A influência de Aristóteles tanto em Aquino quanto na ciência foi, em um momento, benigna e maligna. Os aspectos benignos residem na clareza de sua lógica e classificação, que várias vezes contribuiu para a história natural (mais tarde conhecida como biologia), em particular com o
De Animalibus de Alberto Magno, e mais tarde com vários autores dos séculos XVII e XVIII. Ele também é, por assim dizer, o pai da biologia empírica, embora eu tenda a pensar que isso foi exagerado.
O aspecto maligno reside em sua ontologia de forma e substância. Tentar encaixar a observação em forma e substância retardou substancialmente a biologia, e a doutrina, conhecida como "hilemorfismo", baseia-se na substância ser em si mesma sem forma. Mas a teoria atômica mostra que a matéria de que as coisas são feitas possui suas próprias propriedades que causam a forma que constituem. Em particular, no contexto da biologia, as propriedades da estrutura molecular dos organismos vivos geram, sem que qualquer forma seja imposta a ela, a natureza da vida. Isso é aproximadamente equivalente à escola de pensamento conhecida como epicurismo, que Aristóteles deslocou por séculos. Isso era razoável na época - a teoria atômica não podia explicar como as coisas se tornaram como eram então, porque os átomos eram supostamente todos iguais. O atomismo moderno foi inicialmente rejeitado pelos tomistas porque minava a ideia de forma - não havia, por exemplo, uma "forma" de água. Só mais tarde foi estendido para rejeitar alguns aspectos da evolução.
Na minha opinião como historiador da ciência e da filosofia, a Igreja moderna seria bem aconselhada a abandonar a metafísica hilemórfica de Aristóteles.
Uma influência ambígua de Aristóteles na ciência é sua noção das "quatro causas" (aitia). Frequentemente diz-se que ele sustentava que havia causas finais; prefiro pensar nele como sustentando que as aitia eram explicações em vez de causas, caso em que uma explicação em termos do que algo é para faz muito sentido, mas muitas pessoas tomaram o finalismo como uma afirmação substantiva e inventaram a teleologia, que, como Bacon observou uma vez, é uma "virgem estéril" exceto nas ciências humanas. O finalismo na biologia é, na minha opinião, inteiramente maligno, e o progresso só foi feito quando ele foi abandonado.