulation du sang

• Reconstruction de l'évolution de la coagulation sanguine des vertébrés à partir de l'examen des séquences d'acides aminés des protéines de coagulation - non, ce n'est pas la présentation du « yin et yang » du livre de Behe
• Assemblage évolutif des protéines de coagulation sanguine - pas d'abstract disponible
• Évolution des exons et des domaines dans les proenzymes de la coagulation sanguine et de la fibrinolyse - pas d'abstract disponible
• Évolution des enzymes protéolytiques
• Évolution de la formation de fibrine chez les vertébrés et du processus de sa dissolution.

Globine

• + Un parasite commun renverse les croyances traditionnelles sur l'évolution et le rôle de l'hémoglobine - "révèle que l'hémoglobine a évolué avant tout pour gérer la molécule d'oxyde nitrique (NO) plutôt que l'oxygène"
• + Les scientifiques découvrent comment les bactéries se protègent contre le système immunitaire - "Nous fournissons maintenant une compréhension de la base évolutive de l'hémoglobine et de la fonction originale de la famille de l'hémoglobine - détoxifier l'oxyde nitrique."
• + L'évolution de l'hémoglobine par Ross Hardison, (Résumé) American Scientist, mars-avril 1999
• Globines chez les espèces non vertébrées : dispersion par transfert horizontal de gènes et évolution des relations structure-fonction
• Réduction de deux gènes fonctionnels gamma-globine à un : une tendance évolutive chez les singes du Nouveau Monde
• Histoire évolutive des introns dans un gène globine multidomaine
• Hémoglobine A2 : origine, évolution et conséquences - pas de résumé disponible

Flagelles et Cils

• Évolution précoce des microtubules et des undulipodes
• Modèles de battement des flagelles et leur évolution possible - "Les mécanismes flagellaires les plus sophistiqués sont le mieux expliqués comme ayant évolué pour la collecte de nourriture particulaire"
• Une étape temporaire de flagellé (mastigote) chez l'amibe vahlkampfiid Willaertia magna et sa signification évolutive possible
• Origine évolutive et phylogénie des flagelles des eucaryotes - pas d'abstract disponible
• + Analyse moléculaire des flagellines archéennes : similitude avec la superfamille pilin-transport de type IV largement répandue chez les bactéries
• Évolution moléculaire du domaine cytoplasmique C-terminal d'une superfamille de récepteurs bactériens impliqués dans la taxis - "Le gène codant pour le domaine cytoplasmique C-terminal de ces protéines a apparemment évolué par duplication génique à partir d'un ancêtre commun"
• Famille des protéines motrices Dynein : état actuel et questions futures - évolution de la Dyneine par duplication génique
• Origines des organismes nucléés - "La phylogénie soutient les hypothèses selon lesquelles le flagelle s'est développé à partir du système fuseau"
• Origine évolutive et phylogénie des microtubules, des fuseaux mitotiques et des flagelles des eucaryotes - pas d'abstract disponible
• Évolution du mouvement cellulaire chez les eucaryotes : le rôle des microfilaments et des microtubules - pas d'abstract disponible

Autres protéines motrices

• +Arbre phylogénétique du moteur Kinesin - Behe aime minimiser l'importance des comparaisons de séquences. Pas étonnant - il suffit de cliquer autour de ce diagramme pendant un moment. Il devient évident qu'un important protéine motrice comme le kinesin a progressivement évolué chez nombreuses espèces. Depuis la Page d'accueil du Kinesin.

Actine

• Évolution d'un cytosquelette dynamique
• Isolement, caractérisation et évolution de neuf gènes d'actine du poisson-globe (Fugu rubripes)
• Évolution des gènes d'actine des chordés : preuves tirées de l'organisation génomique et des séquences d'acides aminés
• Comparaisons structurales des actines musculaires et non musculaires apportent des éclairages sur l'évolution de leurs différences fonctionnelles

Membrane cellulaire - Récepteurs, pompes, etc.

• + Évolution moléculaire des récepteurs du glutamate : un mécanisme de signalisation primitif qui existait avant la divergence des plantes et des animaux.
• Co-évolution des paires ligand-récepteur dans la superfamille des peptides bioactifs vasopressine/oxytocine
• L'évolution des synapses dans le système nerveux central des vertébrés
• Origines évolutives des pompes d'efflux multidrogues et spécifiques aux médicaments chez les bactéries.
• Une analyse évolutive complète basée sur les séquences nucléotidiques et d'acides aminés des sous-unités alpha et bêta de la famille des gènes des hormones glycoprotéiques.

Cycle de l'acide citrique (cycle de Krebs)

• Le casse-tête du cycle de l'acide citrique de Krebs : assembler les pièces de réactions chimiquement faisables, et l'opportunisme dans la conception des voies métaboliques au cours de l'évolution
• L'évolution des cycles métaboliques
• Évolution des premiers cycles métaboliques
• Évolution chimique du cycle de l'acide citrique : photolyse par la lumière solaire des acides aminés glutamate et aspartate
• Spéculation sur l'origine et l'évolution du métabolisme
• L'anatomie moléculaire d'un événement adaptatif ancienpar Anthony M. Dean (American Scientist janv.-févr. 1998) - "En utilisant une combinaison des techniques modernes de biochimie structurale et d'ingénierie des protéines, combinées à la phylogénie moléculaire, l'auteur reconstitue l'histoire de cet événement très ancien."

Biosynthèse des acides aminés

• Nouvelles perspectives pour déduire l'histoire évolutive des voies métaboliques chez les procaryotes : la biosynthèse aromatique comme cas exemplaire
• Les voies biochimiques chez les procaryotes peuvent être retracées à rebours dans le temps évolutif
• Spécialisation enzymatique durant l'évolution des voies de biosynthèse des acides aminés
• Recrutement enzymatique dans l'évolution de nouvelles fonctions

Glycolyse

• Évolution de la glycolyse - aucun résumé disponible
• Bioénergétique : l'évolution des mécanismes moléculaires et le développement des concepts bioénergétiques
• Approches théoriques de l'optimisation évolutive de la glycolyse -- analyse chimique
• L'évolution des glycosomes kinétoplastidés

Photosynthèse

• Évolution moléculaire par étapes de la conversion énergétique photosynthétique bactérienne
• Évolution des centres réactionnels photosynthétiques et des protéines chlorophylliennes de collecte de lumière
• Évolution des centres réactionnels photosynthétiques
• Évolution précoce de la photosynthèse : indices à partir de la nitrogénase et des protéines fer-chlorophylle
• Évolution du contrôle du développement des pigments et des plastides chez les organismes photosynthétiques
• Évolution chimique de la photosynthèse

Lysozome

• Évolution moléculaire des lysozymes des ruminants
• Évolution adaptative du lysozyme : modifications de la séquence d'acides aminés, régulation de l'expression et nombre de gènes
• Évolution du lysozyme gastrique : le gène du lysozyme du porc

Vision

• + L'évolution de la vision des couleurs trichromatique par duplication du gène de l'opsine chez les primates du Nouveau Monde et du Vieil Monde
• L'évolution de la vision des couleurs - par Mickey Rowe de l'Archive TalkOrigins.
• Bases moléculaires de la vision des couleurs tétrachromatique - les rhodopsines se sont divergées du pigment de type cône
• Évolution moléculaire du gène Rh3 chez Drosophila
• Protéine de liaison aux rétinoïdes interphotoréceptrice. Caractérisation du gène, structure de répétition de la protéine et son évolution
• Ajustement spectral et évolution moléculaire des pigments visuels des bâtonnets chez l'espèce de poissons cottoid du lac Baïkal
• L'évolution des rhodopsines et des récepteurs aux neurotransmetteurs - un autre exemple de l'importance des comparaisons de séquences dans l'étude de l'évolution. Behe rejette les comparaisons comme un outil limité pour déterminer les lignées de descendance.
• Optimisation, contraintes et histoire dans l'évolution des yeux
• Une estimation pessimiste du temps nécessaire pour qu'un œil évolue - rappelez-vous la dernière affirmation de complexité irréductible ?
• Analyse de séquence de la lactate déshydrogénase C spécifique de la rétine des téléostéens : implications évolutives pour la famille des gènes de lactate déshydrogénase des vertébrés
• L'œil du lémming aveugle (Spalax ehrenbergi) : évolution régressive au niveau moléculaire - aucun résumé disponible
• L'évolution des yeux. - "...La présence de molécules constituantes homologues dans des structures non homologues nous rappelle que les molécules ne sont pas des yeux."
  

Développement

• + Programmation de l'embryon de Drosophile
• + Évolution des clusters de gènes hox chez les chordés
• + Gènes Hox chez les brachiopodes et les priapulides et l'évolution des protostomes.
• +Changement évolutif radical possible en quelques générations
• + L'évolution a re-sculpté les membres animaux par des commutateurs génétiques autrefois jugés trop drastiques pour la survie - "La découverte d'aujourd'hui marque la première fois que des modifications dans le contrôle des gènes homéotiques ont été montrées comme étant à la base d'une tendance évolutive menant à de nouvelles structures corporelles." (aussi ici : Évolution des membres animaux)
• + Les vers plats sont les ancêtres vivants les plus anciens de ceux d'entre nous qui ont un côté droit et un côté gauche, rapportent les chercheurs dans Science
• L'origine et l'évolution des appendices animaux
• Gènes Hox dans l'évolution : surfaces protéiques et groupes de paralogs
• Évolution du plan corporel des insectes révélée par le motif d'expression réduit des peignes sexuels
• Gènes Hox de l'oursin de mer : aperçus sur le cluster Hox ancestral
• Approches théoriques pour l'analyse de l'évolution des gènes homéobox
• Gènes HoxD et HoxA des téléostéens : comparaison avec les tétrapodes et évolution fonctionnelle du complexe HOXD
• Origine évolutive des ailes des insectes à partir de branchies ancestrales
• Traçage de l'évolution de la colonne vertébrale à travers la queue perdue d'un tunicé
• Classification et phylogénie de la famille multigénique MADS-box suggèrent des rôles définis des sous-familles de gènes MADS-box dans l'évolution morphologique des eucaryotes
• Modification de l'expression et de la régulation cis de Hoxc8 dans l'évolution de la morphologie axiale divergente.
• Le cluster de gènes ParaHox est une sœur évolutive du cluster de gènes Hox.

Transcription / Traduction / Duplication

• Duplication de gènes dans l'évolution de la famille B des ADN polymérases archées
• Remplacements adaptatifs d'acides aminés accompagnés de fusion de domaines dans la transcriptase inverse
• Évolution moléculaire des gènes codant pour les ribonucléases chez les espèces ruminantes
• Études sur les sites exprimant les changements évolutifs dans la structure de l'ARN ribosomique 5S eucaryote
• Évolution d'un gène d'ARN de transfert par une mutation ponctuelle dans l'anticodon
• L'initiation de la traduction chez les archées revisitée : les facteurs d'initiation 2 et les familles de sous-unités alpha-bêta-delta du facteur d'initiation eucaryote 2B
• Facteurs d'initiation de la traduction universellement conservés
• Code génétique dans l'évolution : commutation de l'acylation spécifique aux espèces par un greffon peptidique.
• Évolution des éléments de régulation transcriptionnelle au sein du promoteur d'un gène mammalien.
• Réaffectation des codons et composition en acides aminés dans les mitochondries des hémichordés.

De Russell F. Doolittle

• Reconstruction de l'évolution de la coagulation sanguine des vertébrés à partir de l'examen des séquences d'acides aminés des protéines de coagulation - non, ce n'est pas la présentation du « yin et yang » du livre de Behe
• Détermination des temps de divergence des grands règnes des organismes vivants à l'aide d'une horloge protéique - Au moins, Behe pense que la descendance commune est « raisonnable ».
• La multiplicité des domaines dans les protéines - évolution par réarrangement de domaines
• Caractérisation, structure primaire et évolution de l'albumine plasmatique des lampreies - évolution des protéines par duplication génique
• Les origines et l'évolution des protéines eucaryotes
• Évolution de la formation de fibrine chez les vertébrés et le processus de sa dissolution.

La résistance aux médicaments est une évolution biochimique

• +HIV Mutating Too Fast For Drug Cocktail - "En raison du taux de mutation élevé du VIH, il offre une occasion unique d'étudier les processus de l'évolution,"
• The Challenge of Antibiotic Resistance. SciAm, mars 1998

Autres

• + Des familles de virus très différents pourraient être apparentés
• + Balayage sélectif d'un gène spécifique aux spermatozoïdes nouvellement évolué chez Drosophila
• + Acide acétique activé par la fixation du carbone sur (Fe,Ni)S dans des conditions primordiales
• Évolution moléculaire de la voie biosynthétique de l'histidine
• Évolution accélérée dans les domaines inhibiteurs des membres de la famille de l'elafin porcine
• Disposition en tandem de la famille multigène de l'albumine sérique humaine dans la région sous-centromérique de 4q : évolution et direction chromosomique de la transcription
• La ribonucléotide réductase dépendante de la B12 de l'archaebactérie Thermoplasma acidophila : une solution évolutive au problème de la ribonucléotide réductase
• Ancienne divergence des isoformes longues et courtes de l'adénylate kinase : évolution moléculaire de la famille des kinases des monophosphates nucléosidiques
• Évolution convergente des glycoprotéines antigel chez les poissons notoïdes antarctiques et le poisson arctique
• + Évolution du gène de la glycoprotéine antigel à partir d'un gène de trypsine dans les poissons notothenioïdes antarctiques - "Nous avons découvert que les glycoprotéines antigel (AGFP) du taxon de poissons antarctiques prédominant, les notothenioïdes, ont évolué à partir d'une trypsine pancréatique. Nous avons déterminé le processus évolutif probable..."
• + Évolution d'une glycoprotéine antigel (pas d'abstract)
• Un modèle pour l'évolution de l'appareil sec des plastides inféré de la phylogénie du gène secY
• L'histoire évolutive de la famille multigène de l'amylase chez Drosophila pseudoobscura
• Évolution accélérée des gènes codant pour l'isozyme phospholipase A2 de la glande à venin de Trimeresurus okinavensis
• L'évolution d'un site allostérique dans la phosphorylase
• Évolution moléculaire des hormones neurohypophysaires de poissons : mécanismes évolutifs neutres et sélectifs
• Pseudogènes dans l'évolution des ribonucléases : une source de nouvelles fonctions biomacromoléculaires ?
• Évolution des ligands hématopoïétiques et de leurs récepteurs. Influence de la sélection positive sur les remplacements corrélés tout au long des protéines ligand et récepteur
• Relations évolutives des gènes de la carbamoylphosphate synthétase
• L'évolution moléculaire des petites protéines de choc thermique chez les plantes
• Analyse phylogénétique des gènes de la carbamoylphosphate synthétase : une histoire évolutive complexe incluant une duplication interne dans un gène qui peut servir à ancrer l'arbre de la vie
• Duplication et divergence fonctionnelle dans la famille des gènes de la chalcone synthase des Astéracées : évolution avec changement de substrat et simplification catalytique
• Histoire évolutive de la famille de gènes mucine 11p15 de l'homme.
• Évolution moléculaire de la superfamille des gènes aldo-keto réductase.
• L'évolution moléculaire permet de contourner la nécessité de la phosphorylation de la boucle d'activation de la kinase dépendante des cyclines Cdc28.

Général

• +Une classification des routes possibles de l'évolution darwinienne par Richard T. Thornhill et David W. Ussery, Journal of Theoretical Biology, 203:111-116, 2000 - "...Cette classification fournit un cadre conceptuel au sein duquel investiguer l'accessibilité par l'évolution darwinienne de structures biologiques complexes." (Pour le compte, je ne suis pas d'accord avec leur conclusion selon laquelle la route proposée par Orr ne peut pas produire de complexité irréductible - John C)
• + Génération de nouveautés évolutives par changement fonctionnel+Des aperçus évolutifs découlent de la découverte de copies approximatives
• + Les Séquences d'ADN Mobiles Pourraient Être la Cause des Mutations Chromosomiques Pendant l'Évolution des Espèces
• + Un modèle de domaine pour l'organisation de l'ADN eucaryote : une base moléculaire pour la différenciation cellulaire et l'évolution des chromosomes.
• + Le modèle de domaine pour l'organisation de l'ADN eucaryote. 2 : Une base moléculaire pour les contraintes sur le développement et l'évolution.
• +Mélange mineur facilite le repliement des protéines - « cette découverte rend plus facile la compréhension de l'évolution de nouvelles formes de protéines, car elle implique que les protéines peuvent s'adapter par de petits changements et préserver certains éléments structuraux tout en éliminant d'autres. »
• + Des passagers génétiques pourraient contribuer aux changements évolutifs
• +Mécanisme moléculaire de l'évolution chez les mammifères découvert
• +Génomes complets - « Cette page contient les résultats d'une analyse approfondie des séquences de génomes complets des formes de vie cellulaires »
• Redondance génétique causée par les duplications de gènes et son évolution dans les réseaux de régulateurs transcriptionnels
• Conservation évolutive forte des isoformes de protéines largement exprimées dans la famille des gènes de la troponine I et d'autres familles de gènes chez les vertébrés
• Cas d'insertions d'éléments mobiles de l'ADN anciens qui affectent désormais la régulation des gènes
• Évolution par sauts causée par la sélection de mutations bénéfiques rares
• L'origine de la mort cellulaire programmée - pas d'abstract disponible
• L'origine et le développement précoce des catalyseurs biologiques
• Structures secondaires de l'ADN et l'évolution des tandems hypervariables
• Évolution adaptative épisodique des lysozymes des primates - test de l'adaptation
• Plasticité du génome comme paradigme de l'évolution des eubactéries
• Motif évolutif et sa signification biologique et structurale
• Mutations neutres et non neutres : le mélange créatif — évolution de la complexité dans les systèmes d'interaction génique
• Remaniement d'exons et autres modes d'échange de modules et Organisation de domaines de matrices extracellulaires modulaires et leur évolution
• Introns et évolution des gènes
• Les nouveaux introns de Drosophila proviennent de duplications.
• Évolution et domaines structuraux des protéines
• Le rôle de l'auto-organisation contrainte dans l'évolution structurelle du génome
• Une possible origine des gènes bactériens nouvellement nés : importance du cadre non-stop riche en GC sur le brin antisens
• La coévolution des arbres de familles de gènes
• L'évolution des cycles métaboliques
• L'émergence des principaux processus cellulaires dans l'évolution
• Une interprétation matérielle de l'évolution du code génétique - "Un raisonnement quantitatif pour l'évolution du code génétique est développé en considérant le principe de matériel minimal" - notez que "minimiser le matériel" est un chemin plausible pour évoluer vers des systèmes "de complexité irréductible".
• Spéculation sur l'origine et l'évolution du métabolisme
• Reconstruction probabiliste des séquences de protéines ancestrales et Recherche de motifs anciens dans les séquences de protéines
• La contribution des processus semblables à l'échappement à l'évolution du génome
• Évolution moléculaire chez les bactéries
• Les bases structurelles de l'adaptation moléculaire.

Quelqu'un dit "Dessein intelligent" ?

• ADN mitochondrial : fossiles moléculaires dans le noyau
• Cas d'insertions d'éléments mobiles anciens d'ADN qui affectent désormais la régulation des gènes
• Tiggers et fossiles de transposons d'ADN dans le génome humain
• L'œil du léporin aveugle (Spalax ehrenbergi) : évolution régressive au niveau moléculaire - pas d'abstract disponible
• Tiggers et fossiles de transposons d'ADN dans le génome humain

Cancer comme évolution moléculaire

• Compétition génique et le rôle évolutif possible des tumeurs

Évolution artificielle en éprouvette

• + New Scientist Planet Science : Rejouer la vie -Enfin, nous pouvons observer l'évolution se répéter à l'infini dans les micro-mondes du laboratoire. Et en jouant à Dieu, nous mettons à nu les forces mêmes qui façonnent tous les êtres vivants, dit Kate Douglas
• Évolution moléculaire d'une voie de détoxification de l'arsénate par brassage d'ADN - "Ces résultats montrent que le brassage d'ADN peut améliorer la fonction des voies par des mécanismes mutationnels complexes et inattendus qui peuvent être activés par une mutation ponctuelle. Ces mécanismes peuvent être difficiles à expliquer et sont susceptibles d'être négligés par un design rationnel"
• Un chercheur de l'UB développe une méthode qui utilise l'évolution pour développer de nouveaux candidats-médicaments
• Évolution dirigée d'une protéine antigel de type I exprimée dans Escherichia coli avec le chlorure de sodium comme pression de sélection et son effet sur la tolérance au froid
• Évolution dirigée de voies biosynthétiques. Recrutement de cystéines thioéthers pour la construction de la paroi cellulaire d'Escherichia coli
• Exploration de la robustesse fonctionnelle d'une enzyme par évolution in vitro
• Algorithmes évolutionnaires dans la conception moléculaire assistée par ordinateur
• Mutations au secours - undessein intelligent
• + Des chercheurs conçoivent un moyen d'améliorer les récepteurs des cellules T - en utilisant la sélection darwinienne
• + Des organismes numériques donnent vie aux questions de l'évolution (La page d'accueil du groupe de vie artificielle Avida)

Origine de la vie et cellules

• +Bonne introduction : Mensonges, damnés mensonges, statistiques et probabilités des calculs d'abiogenèse
• +L'étude de Purdue redonne vie à la question de la façon dont la vie a commencé - peptides auto-répliquants
• + L'ammoniac des océans profonds de la Terre, une étape clé dans la recherche sur l'origine de la vie
• + L'étude de Whitehead soutient l'existence d'un monde ancien d'ARN et aide à fournir des aperçus sur l'évolution précoce de la vie
• + Des scientifiques de Yale recréent des fossiles moléculaires maintenant éteints qui auraient pu exister au début de la vie
• +Un tout vieux monde - nouvelles preuves pour « Le monde de l'ARN »
• Le chemin depuis le monde de l'ARN.
• Reliques du monde de l'ARN.
• Un modèle supersymétrique pour l'évolution du code génétique.
• L'hypothèse de l'hydrogène pour le premier eucaryote.
• + Un coup de pouce pour la vie sur Terre
• Les débuts de la vie sur Terre par Christian de Duve
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Voici une série d'articles issus d'une recherche rapide dans le Journal of Biological Chemistry utilisant le mot « évolution » sur http://www.jbc.org/ --

Andrew P. Spicer et John A. McDonald Caractérisation et évolution moléculaire d'une famille de gènes de synthase d'hyaluronane chez les vertébrés J. Biol. Chem. 1998 273: 1923-1932.

Catherine TomHon, Wei Zhu, David Millinoff, Kenji Hayasaka, Jerry L. Slightom, Morris Goodman et Deborah L. Gumucio Évolution d'un motif d'expression fœtal via des modifications cis près du gène de la globine J. Biol. Chem. 1997 272: 14062-14066.

Chien-Chia Wang, Andrey Pavlov et Jim D. Karam Évolution de la spécificité de liaison à l'ARN dans la T4 ADN polymérase J. Biol. Chem. 1997 272: 17703-17710.

David R. Gang, Hiroyuki Kasahara, Zhi-Qiang Xia, Kristine Vander Mijnsbrugge, Guy Bauw, Wout Boerjan, Marc Van Montagu, Laurence B.Davin et Norman G. Lewis Évolution des mécanismes de défense des plantes. RELATIONSHIPS OF PHENYLCOUMARAN BENZYLIC ETHER REDUCTASES TO PINORESINOL-LARICIRESINOL AND ISOFLAVONE REDUCTASES J. Biol. Chem. 1999 274: 7516-7527.

Elizabeth A. Bucher, Gurtej K. Dhoot, Mark M. Emerson, Margaret Ober et Charles P. Emerson, Jr. Structure et Évolution du gène de l'isoforme rapidement exprimée de la troponine T alternativement épissée J. Biol. Chem. 1999 274: 17661-17670.

Florence Magrangeas, Gilles Pitiot, Sigrid Dubois, Elisabeth Bragado-Nilsson, Michel ChŽrel, SŽverin Jobert, Benoit Lebeau, Olivier Boisteau, Bernard LethŽ, Jacques Mallet, Yannick Jacques et StŽphane Minvielle Cotranscription et épissage intergénique des gènes humains de la galactose-1-phosphate uridylyltransférase et du récepteur à l'interleukine-11 -chaîne génèrent un ARN fusion dans les cellules normales. IMPLICATION POUR LA PRODUCTION DE PROTÉINES MULTIDOMAINES PENDANT L'ÉVOLUTION J. Biol. Chem. 1998 273: 16005-16010.

James E. Hagstrom, Michael P. Fautsch, Monique Perdok, Anne Vrabel et Eric D. Wieben Exons perdus et retrouvés. ÉVOLUTION INHABITUELLE D'UN SUBSTRAT DE TRANSGLUTAMINASE DE LA VÉSICULE SEMINALE J. Biol. Chem. 1996271: 21114-21119. [

Juan Ausi— Histone H1 et évolution des protéines nucléaires basiques du spermatozoïde J. Biol. Chem. 1999 274: 31115-31118.

M. Neale Weitzmann, Kerry J. Woodford et Karen Usdin Structures secondaires de l'ADN et l'évolution des tableaux tandem hypervariants J. Biol. Chem. 1997 272: 9517-9523.

Marieta Costache, Pol-AndrŽ Apoil, Anne Cailleau, Anders Elmgren, Gšran Larson, Stephen Henry, Antoine Blancher, Dana Iordachescu, Rafael Oriol et Rosella Mollicone Évolution des gènes de fucosyltransférase chez les vertébrés J. Biol. Chem. 1997 272: 29721-29728.

Medeiros, Edward G. Rowan, Alan L. Harvey et AndrŽ MŽnez Sur l'Évolution convergente des toxines animales. CONSERVATION D'UN DUO DE RÉSIDUS FONCTIONNELS DANS LES TOXINES BLOQUANT LES CANAUX POTASSIUM AVEC DES STRUCTURES NON CORRÉLÉES J. Biol. Chem. 1997 272: 4302-4309.

Ronald E. van Kesteren, Cornelis P. Tensen, August B. Smit, Jan van Minnen, Lee. F. Kolakowski, Jr., Wolfgang Meyerhof, Dietmar Richter, Harm van Heerikhuizen, Erno Vreugdenhil, et Wijnand P. M. Geraerts Cocvolution des paires ligand-récepteur dans la superfamille des peptides bioactifs vasopressine/ocytocine J. Biol. Chem. 1996 271: 3619-3626.

Sandra K. Parker et H. William Detrich III Évolution, organisation et expression des gènes de -tubuline chez le poisson antarctique Notothenia coriiceps. EXPANSION ADAPTIVE D'UNE FAMILLE DE GÈNES PAR RÉCENTE DUPLICATION GÉNÉTIQUE, INVERSION ET DIVERGENCE J. Biol. Chem. 1998 273: 34358-34369.

Stefanie Brumme, Volker Kruft, Udo K. Schmitz et Hans-Peter Braun Nouvelles perspectives sur la cocvolution de la cytochrome c réductase et de la peptidase de traitement mitochondrial J. Biol. Chem. 1998 273: 13143-13149.

Stephan M. MŸhlebach, Thomas Wirz, Urs BrŠndle, et Jean-Claude Perriard Évolution des créatine kinases J. Biol. Chem. 1996 271: 11920-11929.

Zhe Lu, Elisa Cabiscol, Nuria Obradors, Jordi Tamarit, Joaquim Ros, Juan Aguilar et E. C. C. Lin Évolution d'une protéine d'Escherichia coli avec une résistance accrue au stress oxydatif J. Biol. Chem. 1998 273: 8308-8316.

(major MeSH 1998 Jan-May)

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