Der Einfluss von Aristoteles sowohl auf Aquinas als auch auf die Wissenschaft war einmal gut und einmal böse. Die guten Aspekte liegen in seiner Klarheit der Logik und Klassifikation, die mehrmals zur Naturgeschichte (später bekannt als Biologie) beigetragen haben, insbesondere mit Alberts dem Großen
De Animalibus und später mit verschiedenen Autoren des 17. und 18. Jahrhunderts. Er ist auch, sozusagen, der Vater der empirischen Biologie, obwohl ich tendenziell denke, dass dies übertrieben wurde.
Der böse Aspekt liegt in seiner Ontologie von Form und Substanz. Der Versuch, Beobachtungen in Form und Substanz einzupassen, hat die Biologie erheblich verzögert, und die Lehre, die als „Hylomorphismus" bekannt ist, beruht darauf, dass die Substanz selbst ohne Form ist. Aber die Atomtheorie zeigt, dass das Material, aus dem Dinge bestehen, eigene Eigenschaften hat, die die Form, die sie konstituieren, verursachen. Insbesondere im Kontext der Biologie erzeugen die Eigenschaften der molekularen Struktur lebender Organismen, ohne dass irgendeine Form darauf auferlegt wird, die Natur des Lebens. Dies ist ungefähr äquivalent zur Denkschule, die als Epikureismus bekannt ist, die Aristoteles für Jahrhunderte verdrängt hat. Dies war zur damaligen Zeit vernünftig genug – die Atomtheorie konnte nicht erklären, wie Dinge so wurden, wie sie damals waren, weil Atome als alle gleich angenommen wurden. Der moderne Atomismus wurde zunächst von Thomisten abgelehnt, weil er die Idee der Form untergrub – es gab beispielsweise keine „Form" von Wasser. Erst später erstreckte sich dies darauf, einige Aspekte der Evolution abzulehnen.
In meiner Meinung als Wissenschafts- und Philosophiehistoriker wäre die moderne Kirche gut beraten, die hylomorphische Metaphysik von Aristoteles aufzugeben.
Ein zweideutiger Einfluss von Aristoteles auf die Wissenschaft ist seine Vorstellung der „vier Ursachen" (aitia). Es wird oft gesagt, dass er finale Ursachen behauptete; ich bevorzuge die Vorstellung, dass er hielt, dass die aitia Erklärungen waren und keine Ursachen, in welchem Fall eine Erklärung in Bezug darauf, wofür etwas ist, guten Sinn ergibt, aber viele Menschen haben den Finalismus als substantielle Behauptung aufgefasst und Teleologie erfunden, die, wie Bacon einmal bemerkte, eine „unfruchtbare Jungfrau" ist, außer in den Geisteswissenschaften. Der Finalismus in der Biologie ist meiner Meinung nach völlig böse, und Fortschritte wurden nur erzielt, wenn er aufgegeben wurde.