Affirmation CB150 :

L'évolution exige que les séquences de protéines changent pour devenir très différentes, avec toutes les séquences intermédiaires restant fonctionnelles. Mais parmi toutes les séquences possibles, les séquences fonctionnelles sont extrêmement rares, donc la plupart des séquences fonctionnelles sont très isolées les unes des autres. En utilisant la langue comme analogie, une phrase ne peut pas être changée en une autre par des changements graduels tels que tous les changements intermédiaires aient un sens. Il est hautement improbable que des mutations aléatoires puissent changer une séquence fonctionnelle en une autre.

Source :

Meyer, Stephen C., 2004. L'origine de l'information biologique et les catégories taxonomiques supérieures. Proceedings of the Biological Society of Washington 117(2) : 213-239.

Réponse :

  1. Les séquences fonctionnelles ne sont pas si rares et isolées. Des expériences montrent qu'environ 1 sur 1011 de toutes les protéines de séquence aléatoire possèdent une activité de liaison à l'ATP (Keefe et Szostak 2001), et des travaux théoriques de H. P. Yockey (1992, 326-330) montrent qu'à cette densité toutes les séquences fonctionnelles sont reliées par des changements d'un seul acide aminé. De plus, il existe plusieurs types de mutations qui changent plusieurs acides aminés d'un coup. Une simulation de duplication et divergence chez E. coli basée sur des mesures publiées de mutants montre qu'une nouvelle fonction peut évoluer avec des mutations neutres et nuisibles jouant un rôle presque négligeable (Poelwijk et al. 2006).

  2. Il existe une grande quantité de preuves montrant que des gènes nouveaux avec des fonctions nouvelles peuvent et doivent évoluer. Même une séquence génétique arbitraire peut évoluer pour acquérir une fonctionnalité (Hayashi et al. 2003). L'évolution dirigée in vitro est une méthode puissante et de plus en plus populaire pour produire de nouveaux gènes et des produits génétiques utiles (Joyce 2004 ; Schmidt-Dannert 2001 ; Tao et Cornish 2002). L'évolution dirigée peut fonctionner même en partant de séquences aléatoires. L'évolution de séquences nouvelles ne peut pas être très improbable si elle se produit aussi facilement et aussi souvent.

  3. L'analogie avec la langue est fausse. Les protéines sont beaucoup plus flexibles. Elles peuvent différer grandement dans leur similitude de séquence, même de soixante-dix à quatre-vingt pour cent ou plus, et avoir encore la même fonction.

  4. Denton (1998, 276) a écrit : « L'une des découvertes les plus surprenantes qui a émergé du séquençage de l'ADN a été la découverte remarquable que les génomes de tous les organismes sont regroupés très proches les uns des autres dans une minuscule région de l'espace de séquence d'ADN formant un arbre de séquences apparentées qui peuvent toutes être interconverties par une série de petites étapes naturelles incrémentales. » Meyer cite un ouvrage plus ancien de Denton (1986) sans avertir les lecteurs du changement de vue de Denton. Denton critique maintenant les défenseurs du dessein intelligent pour avoir ignoré la preuve écrasante (Denton 1999).

Liens :

Gishlick, Alan, Nick Matzke et Wesley R. Elsberry, 2004. Le monstre désespéré de Meyer. http://www.pandasthumb.org/pt-archives/000430.html

Références :

  1. Denton, M. J., 1986. Évolution : Une théorie en crise. Adler & Adler, Bethesda, Maryland.
  2. Denton, M. J., 1998. Destin de la nature : Comment les lois de la biologie révèlent un but dans l'univers. Free Press.
  3. Denton, M. J., 1999. Le mouvement du dessein intelligent : Commentaires sur le créationnisme spécial. In : Darwinism Defeated ? Le débat Johnson-Lamoureux sur les origines biologiques. Regent College Publishing, pp. 141-153.
  4. Hayashi, Y., H. Sakata, Y. Makino, I. Urabe et T. Yomo, 2003. Une séquence arbitraire peut-elle évoluer vers l'acquisition d'une fonction biologique ? Journal of Molecular Evolution 56 : 162-168.
  5. Joyce, G. F., 2004. Évolution dirigée des enzymes d'acides nucléiques. Annual Review of Biochemistry 73 : 791-836.
  6. Keefe, A. D. et J. W. Szostak, 2001. Protéines fonctionnelles à partir d'une bibliothèque de séquences aléatoires. Nature 410 : 715-718.
  7. Poelwijk, Frank J., Daniel J. Kiviet et Sander J. Tans. 2006. Potentiel évolutif d'une paire réplicatrice-opérateur dupliquée : Simulation de voies en utilisant des données de mutation. PLoS Computational Biology 2(5) : e58. http://compbiol.plosjournals.org/perlserv/?request=get-document&doi=10.1371/journal.pcbi.0020058
  8. Schmidt-Dannert, Claudia, 2001. Évolution dirigée de protéines simples, de voies métaboliques et de virus. Biochemistry 40 : 13125-13136.
  9. Tao, Haiyan et Virginia W. Cornish, 2002. Jalons dans l'évolution dirigée d'enzymes. Current Opinion in Chemical Biology 6 : 858-864.
  10. Yockey, H. P., 1992. Théorie de l'information et biologie moléculaire. Cambridge : Cambridge University Press.
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créé 2004-9-22, modifié 2006-5-30